LXL04_029090 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029090

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 80536266-80551612 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5163 bp · LXL04_029090|LXL04_029090|OH1004|cDNA

ATGGCCGCTAACCTACTTCTTGGTCTCGCTGCCAACTCCAACCCTGGTAACTTCCAAATTCCTTCCCTCAGCATAAAATTGAATCAGAACAATTTCTCCCTATGGCGCTCTACCATTATTTCTGCGCTGGAGACTTTTGATCTGGAAAGCTTCGTTCTTTCCCCTGACCCACCTGCTGCGACCATCTCTGTTCCTTCTGCTGCTGGTACAAAAGGCCCTCCGACAATTGAAGCTAATCCCGCCCTTGTTTCTTGGAAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

5163 bp · LXL04_029090|LXL04_029090|OH1004|CDS

ATGGCCGCTAACCTACTTCTTGGTCTCGCTGCCAACTCCAACCCTGGTAACTTCCAAATTCCTTCCCTCAGCATAAAATTGAATCAGAACAATTTCTCCCTATGGCGCTCTACCATTATTTCTGCGCTGGAGACTTTTGATCTGGAAAGCTTCGTTCTTTCCCCTGACCCACCTGCTGCGACCATCTCTGTTCCTTCTGCTGCTGGTACAAAAGGCCCTCCGACAATTGAAGCTAATCCCGCCCTTGTTTCTTGGAAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1720 aa · LXL04_029090|LXL04_029090|OH1004|PROTEIN

MAANLLLGLAANSNPGNFQIPSLSIKLNQNNFSLWRSTIISALETFDLESFVLSPDPPAATISVPSAAGTKGPPTIEANPALVSWKKKDQIVLLDDIVVGVGGEGGISQNGKILPNVGGYLPIIDQKRNRIVQPNRSSPPDMNSTRSPVHELRPRPGSGTRSRDSSITDLGHHRHSSDVLGNDQQVPGHHRQHPDHPRVAIQVTRTPPRTNLVATKSTDAHQLFDDMPTRQRSGFLGHHRTLLGQISASDQNARTHTNCS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029090`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029090

位置 Chr06:80536266-80551612 (+)

描述 Similar to URH1: Uridine nucleosidase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g18860`	存在于质外体液的胞外嘌呤特异性水解酶，参与肌苷、腺苷等胞外核苷的降解，可能参与创伤及灰葡萄孢菌（Botrytis cinerea）等病原体应答。	Arabidopsis nucleoside hydrolases involved in intracellular and extracellular degradation of purines.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04455.x Apoplastic Nucleoside Accumulation in Arabidopsis Leads to Reduced Photosynthetic Performance and Increased Susceptibility Against Botrytis cinerea.2015 · DOI: 10.3389/fpls.2015.01158
`At5g18890`	可能参与核苷的降解。	暂无已核实直接文献
`At5g18870`	可能参与胞外核苷的降解。	暂无已核实直接文献
`At2g36310`	参与嘌呤和嘧啶分解而不是嘧啶回收，特别是在应对暗应激时。	Uridine-ribohydrolase is a key regulator in the uridine degradation pathway of Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.062612 Arabidopsis nucleoside hydrolases involved in intracellular and extracellular degradation of purines.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04455.x Arabidopsis thaliana nucleosidase mutants provide new insights into nucleoside degradation.2011 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2011.03711.x AMP and GMP Catabolism in Arabidopsis Converge on Xanthosine, Which Is Degraded by a Nucleoside Hydrolase Heterocomplex.2019 · DOI: 10.1105/tpc.18.00899

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029090 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006148 inosine catabolic process 生物过程

GO:0006154 adenosine catabolic process 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0016799 hydrolase activity, hydrolyzing N-glycosyl compounds 分子功能

GO:0047622 adenosine nucleosidase activity 分子功能

GO:0047724 inosine nucleosidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G18860

ath:AT5G18890

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.297

排名 1 · LXL04_029090 · OH-1004

溶酶体／液泡0.265

排名 2 · LXL04_029090 · OH-1004

细胞质0.222

排名 3 · LXL04_029090 · OH-1004

内质网0.150

排名 4 · LXL04_029090 · OH-1004

细胞膜0.111

排名 5 · LXL04_029090 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01156.25IU_nuc_hydro355-567 aa

PF01156.25IU_nuc_hydro701-1038 aa

PF01156.25IU_nuc_hydro1093-1294 aa

PF01156.25IU_nuc_hydro1430-1694 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029090	`PF01156.25`	IU_nuc_hydro	355	567	4.6e-126	421.2
LXL04_029090	`PF01156.25`	IU_nuc_hydro	701	1038	4.6e-126	421.2
LXL04_029090	`PF01156.25`	IU_nuc_hydro	1093	1294	4.6e-126	421.2
LXL04_029090	`PF01156.25`	IU_nuc_hydro	1430	1694	4.6e-126	421.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RY23`	拟南芥	Nucleoside hydrolase 3	62.601%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`F4JZJ2`	拟南芥	Nucleoside hydrolase 4	60.038%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`F4JZJ0`	拟南芥	Nucleoside hydrolase 5	54.264%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SJM7`	拟南芥	Uridine nucleosidase 1	27.519%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情