LXL04_028272 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028272

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 36513828-36514850 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1023 bp · LXL04_028272|LXL04_028272|OH1004|cDNA

ATGACCACTGGTAAAGTGATATTCATCTTCATCGCCGTCGCATCATCACGTTGCTTCATCGTATTCTCCCTCCGGCTACTTTCAGGTGAACGTTTCTGTGACCTTACGCGCCTACCGTCCCGACAAGCTCTCCAATCAGATCAATTCACAGTGTTGATAAATGGTTATTCGGAATCTCGCATTCCGATCCTTCAGACGGTGTCTGGAGTGTATTCAAGCTCTCCGTCTGTAGCTGCGGTGGTAGTGTTATGGGGAAACCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1023 bp · LXL04_028272|LXL04_028272|OH1004|CDS

ATGACCACTGGTAAAGTGATATTCATCTTCATCGCCGTCGCATCATCACGTTGCTTCATCGTATTCTCCCTCCGGCTACTTTCAGGTGAACGTTTCTGTGACCTTACGCGCCTACCGTCCCGACAAGCTCTCCAATCAGATCAATTCACAGTGTTGATAAATGGTTATTCGGAATCTCGCATTCCGATCCTTCAGACGGTGTCTGGAGTGTATTCAAGCTCTCCGTCTGTAGCTGCGGTGGTAGTGTTATGGGGAAACCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

340 aa · LXL04_028272|LXL04_028272|OH1004|PROTEIN

MTTGKVIFIFIAVASSRCFIVFSLRLLSGERFCDLTRLPSRQALQSDQFTVLINGYSESRIPILQTVSGVYSSSPSVAAVVVLWGNPATPAKTLVELSHNLSISSPGDAPISVIRQPSSSLNARFLPRPWISTRAVLICDDDIEVDLKSIQFAFNIWRNNPEQLIGLFARSHELDLTSGTWIYTVHPDRYSILLTKFMLMKTEYLYQYSCEGGESMAQARSIVDEMRNCEDILMNFVAANRTRMGPVLVGAKRVRDWGDA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028272`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028272

位置 Chr06:36513828-36514850 (-)

描述 Similar to At1g80290: Glycosyltransferase family protein 64 C3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g80290`	可能的糖基转移酶。	暂无已核实直接文献
`At3g55830`	甘露糖转移酶 (ManT)，参与甘露糖载体糖基肌醇磷酸酰胺 (GIPC) 的生物合成。	Cell adhesion in Arabidopsis thaliana is mediated by ECTOPICALLY PARTING CELLS 1--a glycosyltransferase (GT64) related to the animal exostosins.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02455.x Loss of Inositol Phosphorylceramide Sphingolipid Mannosylation Induces Plant Immune Responses and Reduces Cellulose Content in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00186

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028272 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001503 ossification 生物过程

GO:0006665 sphingolipid metabolic process 生物过程

GO:0006688 glycosphingolipid biosynthetic process 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010401 pectic galactan metabolic process 生物过程

GO:0010838 positive regulation of keratinocyte proliferation 生物过程

GO:0015012 heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process 生物过程

GO:0030307 positive regulation of cell growth 生物过程

GO:0032496 response to lipopolysaccharide 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G80290

ath:AT3G55830

hsa:2137

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.845

排名 1 · LXL04_028272 · OH-1004

内质网0.092

排名 2 · LXL04_028272 · OH-1004

细胞质0.046

排名 3 · LXL04_028272 · OH-1004

细胞膜0.044

排名 4 · LXL04_028272 · OH-1004

细胞外0.043

排名 5 · LXL04_028272 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09258.17Glyco_transf_6449-318 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028272	`PF09258.17`	Glyco_transf_64	49	318	4.6e-74	249.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C975`	拟南芥	Glycosyltransferase family protein 64 C3	59.639%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LY62`	拟南芥	Glycosylinositol phosphorylceramide mannosyl transferase 1	28.723%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情