基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_029115
当前版本: OH-1004
染色体: Chr06
坐标: 81208680-81213161
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2636 bp · LXL04_029115|LXL04_029115|OH1004|cDNA
TGTAAAAGATGGAAGACGACAATGCCGAGGATATGGAGGTCGAAGCCTTGTCTTCAATGTGGCCGGAAGACATTGATGCCGCCGGAAAAAAGTTCAACGTGGAAACACCAGGCGCCGATCAAGATTTATTAGAGGACGTCACTATCATCGAAGAGCCAACAATCGTTGATTTTAAACGACTACTCGAGCTTACAAATTATAGCGAAAAGGGGTCGTCTCAGTTATCTTACCTCGTAAAAAACTGGGAATGGAAACAAGAA...
CDS
下载 CDS FASTA2613 bp · LXL04_029115|LXL04_029115|OH1004|CDS
ATGGAAGACGACAATGCCGAGGATATGGAGGTCGAAGCCTTGTCTTCAATGTGGCCGGAAGACATTGATGCCGCCGGAAAAAAGTTCAACGTGGAAACACCAGGCGCCGATCAAGATTTATTAGAGGACGTCACTATCATCGAAGAGCCAACAATCGTTGATTTTAAACGACTACTCGAGCTTACAAATTATAGCGAAAAGGGGTCGTCTCAGTTATCTTACCTCGTAAAAAACTGGGAATGGAAACAAGAAAACGCCGT...
870 aa · LXL04_029115|LXL04_029115|OH1004|PROTEIN
MEDDNAEDMEVEALSSMWPEDIDAAGKKFNVETPGADQDLLEDVTIIEEPTIVDFKRLLELTNYSEKGSSQLSYLVKNWEWKQENAVRLLREELETLSKQQQEVELKKLEILEEHRFEDASYGGDKRPISILDEVYEIVPDVPNPKRRNDVIYQGQRLEIDGEDDTETVKYWKQRALNLETLLQLSINREQILMEKLEESIEKLKKQSSPVEELSQILKRADNFLHFVLQNAPVVIGHQDKELRYRFIYNHFPSLGEQDI...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_029115 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_029115 | |||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr06:81208680-81213161 (+) | |||||||||||||||
| 描述 | Similar to AHK5: Histidine kinase 5 | |||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥水稻
| |||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0000160 phosphorelay signal transduction system 生物过程 GO:0006952 defense response 生物过程 GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程 GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程 GO:0010105 negative regulation of ethylene-activated signaling pathway 生物过程 GO:0048364 root development 生物过程 GO:0070301 cellular response to hydrogen peroxide 生物过程 GO:0071219 cellular response to molecule of bacterial origin 生物过程 GO:0071732 cellular response to nitric oxide 生物过程 GO:0090333 regulation of stomatal closure 生物过程 | |||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT5G10720 dosa:Os01g0923700 dosa:Os06g0654300 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞质0.514
细胞核0.340
细胞膜0.136
高尔基体0.098
内质网0.083
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF00512.32HisKA372-435 aaPF02518.32HATPase_c473-605 aaPF00072.31Response_reg727-794 aaPF00072.31Response_reg819-865 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_029115 | PF00512.32 | HisKA | 372 | 435 | 5.8e-18 | 65.4 |
| LXL04_029115 | PF02518.32 | HATPase_c | 473 | 605 | 4.8e-28 | 98.5 |
| LXL04_029115 | PF00072.31 | Response_reg | 727 | 794 | 6.9e-21 | 75.2 |
| LXL04_029115 | PF00072.31 | Response_reg | 819 | 865 | 6.9e-21 | 75.2 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q3S4A7 | 拟南芥 | Histidine kinase 5 | 58.405% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
A2YFR6 | 水稻 | Probable histidine kinase 1 | 51.833% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
A3BE68 | 水稻 | Probable histidine kinase 1 | 51.170% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
A1A696 | 水稻 | Probable histidine kinase 3 | 29.340% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
A2WYI4 | 水稻 | Probable histidine kinase 3 | 29.167% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |