LXL04_028925 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028925

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 74782344-74787177 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2517 bp · LXL04_028925|LXL04_028925|OH1004|cDNA

ATGGGTGGTGATGCTAAGGGTGACAGTAAATCATCCGATTCGGATAGCAGTACTTGGGATTTCGGCGGTGAGGACACTCAGATCGTCGATAGTCAGTGTTTTGATTCTCCAACATCATTGCGTGATAATAAGCTGAATGGTGATGATGCTGACAACATCCACATCTTACAAAGTACCATCCCTTTTGATGACACGGCcatttttgaagatgatttaGCCACCCAAGTGATGGATCTTGATGGTGAAACTCAAGTAGTCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2517 bp · LXL04_028925|LXL04_028925|OH1004|CDS

ATGGGTGGTGATGCTAAGGGTGACAGTAAATCATCCGATTCGGATAGCAGTACTTGGGATTTCGGCGGTGAGGACACTCAGATCGTCGATAGTCAGTGTTTTGATTCTCCAACATCATTGCGTGATAATAAGCTGAATGGTGATGATGCTGACAACATCCACATCTTACAAAGTACCATCCCTTTTGATGACACGGCCATTTTTGAAGATGATTTAGCCACCCAAGTGATGGATCTTGATGGTGAAACTCAAGTAGTCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

838 aa · LXL04_028925|LXL04_028925|OH1004|PROTEIN

MGGDAKGDSKSSDSDSSTWDFGGEDTQIVDSQCFDSPTSLRDNKLNGDDADNIHILQSTIPFDDTAIFEDDLATQVMDLDGETQVVDLCGETQEVNFDTEVDEMDILDSIERNATQLFHDSDTEEFVTTDYEETQKIEIVDDSDDDDSNRKEHKSKIGTGLKMFTSVRAASLRASGLAARNKASQINKLTSQPEAGSSRSGFGRSTARKLFAEETPPEGNDNIDLCGTGLTYLDSQEPGESSQQNALDFVDNFLKVNTEC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028925`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_028925`
位置	Chr06:74782344-74787177 (+)
描述	Similar to Paxip1: PAX-interacting protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_028925` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000076 DNA replication checkpoint signaling 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0010212 response to ionizing radiation 生物过程 GO:0031398 positive regulation of protein ubiquitination 生物过程 GO:0043542 endothelial cell migration 生物过程 GO:0060261 positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II 生物过程 GO:1902749 regulation of cell cycle G2/M phase transition 生物过程 GO:1990166 protein localization to site of double-strand break 生物过程
KEGG 基因交叉引用	bta:513213 hsa:22976 mmu:55982 ssc:100144453 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.973

排名 1 · LXL04_028925 · OH-1004

细胞质0.090

排名 2 · LXL04_028925 · OH-1004

细胞膜0.018

排名 3 · LXL04_028925 · OH-1004

内质网0.009

排名 4 · LXL04_028925 · OH-1004

线粒体0.008

排名 5 · LXL04_028925 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16770.12RTT107_BRCT_5585-678 aa

PF00533.34BRCT623-665 aa

PF16589.13BRCT_2703-791 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028925	`PF16770.12`	RTT107_BRCT_5	585	678	4.5e-08	33.6
LXL04_028925	`PF00533.34`	BRCT	623	665	3.5e-10	40.6
LXL04_028925	`PF16589.13`	BRCT_2	703	791	3.1e-19	69.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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