LXL04_028088 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028088

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 30965645-30977422 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

843 bp · LXL04_028088|LXL04_028088|OH1004|cDNA

AGTTTACTCTATGAATAAATCTTGTAGGTGTACCACTCTAGAATTGTGGATTTGAAAGGAGTTAGTAAAGCTTGTGGATGTCCCCTACTTCCTCTTAAAAACCAAACAACAGGACATGCTCCTCGTCTTTCTGATCAAGGCGAAGATATTGTGGATGAAGCGATAAAGTTGTTTAGAGCAAATGTGTTCTTTAAACACTTTGATTTGAAAACCCCTTCTGATAGGATTCTTGTGTACTTaacattttatataaatatggC...

CDS

下载 CDS FASTA

792 bp · LXL04_028088|LXL04_028088|OH1004|CDS

TTGAAAGGAGTTAGTAAAGCTTGTGGATGTCCCCTACTTCCTCTTAAAAACCAAACAACAGGACATGCTCCTCGTCTTTCTGATCAAGGCGAAGATATTGTGGATGAAGCGATAAAGTTGTTTAGAGCAAATGTGTTCTTTAAACACTTTGATTTGAAAACCCCTTCTGATAGGATTCTTGTGTACTTAACATTTTATATAAATATGGCATTGAAGAGGCTGGAAGGGTGCAGAACTTTGACTGAAGGGACAAAAGCCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

263 aa · LXL04_028088|LXL04_028088|OH1004|PROTEIN

MKGVSKACGCPLLPLKNQTTGHAPRLSDQGEDIVDEAIKLFRANVFFKHFDLKTPSDRILVYLTFYINMALKRLEGCRTLTEGTKAIKNLSMENVYVPGEPGFSFSKIFPPFGSNKEAEVIRDYFKHIREETNKRLLNVAYRANGTPNKWWLAFAKRFIAMFATPANQDVDCCLIPESPFYLEGQGGLFEFIQHRLKENGHVVIVVAEGAGQEYVSNAVNAIEEKDASGNKLLLDIGQWLTQKIKDHFEKVKKVPINMKY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028088`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028088

位置 Chr06:30965645-30977422 (-)

描述 Similar to PFK4: ATP-dependent 6-phosphofructokinase 4, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g60430`	作为 Arp2/3 复合体的组成部分，参与调节肌动蛋白聚合，并与激活性诱导核化因子（NPF）共同介导分支肌动蛋白网络的形成。	暂无已核实直接文献
`At5g61580`	催化 ATP 将 D-果糖 6-磷酸磷酸化为果糖 1,6-二磷酸，这是糖酵解的第一个承诺步骤。	暂无已核实直接文献
`At4g26270`	催化 ATP 将 D-果糖 6-磷酸磷酸化为果糖 1,6-二磷酸，这是糖酵解的第一个承诺步骤。	暂无已核实直接文献
`At4g32840`	催化 ATP 将 D-果糖 6-磷酸磷酸化为果糖 1,6-二磷酸，这是糖酵解的第一个承诺步骤。	暂无已核实直接文献
`At5g56630`	催化 ATP 将 D-果糖 6-磷酸磷酸化为果糖 1,6-二磷酸，这是糖酵解的第一个承诺步骤。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028088 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006002 fructose 6-phosphate metabolic process 生物过程

GO:0006096 glycolytic process 生物过程

GO:0007015 actin filament organization 生物过程

GO:0010053 root epidermal cell differentiation 生物过程

GO:0030833 regulation of actin filament polymerization 生物过程

GO:0034314 Arp2/3 complex-mediated actin nucleation 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005885 Arp2/3 protein complex 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0042995 cell projection 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G60430

ath:AT4G26270

ath:AT4G32840

ath:AT5G56630

ath:AT5G61580

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.313

排名 1 · LXL04_028088 · OH-1004

细胞质0.305

排名 2 · LXL04_028088 · OH-1004

过氧化物酶体0.166

排名 3 · LXL04_028088 · OH-1004

细胞核0.139

排名 4 · LXL04_028088 · OH-1004

细胞外0.093

排名 5 · LXL04_028088 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04062.20P21-Arc4-157 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028088	`PF04062.20`	P21-Arc	4	157	6.2e-50	170.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q1ECJ7`	拟南芥	Actin-related protein 2/3 complex subunit 3	66.026%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FKG3`	拟南芥	ATP-dependent 6-phosphofructokinase 4, chloroplastic	74.038%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q94AA4`	拟南芥	ATP-dependent 6-phosphofructokinase 3	55.147%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M076`	拟南芥	ATP-dependent 6-phosphofructokinase 6	64.423%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C5J7`	拟南芥	ATP-dependent 6-phosphofructokinase 7	54.745%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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