LXL04_028443 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028443

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 41900176-41901790 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1233 bp · LXL04_028443|LXL04_028443|OH1004|cDNA

ATGTCAATCACTGAAACATCCACCAATGCTCAATCAATTGAAATTGAGAAGAGCAAAAGGCCTAATTCATCCTTAAATATGCTTGTCCGTGCAGTTCTATTGGATAAGAAACCCGATGAGGTTCCCATGCTTGTAGAATCTGTATTAAGTAAGGTCATGGAAGAGTTTGAGAATCGTATCACTAGTCAAGTTGAACTGAAACTCGCAGCTGCTAAAGATACCCCTAATGGAAACAATACTCTTTTGAAAAGTATTTCTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1233 bp · LXL04_028443|LXL04_028443|OH1004|CDS

ATGTCAATCACTGAAACATCCACCAATGCTCAATCAATTGAAATTGAGAAGAGCAAAAGGCCTAATTCATCCTTAAATATGCTTGTCCGTGCAGTTCTATTGGATAAGAAACCCGATGAGGTTCCCATGCTTGTAGAATCTGTATTAAGTAAGGTCATGGAAGAGTTTGAGAATCGTATCACTAGTCAAGTTGAACTGAAACTCGCAGCTGCTAAAGATACCCCTAATGGAAACAATACTCTTTTGAAAAGTATTTCTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

410 aa · LXL04_028443|LXL04_028443|OH1004|PROTEIN

MSITETSTNAQSIEIEKSKRPNSSLNMLVRAVLLDKKPDEVPMLVESVLSKVMEEFENRITSQVELKLAAAKDTPNGNNTLLKSISNGIKMQDKILALVERDQNLHKKLIADEEAKRRQLKLETAFDGQKKDITKLKQTLTITKVGMQFMQMKFLEEIQNLGLHIHGLASAASGYHRVLDKNRKLYNQVQDHIGNIRVYCPVRPPFEDEQISKVLWIALKKEQLPSQNGFKVPDASLVHVLSMFDVIDLMNLGHKNRVVG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028443`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028443

位置 Chr06:41900176-41901790 (+)

描述 Similar to KIN14I: Kinesin-like protein KIN-14I

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g47500`	类驱动蛋白KIN-14I。	暂无已核实直接文献
`At5g27000`	微管结合运动蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0301800`	类动力蛋白KIN-14F。	暂无已核实直接文献
`Os12g0547500`	沿着微管运输肌动蛋白丝的负端定向运动蛋白。	Dynamic bridges--a calponin-domain kinesin from rice links actin filaments and microtubules in both cycling and non-cycling cells.2009 · DOI: 10.1093/pcp/pcp094 A kinesin with calponin-homology domain is involved in premitotic nuclear migration.2010 · DOI: 10.1093/jxb/erq164 The non-processive rice kinesin-14 OsKCH1 transports actin filaments along microtubules with two distinct velocities.2015 · DOI: 10.1038/nplants.2015.111
`Os11g0672400`	类动力蛋白 KIN-14P。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028443 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007017 microtubule-based process 生物过程

GO:0007018 microtubule-based movement 生物过程

GO:0007097 nuclear migration 生物过程

GO:0031534 minus-end directed microtubule sliding 生物过程

GO:0051647 nucleus localization 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0015629 actin cytoskeleton 细胞组分

GO:0015630 microtubule cytoskeleton 细胞组分

GO:0003777 microtubule motor activity 分子功能

GO:0003779 actin binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G47500

dosa:Os03g0301800

dosa:Os12g0547500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.659

排名 1 · LXL04_028443 · OH-1004

细胞核0.329

排名 2 · LXL04_028443 · OH-1004

线粒体0.075

排名 3 · LXL04_028443 · OH-1004

细胞膜0.057

排名 4 · LXL04_028443 · OH-1004

高尔基体0.040

排名 5 · LXL04_028443 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16796.12Microtub_bd181-209 aa

PF00225.30Kinesin226-391 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028443	`PF16796.12`	Microtub_bd	181	209	2.8e-06	28.0
LXL04_028443	`PF00225.30`	Kinesin	226	391	8.8e-57	193.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IL57`	拟南芥	Kinesin-like protein KIN-14I	80.978%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O81635`	拟南芥	Kinesin-like protein KIN-14G	75.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q10MN5`	水稻	Kinesin-like protein KIN-14F	76.630%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0IMS9`	水稻	Kinesin-like protein KIN-14Q	74.317%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`B9G8P1`	水稻	Kinesin-like protein KIN-14P	74.457%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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