LXL04_028141 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028141

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 32398309-32405624 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5721 bp · LXL04_028141|LXL04_028141|OH1004|cDNA

GTCACAGATCCAGACATCCAGTTACTTCCAATGGCTTCCAGTTCTTGGTCTAGTGTGACGAACTCTCCTGGTAGTACTGGTAGCAGCTACGATGTTTTTCTAAGCTTTAGAGGCGAAGACACCCGTCACAATTTTACGGATCATCTTTACGAAAGATTAATGAAGGCAGGAATCTTTACTTTTAGGGATGAAGAAGATATCAAGAGAGGCGAAGGAGTTAAGCCGGAGATTGAGAAAGCAATTAAAGAATCGAGGGCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

5691 bp · LXL04_028141|LXL04_028141|OH1004|CDS

ATGGCTTCCAGTTCTTGGTCTAGTGTGACGAACTCTCCTGGTAGTACTGGTAGCAGCTACGATGTTTTTCTAAGCTTTAGAGGCGAAGACACCCGTCACAATTTTACGGATCATCTTTACGAAAGATTAATGAAGGCAGGAATCTTTACTTTTAGGGATGAAGAAGATATCAAGAGAGGCGAAGGAGTTAAGCCGGAGATTGAGAAAGCAATTAAAGAATCGAGGGCTTCCGTAGTTGTACTGTCAGAGAACTATGCAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1896 aa · LXL04_028141|LXL04_028141|OH1004|PROTEIN

MASSSWSSVTNSPGSTGSSYDVFLSFRGEDTRHNFTDHLYERLMKAGIFTFRDEEDIKRGEGVKPEIEKAIKESRASVVVLSENYATSTWCLDELTLILKLRRESNHLVLPVFYKVEPCDVGKQNKTFAVEVKASSRWTDENVNLWKNALTEVCVISGEVLSSSTPEAECLKKIVHTIYEKLDCKKFHLPNNLSGMAARYKDVSSIINDPNVNFVAICGMGGSGKTTLAKYIYNKNWNSSENMSFLEEVGGRCKGYDDLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028141`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028141

位置 Chr06:32398309-32405624 (-)

描述 Similar to EXO70E2: Exocyst complex component EXO70E2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g61010`	影响SEC5A、SEC15A、SEC15B和EXO84B等胞吐复合体（exocyst）蛋白的亚细胞定位，促使其被募集至分布于胞质中的明显大点状胞吐复合体结构。	EXPO, an exocyst-positive organelle distinct from multivesicular endosomes and autophagosomes, mediates cytosol to cell wall exocytosis in Arabidopsis and tobacco cells.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.080697 Exo70E2 is essential for exocyst subunit recruitment and EXPO formation in both plants and animals.2014 · DOI: 10.1091/mbc.e13-10-0586

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028141 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006955 immune response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0019677 NAD+ catabolic process 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0052542 defense response by callose deposition 生物过程

GO:1903533 regulation of protein targeting 生物过程

GO:1903553 positive regulation of extracellular exosome assembly 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G61010

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.389

排名 1 · LXL04_028141 · OH-1004

细胞膜0.385

排名 2 · LXL04_028141 · OH-1004

细胞核0.324

排名 3 · LXL04_028141 · OH-1004

内质网0.061

排名 4 · LXL04_028141 · OH-1004

质体0.046

排名 5 · LXL04_028141 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01582.26TIR20-183 aa

PF13676.12TIR_222-120 aa

PF00931.29NB-ARC209-366 aa

PF23282.2WHD_ROQ1444-510 aa

PF20669.4Exo70_N1231-1290 aa

PF03081.23Exo70_C1412-1781 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028141	`PF01582.26`	TIR	20	183	8.5e-45	153.4
LXL04_028141	`PF13676.12`	TIR_2	22	120	2.8e-18	67.3
LXL04_028141	`PF00931.29`	NB-ARC	209	366	9.9e-18	65.0
LXL04_028141	`PF23282.2`	WHD_ROQ1	444	510	5.1e-14	52.9
LXL04_028141	`PF20669.4`	Exo70_N	1231	1290	2.2e-08	35.0
LXL04_028141	`PF03081.23`	Exo70_C	1412	1781	1.1e-109	367.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNR3`	拟南芥	Exocyst complex component EXO70E2	37.049%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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