LXL04_028380 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028380

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 39464652-39467198 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2547 bp · LXL04_028380|LXL04_028380|OH1004|cDNA

ATGGAGGGCACATTCCTCCCGAACAGACCAGCGCTCCCTCTACAATTGACAAAACCCACACAATCAAACCAACAACAAAGACTCGGATTCAATCCAGTAACTCTCCCTCCACAACCACCGTCTCCGCAATCTTTCCCCATTGATCCTCTCGTCCAGCACCTTGTCCACCTCTCTTCGCCACCGCCAACCACCACCCACAAACAAAAACCTATACGATCACTAAAATCAAGCAACACCCAGTTCCCTTCTACTCGCAGCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

2547 bp · LXL04_028380|LXL04_028380|OH1004|CDS

ATGGAGGGCACATTCCTCCCGAACAGACCAGCGCTCCCTCTACAATTGACAAAACCCACACAATCAAACCAACAACAAAGACTCGGATTCAATCCAGTAACTCTCCCTCCACAACCACCGTCTCCGCAATCTTTCCCCATTGATCCTCTCGTCCAGCACCTTGTCCACCTCTCTTCGCCACCGCCAACCACCACCCACAAACAAAAACCTATACGATCACTAAAATCAAGCAACACCCAGTTCCCTTCTACTCGCAGCTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

848 aa · LXL04_028380|LXL04_028380|OH1004|PROTEIN

MEGTFLPNRPALPLQLTKPTQSNQQQRLGFNPVTLPPQPPSPQSFPIDPLVQHLVHLSSPPPTTTHKQKPIRSLKSSNTQFPSTRSYSRKNALNRTHFKKNYSTSVLTLEETKVQLAGIDGDAEGSLDFLSNECKSMLDSILEQSLSSLNLFFYSVKFKLIELDMVSLLKGLDLSGNWEKALCLFEWVLEDSRTNQSFNLDNQMIELMVKMLGRESQHTIMSKLFDKFDIEDHSLDVRAFTTIIHSHSCTGKYEKAINVF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028380`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028380

位置 Chr06:39464652-39467198 (+)

描述 Similar to At2g18940: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g18940, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g18940`	含五肽重复序列蛋白 At2g18940，叶绿体定位。	暂无已核实直接文献
`At5g02860`	含五肽重复的蛋白 At5g02860。	暂无已核实直接文献
`At1g74850`	参与质体基因表达。	pTAC2, -6, and -12 are components of the transcriptionally active plastid chromosome that are required for plastid gene expression.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.036392
`At3g06920`	含五重复肽序列的蛋白 At3g06920。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028380 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G18940

ath:AT5G02860

zma:100302579

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.448

排名 1 · LXL04_028380 · OH-1004

质体0.376

排名 2 · LXL04_028380 · OH-1004

细胞核0.077

排名 3 · LXL04_028380 · OH-1004

细胞质0.026

排名 4 · LXL04_028380 · OH-1004

细胞膜0.010

排名 5 · LXL04_028380 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13812.13PPR_3223-285 aa

PF23276.3TPR_24230-328 aa

PF13041.13PPR_2236-282 aa

PF01535.27PPR239-267 aa

PF29070.1MSC6_N241-330 aa

PF13041.13PPR_2270-319 aa

PF13812.13PPR_3295-355 aa

PF17177.11PPR_long296-431 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028380	`PF13812.13`	PPR_3	223	285	1.1e-102	336.9
LXL04_028380	`PF23276.3`	TPR_24	230	328	7.3e-40	136.7
LXL04_028380	`PF13041.13`	PPR_2	236	282	4.8e-130	424.3
LXL04_028380	`PF01535.27`	PPR	239	267	3.4e-96	309.7
LXL04_028380	`PF29070.1`	MSC6_N	241	330	9e-38	131.1
LXL04_028380	`PF13041.13`	PPR_2	270	319	4.8e-130	424.3
LXL04_028380	`PF13812.13`	PPR_3	295	355	1.1e-102	336.9
LXL04_028380	`PF17177.11`	PPR_long	296	431	1.8e-37	129.5
LXL04_028380	`PF13041.13`	PPR_2	307	350	4.8e-130	424.3
LXL04_028380	`PF23276.3`	TPR_24	310	386	7.3e-40	136.7
LXL04_028380	`PF12854.14`	PPR_1	338	370	8.6e-90	294.8
LXL04_028380	`PF13041.13`	PPR_2	341	382	4.8e-130	424.3
LXL04_028380	`PF01535.27`	PPR	344	374	3.4e-96	309.7
LXL04_028380	`PF29070.1`	MSC6_N	345	432	9e-38	131.1
LXL04_028380	`PF13812.13`	PPR_3	360	389	1.1e-102	336.9
LXL04_028380	`PF13041.13`	PPR_2	376	424	4.8e-130	424.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O64624`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g18940, chloroplastic	60.731%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LYZ9`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02860	41.353%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9S7Q2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74850, chloroplastic	25.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M907`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06920	26.780%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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