LXL04_028105 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028105

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 31408970-31412615 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1473 bp · LXL04_028105|LXL04_028105|OH1004|cDNA

ATGCATTATTTTTCTGCATTCTTGAAGAAAAACTCAAAGTTTTACACTACTCATCGAGCTCTCACCTCTCAATGCCATGGTCCCACCCACCACGCACATTTGATCCCTACAAATTCTATAAACCAATCATCATCATATCCATCATCATCCTCAAAACTGAACGACACCAGATGGAATGGTTTTGATCGTTATAAAAAGCTCGAATCATTAACGTCTAGTGTTGTTGTGGTCGGATTGAGCCTCGGGCTTTGTTACTTTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1473 bp · LXL04_028105|LXL04_028105|OH1004|CDS

ATGCATTATTTTTCTGCATTCTTGAAGAAAAACTCAAAGTTTTACACTACTCATCGAGCTCTCACCTCTCAATGCCATGGTCCCACCCACCACGCACATTTGATCCCTACAAATTCTATAAACCAATCATCATCATATCCATCATCATCCTCAAAACTGAACGACACCAGATGGAATGGTTTTGATCGTTATAAAAAGCTCGAATCATTAACGTCTAGTGTTGTTGTGGTCGGATTGAGCCTCGGGCTTTGTTACTTTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

490 aa · LXL04_028105|LXL04_028105|OH1004|PROTEIN

MHYFSAFLKKNSKFYTTHRALTSQCHGPTHHAHLIPTNSINQSSSYPSSSSKLNDTRWNGFDRYKKLESLTSSVVVVGLSLGLCYFGSVFQPNLQFAFADSEPHDQSKKLDKKPTYIFGDGYRRKVFFKYEKRIRTQSPPEKVFEYFASHQSPNGELFMTPADLMRAVVPVFTPSEATRVREGNLKGEEAPSELQCSPSKFFMLFDTNNDGLISFAEYIFFVTLLSIPESSFSIAFKMFDLDNNGEIDKEEFKKVMALMR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028105`
TK1151 ID	TkA07G123100
OH-1004 ID	LXL04_028105
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028105

位置 Chr06:31408970-31412615 (-)

描述 Similar to MICU: Calcium uptake protein, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g32060`	钙结合蛋白在低浓度下维持基质钙水平。	The EF-Hand Ca2+ Binding Protein MICU Choreographs Mitochondrial Ca2+ Dynamics in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1105/tpc.15.00509

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028105 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006816 calcium ion transport 生物过程

GO:0006851 mitochondrial calcium ion transmembrane transport 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0036444 calcium import into the mitochondrion 生物过程

GO:0051260 protein homooligomerization 生物过程

GO:0051560 mitochondrial calcium ion homeostasis 生物过程

GO:0051561 positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration 生物过程

GO:0051562 negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration 生物过程

GO:0070509 calcium ion import 生物过程

GO:0071277 cellular response to calcium ion 生物过程

GO:0072732 cellular response to calcium ion starvation 生物过程

GO:1900069 regulation of cellular hyperosmotic salinity response 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G32060

hsa:10367

mcf:101866256

mmu:216001

xtr:100127574

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.896

排名 1 · LXL04_028105 · OH-1004

细胞质0.070

排名 2 · LXL04_028105 · OH-1004

细胞核0.053

排名 3 · LXL04_028105 · OH-1004

质体0.041

排名 4 · LXL04_028105 · OH-1004

细胞膜0.035

排名 5 · LXL04_028105 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00036.39EF-hand_1200-223 aa

PF13499.13EF-hand_7201-256 aa

PF13833.13EF-hand_8227-256 aa

PF00036.39EF-hand_1235-258 aa

PF13405.13EF-hand_6235-257 aa

PF13202.13EF-hand_5235-256 aa

PF13833.13EF-hand_8402-453 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028105	`PF00036.39`	EF-hand_1	200	223	3e-19	67.8
LXL04_028105	`PF13499.13`	EF-hand_7	201	256	1.7e-14	54.6
LXL04_028105	`PF13833.13`	EF-hand_8	227	256	1.8e-15	57.1
LXL04_028105	`PF00036.39`	EF-hand_1	235	258	3e-19	67.8
LXL04_028105	`PF13405.13`	EF-hand_6	235	257	5.2e-17	60.6
LXL04_028105	`PF13202.13`	EF-hand_5	235	256	6.1e-16	57.8
LXL04_028105	`PF13833.13`	EF-hand_8	402	453	1.8e-15	57.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZ45`	拟南芥	Calcium uptake protein, mitochondrial	66.393%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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