LXL04_028340 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028340

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 38452030-38455640 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2619 bp · LXL04_028340|LXL04_028340|OH1004|cDNA

TGTATATTTTGAAATTCGTAGCCGTTATCCATTTTGACACCCACAACAATGTTCCAACATCCTCCTTTCTTGTTCACTTACTCCCGCCACTTCCTACGCCGCCGCCACGCCGGCCACCACCTATCAACACCGCCTATTCGTCACCGTTTCCTCTCAACTATCACACACACGCTTTCACACCCTATCTATACCATATGGGCCGCCAACACTGGTCTTGGCAAAACCCTCGTTTCCACCGGCCTCGCCGCCTCCTCCCTCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2586 bp · LXL04_028340|LXL04_028340|OH1004|CDS

TTGACACCCACAACAATGTTCCAACATCCTCCTTTCTTGTTCACTTACTCCCGCCACTTCCTACGCCGCCGCCACGCCGGCCACCACCTATCAACACCGCCTATTCGTCACCGTTTCCTCTCAACTATCACACACACGCTTTCACACCCTATCTATACCATATGGGCCGCCAACACTGGTCTTGGCAAAACCCTCGTTTCCACCGGCCTCGCCGCCTCCTCCCTCCACTCTTCCTCCCCATCCCCTTCCAAATTAGTCTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

861 aa · LXL04_028340|LXL04_028340|OH1004|PROTEIN

MTPTTMFQHPPFLFTYSRHFLRRRHAGHHLSTPPIRHRFLSTITHTLSHPIYTIWAANTGLGKTLVSTGLAASSLHSSSPSPSKLVYIKPLQTGFPLDSDSAFIYRKVPQILLLRNPQSTLLASNQTLNVSVPAAKLKIGNNFSEEGQSSKNGFETSGYYEERKLGIGEEVQSELICKTMYAWKEAISPHLAAEREGSNVEDSDVLVMLKKCLETGIGSKGDERTTVLCLVETAGGVASPGSTGSLQCDLYRPFRLPSIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028340`
TK1151 ID	TkA07G144630
OH-1004 ID	LXL04_028340
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.465 / OH-1004 48.897 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028340

位置 Chr06:38452030-38455640 (-)

描述 Similar to BIO3-BIO1: Bifunctional dethiobiotin synthetase/7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g57590`	双功能酶，催化生物素生物合成中涉及的两种不同反应。	The role of biotin in regulating 3-methylcrotonyl-coenzyme a carboxylase expression in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1104/pp.013243 Arrested Embryos from the bio1 Auxotroph of Arabidopsis thaliana Contain Reduced Levels of Biotin.1990 · DOI: 10.1104/pp.93.3.1162 A bifunctional locus (BIO3-BIO1) required for biotin biosynthesis in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.107.107409 Biochemical and structural characterization of the Arabidopsis bifunctional enzyme dethiobiotin synthetase-diaminopelargonic acid aminotransferase: evidence for substrate channeling in biotin synthesis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.097675 SUCROSE TRANSPORTER 5 supplies Arabidopsis embryos with biotin and affects triacylglycerol accumulation.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12037 An embryo-lethal mutant of Arabidopsis thaliana is a biotin auxotroph.1989 · DOI: 10.1016/s0012-1606(89)80047-8 Complementation of an Arabidopsis thaliana biotin auxotroph with an Escherichia coli biotin biosynthetic gene.1996 · DOI: 10.1007/bf02172516

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0245400`	双功能酶，催化生物素生物合成中涉及的两种不同反应。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028340 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009102 biotin biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能

GO:0004015 adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity 分子功能

GO:0004141 dethiobiotin synthase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0030170 pyridoxal phosphate binding 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ani:ANIA_06644

ath:AT5G57590

dosa:Os08g0245400

hin:HI_1554

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.442

排名 1 · LXL04_028340 · OH-1004

质体0.263

排名 2 · LXL04_028340 · OH-1004

细胞质0.178

排名 3 · LXL04_028340 · OH-1004

过氧化物酶体0.115

排名 4 · LXL04_028340 · OH-1004

细胞核0.087

排名 5 · LXL04_028340 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13500.13AAA_26178-319 aa

PF00202.28Aminotran_3426-528 aa

PF00202.28Aminotran_3617-843 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028340	`PF13500.13`	AAA_26	178	319	5.2e-13	50.0
LXL04_028340	`PF00202.28`	Aminotran_3	426	528	6.3e-47	160.9
LXL04_028340	`PF00202.28`	Aminotran_3	617	843	6.3e-47	160.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B0F481`	拟南芥	Bifunctional dethiobiotin synthetase/7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase, mitochondrial	64.259%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6ZKV8`	水稻	Bifunctional dethiobiotin synthetase/7,8-diamino-pelargonic acid aminotransferase, mitochondrial	57.959%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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