LXL04_029076 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029076

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 80120704-80130596 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5838 bp · LXL04_029076|LXL04_029076|OH1004|cDNA

ATGGAGGCGGCTGCAAACGATTTTCAAACGGAAGGAGCTGCGGCGCCACCCCCACCGCCACCACCATCTGAACCGATTCCTCCGGTGGAAGAAGATGACGAAGATGAGGAATatgaagaggaagaagaggaggaggaTGATGACGAGGAGGAAACAAATAACGAAGACGAAATTCTGATAGCGAAAGCGCAGGGACTGATAGACAAGATCACCGCCTCTCCTGATAACCCTAAGCCCAGCTGTCTTCATGCCCTAGCCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

5838 bp · LXL04_029076|LXL04_029076|OH1004|CDS

ATGGAGGCGGCTGCAAACGATTTTCAAACGGAAGGAGCTGCGGCGCCACCCCCACCGCCACCACCATCTGAACCGATTCCTCCGGTGGAAGAAGATGACGAAGATGAGGAATATGAAGAGGAAGAAGAGGAGGAGGATGATGACGAGGAGGAAACAAATAACGAAGACGAAATTCTGATAGCGAAAGCGCAGGGACTGATAGACAAGATCACCGCCTCTCCTGATAACCCTAAGCCCAGCTGTCTTCATGCCCTAGCCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1945 aa · LXL04_029076|LXL04_029076|OH1004|PROTEIN

MEAAANDFQTEGAAAPPPPPPPSEPIPPVEEDDEDEEYEEEEEEEDDDEEETNNEDEILIAKAQGLIDKITASPDNPKPSCLHALASILETQEARYMEETGHSSLNNGRVSYNIGRLGNLLRDNDEFFELISVKFLSENRYTISVQAAALRLLFSCSLTWMYPHVFEETVLEHIKGWVMDGPTRSSTEDHKGKNGSAVKQASDSEMLKTYSTGLLAVCLAGGGQVVEDVLTSGLSAKLMRYLRIRVLGEASTSQKESNFL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029076`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029076

位置 Chr06:80120704-80130596 (+)

描述 Similar to DCAF1: DDB1- and CUL4-associated factor homolog 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g31160`	作为 CUL4-RBX1-DDB1-DCAF1 E3 泛素-蛋白质连接酶复合物的组成部分，DCAF1 可能充当该复合物内的底物识别模块。	Arabidopsis DDB1-CUL4 ASSOCIATED FACTOR1 forms a nuclear E3 ubiquitin ligase with DDB1 and CUL4 that is involved in multiple plant developmental processes.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058891

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029076 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010154 fruit development 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0035212 cell competition in a multicellular organism 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0043687 post-translational protein modification 生物过程

GO:0045732 positive regulation of protein catabolic process 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0048367 shoot system development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G31160

hsa:9730

mmu:321006

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.554

排名 1 · LXL04_029076 · OH-1004

细胞质0.393

排名 2 · LXL04_029076 · OH-1004

细胞膜0.050

排名 3 · LXL04_029076 · OH-1004

线粒体0.046

排名 4 · LXL04_029076 · OH-1004

高尔基体0.039

排名 5 · LXL04_029076 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27635.1Mahjong_helical493-640 aa

PF27600.1DCAF1_helical735-917 aa

PF27601.1DCAF1_4th996-1101 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029076	`PF27635.1`	Mahjong_helical	493	640	6.8e-18	66.2
LXL04_029076	`PF27600.1`	DCAF1_helical	735	917	1.6e-50	172.2
LXL04_029076	`PF27601.1`	DCAF1_4th	996	1101	1.9e-26	92.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M086`	拟南芥	DDB1- and CUL4-associated factor homolog 1	56.497%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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