LXL04_028371 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028371

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 39302823-39314060 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4587 bp · LXL04_028371|LXL04_028371|OH1004|cDNA

ATGGCAGCTCGGTCGTCTTTGGCCGGTATGGAGGTTCCGATTATCGGCAGCGATTCTACTAAATGGTTTAACGTCGCTGTACCTTCAACCTGTACTTCTATGCCGCCGCCTGAGCCCTTTGCTCCTCCTACTGACGACGCATCATCATGCTGCAACATTGGCTACCCTCCTACTTATTTCATTTGGAGAATAGACAAGAGTTGTCCAAATATTCTGGAGATAGTCGAATTCCACAGTTTTGAGGAATTTTCAAGGGTTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

4587 bp · LXL04_028371|LXL04_028371|OH1004|CDS

ATGGCAGCTCGGTCGTCTTTGGCCGGTATGGAGGTTCCGATTATCGGCAGCGATTCTACTAAATGGTTTAACGTCGCTGTACCTTCAACCTGTACTTCTATGCCGCCGCCTGAGCCCTTTGCTCCTCCTACTGACGACGCATCATCATGCTGCAACATTGGCTACCCTCCTACTTATTTCATTTGGAGAATAGACAAGAGTTGTCCAAATATTCTGGAGATAGTCGAATTCCACAGTTTTGAGGAATTTTCAAGGGTTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1528 aa · LXL04_028371|LXL04_028371|OH1004|PROTEIN

MAARSSLAGMEVPIIGSDSTKWFNVAVPSTCTSMPPPEPFAPPTDDASSCCNIGYPPTYFIWRIDKSCPNILEIVEFHSFEEFSRVGLRIEFTSALCPFALICKNEVSSSPVNPYILYALTVTGVAYLIRLNNITSYASCTVFPPSDVVELAIQNYGDYGAITAMSATAGCLVIGGRTGLVGCFRLGILDPSDPGFLHELRDDSSLGRLWSKFSRRTIAPVKCLVCLEIQGKRLLLVLHSDGLLQVWDLLSFSRLLSYTI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028371`
TK1151 ID	TkA07G147820
OH-1004 ID	LXL04_028371
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.666 / OH-1004 97.513 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028371

位置 Chr06:39302823-39314060 (+)

描述 Similar to NUP160: Nuclear pore complex protein NUP160

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g33410`	有助于成熟 mRNA 从细胞核转移到细胞质。	A putative Arabidopsis nucleoporin, AtNUP160, is critical for RNA export and required for plant tolerance to cold stress.2006 · DOI: 10.1128/mcb.01063-06 A loss-of-function mutation in the nucleoporin AtNUP160 indicates that normal auxin signalling is required for a proper ethylene response in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1093/jxb/err424 Putative members of the Arabidopsis Nup107-160 nuclear pore sub-complex contribute to pathogen defense.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.04928.x Nucleoporins Nup160 and Seh1 are required for disease resistance in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.4161/psb.21426

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028371 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006406 mRNA export from nucleus 生物过程

GO:0006606 protein import into nucleus 生物过程

GO:0006913 nucleocytoplasmic transport 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016973 poly(A)+ mRNA export from nucleus 生物过程

GO:0032502 developmental process 生物过程

GO:0046822 regulation of nucleocytoplasmic transport 生物过程

GO:0048510 regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G33410

dme:Dmel_CG4738

hsa:23279

mmu:59015

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.758

排名 1 · LXL04_028371 · OH-1004

细胞质0.226

排名 2 · LXL04_028371 · OH-1004

细胞膜0.056

排名 3 · LXL04_028371 · OH-1004

高尔基体0.042

排名 4 · LXL04_028371 · OH-1004

溶酶体／液泡0.039

排名 5 · LXL04_028371 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11715.17Beta-prop_Nup120_16059-524 aa

PF17238.9NUP160_helical_2544-732 aa

PF23300.4HEAT_Nup120916-1066 aa

PF23354.2TPR_NUP160_120_M920-1167 aa

PF23347.1TPR_Nup160_C1218-1473 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028371	`PF11715.17`	Beta-prop_Nup120_160	59	524	3.6e-42	145.4
LXL04_028371	`PF17238.9`	NUP160_helical_2	544	732	9.2e-75	251.5
LXL04_028371	`PF23300.4`	HEAT_Nup120	916	1066	3.1e-12	47.4
LXL04_028371	`PF23354.2`	TPR_NUP160_120_M	920	1167	2.8e-34	119.4
LXL04_028371	`PF23347.1`	TPR_Nup160_C	1218	1473	1.1e-14	55.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C811`	拟南芥	Nuclear pore complex protein NUP160	46.645%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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