LXL04_028550 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028550

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 45370016-45372764 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1149 bp · LXL04_028550|LXL04_028550|OH1004|cDNA

ATGAGCAACTTAGTGCAGGTACCCTACGACGCCACAGTGAAGCTGATGCTCGCTTCCCTCGAACGCAATCTGCTTCCAGACGCAGTTATCCGCAAGCTCACTCGTCTCCTTCTAGCCGGCCGTCTTCGTGCCTGCTTCAAACCCACATCTCAAGAACAACTCCAAGACCTTATGGCTTTCGTTCATTCACTAAAAGAAATGCCAATAGCTGTGAAGACGGAAGATGCCAAAACTCAACATTATGAGCTACCTACCTCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1149 bp · LXL04_028550|LXL04_028550|OH1004|CDS

ATGAGCAACTTAGTGCAGGTACCCTACGACGCCACAGTGAAGCTGATGCTCGCTTCCCTCGAACGCAATCTGCTTCCAGACGCAGTTATCCGCAAGCTCACTCGTCTCCTTCTAGCCGGCCGTCTTCGTGCCTGCTTCAAACCCACATCTCAAGAACAACTCCAAGACCTTATGGCTTTCGTTCATTCACTAAAAGAAATGCCAATAGCTGTGAAGACGGAAGATGCCAAAACTCAACATTATGAGCTACCTACCTCTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

382 aa · LXL04_028550|LXL04_028550|OH1004|PROTEIN

MSNLVQVPYDATVKLMLASLERNLLPDAVIRKLTRLLLAGRLRACFKPTSQEQLQDLMAFVHSLKEMPIAVKTEDAKTQHYELPTSFFNLVLGKNFKYRQLNFKFYFKISTQIQHYTFNIGCIKIGCCYFRDKLSTLEDAEEAMLEVYCEKSQLKDGHTVLDVGCGWGSLSIYIAQKFPNCQVTGICNSVTQKAHIEDQCGKLGLQNVKVIVADISTFEMEGSYDRIFSIEMFEHMKNYRDLLKKISSWMKQDGFLFVHF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028550`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_028550`
位置	Chr06:45370016-45372764 (+)
描述	Similar to (S)-coclaurine N-methyltransferase
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_028550` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0002238 response to molecule of fungal origin 生物过程 GO:0009611 response to wounding 生物过程 GO:0032259 methylation 生物过程 GO:1901012 (S)-reticuline biosynthetic process 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0008168 methyltransferase activity 分子功能 GO:0030782 (S)-tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase activity 分子功能 GO:0030794 (S)-coclaurine-N-methyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ag:AAU20766 ag:ACO90251 ag:AOR51553 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.290

排名 1 · LXL04_028550 · OH-1004

内质网0.258

排名 2 · LXL04_028550 · OH-1004

细胞质0.210

排名 3 · LXL04_028550 · OH-1004

过氧化物酶体0.160

排名 4 · LXL04_028550 · OH-1004

细胞核0.085

排名 5 · LXL04_028550 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02353.27CMAS126-339 aa

PF13489.13Methyltransf_23154-262 aa

PF13847.13Methyltransf_31155-272 aa

PF05175.21MTS156-229 aa

PF02390.24Methyltransf_4158-215 aa

PF13649.13Methyltransf_25160-254 aa

PF08241.19Methyltransf_11161-258 aa

PF08242.19Methyltransf_12161-256 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028550	`PF02353.27`	CMAS	126	339	5e-40	138.2
LXL04_028550	`PF13489.13`	Methyltransf_23	154	262	1.4e-13	51.7
LXL04_028550	`PF13847.13`	Methyltransf_31	155	272	2.8e-14	53.8
LXL04_028550	`PF05175.21`	MTS	156	229	3e-06	27.6
LXL04_028550	`PF02390.24`	Methyltransf_4	158	215	8e-07	29.4
LXL04_028550	`PF13649.13`	Methyltransf_25	160	254	4e-16	60.2
LXL04_028550	`PF08241.19`	Methyltransf_11	161	258	1.5e-13	51.9
LXL04_028550	`PF08242.19`	Methyltransf_12	161	256	2.3e-12	48.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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