LXL04_028636 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028636

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 50522787-50523923 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

753 bp · LXL04_028636|LXL04_028636|OH1004|cDNA

ATGTTGGCAGTATTCGACAAGGCAGTAGCCAAGAGCCCAGAGGGACTACAGACCCCACAACAAGAACCGCCGGTGAACGCACTCAAAGATGGCCTTTTGTCCCGCCACTTCTCCGCCGTGCATCCGTCCGCCGTCGCCATAAACCTCGCCGGTTCTGGTCTTATCTCTTACTCCATCGATAAACAAAACCCCCTTCTTCCCAGATTGTTTGCGGTTGTGGACGACATATTCTGCTTGTTTCAAGGTCACGTAGAGAACGT...

CDS

下载 CDS FASTA

753 bp · LXL04_028636|LXL04_028636|OH1004|CDS

ATGTTGGCAGTATTCGACAAGGCAGTAGCCAAGAGCCCAGAGGGACTACAGACCCCACAACAAGAACCGCCGGTGAACGCACTCAAAGATGGCCTTTTGTCCCGCCACTTCTCCGCCGTGCATCCGTCCGCCGTCGCCATAAACCTCGCCGGTTCTGGTCTTATCTCTTACTCCATCGATAAACAAAACCCCCTTCTTCCCAGATTGTTTGCGGTTGTGGACGACATATTCTGCTTGTTTCAAGGTCACGTAGAGAACGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

250 aa · LXL04_028636|LXL04_028636|OH1004|PROTEIN

MLAVFDKAVAKSPEGLQTPQQEPPVNALKDGLLSRHFSAVHPSAVAINLAGSGLISYSIDKQNPLLPRLFAVVDDIFCLFQGHVENVAPLKQQYGLNKTANEVTIVIEAYRTLRDRGPYPADQVVRDLQGKFAFVLYDSTSNSTFIAADADGSVPFFWGTDSEGNVVLSDDVETVKKGCGKSFAPFPKGCFFTTSGGLRSFEHPFNELKAVPRVDSSGEMCGANFKVDAGSRKEAGMPRVGSAANWSQHY

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028636`
TK1151 ID	TkA07G176580
OH-1004 ID	LXL04_028636
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	96.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.410 / OH-1004 75.600 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028636

位置 Chr06:50522787-50523923 (+)

描述 Similar to TSJT1: Stem-specific protein TSJT1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0291500`	对植物通过韧皮部进行氮的同化、分配和重新分布至关重要。	暂无已核实直接文献
`Os06g0265000`	对植物通过韧皮部进行氮的同化、分配和重新分布至关重要。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028636 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006541 glutamine metabolic process 生物过程

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0008652 amino acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009063 amino acid catabolic process 生物过程

GO:0070981 L-asparagine biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0045335 phagocytic vesicle 细胞组分

GO:0004066 asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing) activity 分子功能

GO:0004071 aspartate-ammonia ligase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016597 amino acid binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ddi:DDB_G0286059

dosa:Os03g0291500

dosa:Os06g0265000

ecj:JW0660

eco:b0674

ecoc:C3026_03350

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.310

排名 1 · LXL04_028636 · OH-1004

细胞核0.190

排名 2 · LXL04_028636 · OH-1004

高尔基体0.158

排名 3 · LXL04_028636 · OH-1004

内质网0.157

排名 4 · LXL04_028636 · OH-1004

质体0.134

排名 5 · LXL04_028636 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12481.14DUF37002-227 aa

PF13537.12GATase_775-169 aa

PF13522.13GATase_679-179 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028636	`PF12481.14`	DUF3700	2	227	5.8e-112	373.4
LXL04_028636	`PF13537.12`	GATase_7	75	169	1.5e-08	35.4
LXL04_028636	`PF13522.13`	GATase_6	79	179	1.5e-08	35.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q10MX3`	水稻	Asparagine synthetase [glutamine-hydrolyzing] 1	27.820%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q43011`	水稻	Asparagine synthetase [glutamine-hydrolyzing] 2	29.134%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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