LXL04_029061 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029061

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 79530047-79533759 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2439 bp · LXL04_029061|LXL04_029061|OH1004|cDNA

ATGGGTGGTTCTTTCATGCAAattgaagtatttTCCGATACTGGAAATCTCAGTCGGATAAGATCAGTGGTTTGCAGAATCGAGAGTATAGCAATATTGACCCGACCCCAGTTCCGCACTGACCTGGCAGCACGACCCCAGTTCCGCGCTGACCTGACAGCACAACCCCAGCCAGGGGCTccgccccttggaccccgccggtggctgccgccccggaccccgctgtcaggggttgccgcccccgaacccccgcagTACGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2439 bp · LXL04_029061|LXL04_029061|OH1004|CDS

ATGGGTGGTTCTTTCATGCAAATTGAAGTATTTTCCGATACTGGAAATCTCAGTCGGATAAGATCAGTGGTTTGCAGAATCGAGAGTATAGCAATATTGACCCGACCCCAGTTCCGCACTGACCTGGCAGCACGACCCCAGTTCCGCGCTGACCTGACAGCACAACCCCAGCCAGGGGCTCCGCCCCTTGGACCCCGCCGGTGGCTGCCGCCCCGGACCCCGCTGTCAGGGGTTGCCGCCCCCGAACCCCCGCAGTACGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

812 aa · LXL04_029061|LXL04_029061|OH1004|PROTEIN

MGGSFMQIEVFSDTGNLSRIRSVVCRIESIAILTRPQFRTDLAARPQFRADLTAQPQPGAPPLGPRRWLPPRTPLSGVAAPEPPQYATNPNELHKRALCTIRFSKSQIISIHLHQINTMAINLTAGAISLLTSGEWQKMDLKPVLQLMDLRMVQTQNTTGGGANNKGDKYRVLLSDGSFHQQGMLATQLNDLVTSQKMQKGSIVQLNQFVCNTIRGRLIIIIVDLNVILDKCDIIGDAKPFSQNLPGGEPPSMARPAPPI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029061`
TK1151 ID	TkA07G268070
OH-1004 ID	LXL04_029061
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	95.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 85.468 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029061

位置 Chr06:79530047-79533759 (+)

描述 Similar to RPA1E: Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit E

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g19130`	DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 (RPA) 的组成部分。	暂无已核实直接文献
`At2g06510`	DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物的组成部分。	Replication protein A (AtRPA1a) is required for class I crossover formation but is dispensable for meiotic DNA break repair.2009 · DOI: 10.1038/emboj.2008.295 Arabidopsis replication protein A 70a is required for DNA damage response and telomere length homeostasis.2009 · DOI: 10.1093/pcp/pcp140
`At5g45400`	DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 (RPA) 的组成部分。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0776800`	DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物的组成部分。	Two types of replication protein A in seed plants.2005 · DOI: 10.1111/j.1742-4658.2005.04719.x Replication protein A (RPA1a) is required for meiotic and somatic DNA repair but is dispensable for DNA replication and homologous recombination in rice.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.142877
`Os05g0111000`	DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 (RPA) 的组成部分。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029061 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程

GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程

GO:0007140 male meiotic nuclear division 生物过程

GO:0007141 male meiosis I 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0048232 male gamete generation 生物过程

GO:0051026 chiasma assembly 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G06510

ath:AT4G19130

ath:AT5G45400

dosa:Os02g0776800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.913

排名 1 · LXL04_029061 · OH-1004

细胞质0.192

排名 2 · LXL04_029061 · OH-1004

线粒体0.025

排名 3 · LXL04_029061 · OH-1004

细胞膜0.024

排名 4 · LXL04_029061 · OH-1004

内质网0.017

排名 5 · LXL04_029061 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04057.19Rep-A_N123-228 aa

PF01336.32tRNA_anti-codon350-433 aa

PF16900.12REPA_OB_2460-564 aa

PF08646.17Rep_fac-A_C619-763 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029061	`PF04057.19`	Rep-A_N	123	228	6.1e-26	91.1
LXL04_029061	`PF01336.32`	tRNA_anti-codon	350	433	1.8e-11	44.5
LXL04_029061	`PF16900.12`	REPA_OB_2	460	564	1.8e-29	102.2
LXL04_029061	`PF08646.17`	Rep_fac-A_C	619	763	2.2e-47	161.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JSG3`	拟南芥	Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit E	50.435%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SKI4`	拟南芥	Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit A	50.675%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FHJ6`	拟南芥	Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit C	56.204%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6YZ49`	水稻	Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit A	49.008%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q65XV7`	水稻	Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit C	53.004%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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