LXL04_029096 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029096

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 80746013-80753262 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2790 bp · LXL04_029096|LXL04_029096|OH1004|cDNA

ATGCGATCAAACGAACTTCATCACCAACTTCGTTCCGACTTGGTTGAACATATTTGGTCGAATAGCAATCATTTTTCTTCTCCGATTAGGGATCGCGATCAAGATTTTTGGGGAAAGATGAGTTCTTTTTCAATTACAAGGAAAAAAACACCTTTTCAAAAGCACCGTGAAGAAGAAGAGGCAAAGAAAAAGAGGGCTGAAGATGAAACAGCTCGTTTATATGCTGAGTTTCTGGAATCATTTCAAGGGGATGATGCACC...

CDS

下载 CDS FASTA

2790 bp · LXL04_029096|LXL04_029096|OH1004|CDS

ATGCGATCAAACGAACTTCATCACCAACTTCGTTCCGACTTGGTTGAACATATTTGGTCGAATAGCAATCATTTTTCTTCTCCGATTAGGGATCGCGATCAAGATTTTTGGGGAAAGATGAGTTCTTTTTCAATTACAAGGAAAAAAACACCTTTTCAAAAGCACCGTGAAGAAGAAGAGGCAAAGAAAAAGAGGGCTGAAGATGAAACAGCTCGTTTATATGCTGAGTTTCTGGAATCATTTCAAGGGGATGATGCACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

929 aa · LXL04_029096|LXL04_029096|OH1004|PROTEIN

MRSNELHHQLRSDLVEHIWSNSNHFSSPIRDRDQDFWGKMSSFSITRKKTPFQKHREEEEAKKKRAEDETARLYAEFLESFQGDDAPGLKAFVRGGTVNDEKVKPDTGGNSKDVSGSKKGSRYVPSFLPPPMATKGKEHERQREEERPKEKGKGKARNIDYFMEELKHEQEMRERRNQERDQWHDGGRQTTAPSTLSTRFDELPDDFDGKPGSFDDGDPQTTNLYVGNLSPQVDENFLLRTFGRFGPIASVKIMWPRTEE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029096`
TK1151 ID	TkA07G272170
OH-1004 ID	LXL04_029096
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.793 / OH-1004 55.436 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029096

位置 Chr06:80746013-80753262 (+)

描述 Similar to RRC1: Protein RRC1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g25060`	可能通过调控前体 mRNA 的可变剪接，参与光形态建成。	The RS domain of Arabidopsis splicing factor RRC1 is required for phytochrome B signal transduction.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.04937.x SWAP1-SFPS-RRC1 splicing factor complex modulates pre-mRNA splicing to promote photomorphogenesis in Arabidopsis .2022 · DOI: 10.1073/pnas.2214565119
`At5g10800`	可能的 SR 样剪接因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029096 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0010099 regulation of photomorphogenesis 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0043484 regulation of RNA splicing 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005686 U2 snRNP 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016607 nuclear speck 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G10800

ath:AT5G25060

hsa:23350

mmu:67958

pon:100174588

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.824

排名 1 · LXL04_029096 · OH-1004

细胞质0.221

排名 2 · LXL04_029096 · OH-1004

细胞膜0.047

排名 3 · LXL04_029096 · OH-1004

高尔基体0.023

排名 4 · LXL04_029096 · OH-1004

内质网0.022

排名 5 · LXL04_029096 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076.29RRM_1224-296 aa

PF01805.27Surp365-429 aa

PF04818.20CID485-613 aa

PF08312.18cwf21812-853 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029096	`PF00076.29`	RRM_1	224	296	9.3e-12	45.4
LXL04_029096	`PF01805.27`	Surp	365	429	4.6e-19	68.5
LXL04_029096	`PF04818.20`	CID	485	613	3.6e-08	34.4
LXL04_029096	`PF08312.18`	cwf21	812	853	2.5e-06	28.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C5J3`	拟南芥	Protein RRC1	68.630%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4KIA8`	拟南芥	Protein RRC1-like	66.357%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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