LXL04_028422 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028422

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 41407978-41413369 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2622 bp · LXL04_028422|LXL04_028422|OH1004|cDNA

ATGAGCAGAGGTGTTATAGAGAATAGTTACAACAACGAGGTTCCCGATGAATTGAAACCAAATAACTTGATGATGTTCAAATCCGTGACTGATGTGATTGATATGTACAAACGTTATGTGGAGAAGGCACGAACAAATTTCCCTGGTGATCAGTGGACCATTAAACAGACGATGATGATTGTCGAGCATCTCTTTACACTTTCGATCTTACTCAGCCTTCTGATCATCGCAAAATGCGAAGTCTACATCGTAACAATCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2622 bp · LXL04_028422|LXL04_028422|OH1004|CDS

ATGAGCAGAGGTGTTATAGAGAATAGTTACAACAACGAGGTTCCCGATGAATTGAAACCAAATAACTTGATGATGTTCAAATCCGTGACTGATGTGATTGATATGTACAAACGTTATGTGGAGAAGGCACGAACAAATTTCCCTGGTGATCAGTGGACCATTAAACAGACGATGATGATTGTCGAGCATCTCTTTACACTTTCGATCTTACTCAGCCTTCTGATCATCGCAAAATGCGAAGTCTACATCGTAACAATCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

873 aa · LXL04_028422|LXL04_028422|OH1004|PROTEIN

MSRGVIENSYNNEVPDELKPNNLMMFKSVTDVIDMYKRYVEKARTNFPGDQWTIKQTMMIVEHLFTLSILLSLLIIAKCEVYIVTIEGDPVISYRGGIDGFEATAVESDQKLDVTSDLVTSYSQHLTTRHDNLLESLFDDESYTKLYSYKHLINGFAVHISPEQAETLRRAPGVKSVDRDWKVRKLTTHTPQFLGLPTGVWPTGGGFDRAGEDIVIGFVDSGIFPHHPSFRNPESAPYEPLPRYRGKCEVDPDTRRSFCN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028422`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028422

位置 Chr06:41407978-41413369 (+)

描述 Similar to SBT2.6: Subtilisin-like protease SBT2.6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g30020`	类枯草杆菌蛋白酶 SBT2.6。	暂无已核实直接文献
`At2g19170`	类丝氨酸蛋白酶 SBT2.5。	暂无已核实直接文献
`At4g20430`	类羧肽酶样蛋白酶SBT2.2。	暂无已核实直接文献
`At5g44530`	类胰蛋白酶样蛋白酶 SBT2.3。	暂无已核实直接文献
`At1g30600`	类枯草溶菌酶蛋白酶 SBT2.1。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028422 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004252 serine-type endopeptidase activity 分子功能

GO:0008236 serine-type peptidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G30600

ath:AT2G19170

ath:AT4G20430

ath:AT4G30020

ath:AT5G44530

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.553

排名 1 · LXL04_028422 · OH-1004

溶酶体／液泡0.166

排名 2 · LXL04_028422 · OH-1004

细胞质0.093

排名 3 · LXL04_028422 · OH-1004

内质网0.073

排名 4 · LXL04_028422 · OH-1004

细胞膜0.068

排名 5 · LXL04_028422 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05922.22Inhibitor_I982-184 aa

PF00082.28Peptidase_S8211-691 aa

PF02225.28PA456-549 aa

PF06280.19fn3_5772-867 aa

PF17766.8fn3_6775-867 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028422	`PF05922.22`	Inhibitor_I9	82	184	2.4e-15	57.7
LXL04_028422	`PF00082.28`	Peptidase_S8	211	691	3.3e-42	145.5
LXL04_028422	`PF02225.28`	PA	456	549	5.1e-06	27.2
LXL04_028422	`PF06280.19`	fn3_5	772	867	2.6e-19	70.6
LXL04_028422	`PF17766.8`	fn3_6	775	867	1.1e-18	67.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZV5`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT2.6	78.960%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O64481`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT2.5	79.548%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SUN6`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT2.2	48.202%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FI12`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT2.3	45.285%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SA75`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT2.1	45.093%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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