LXL04_028051 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028051

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 29714942-29716799 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

843 bp · LXL04_028051|LXL04_028051|OH1004|cDNA

ATGGCTTCAATCTATTCAATTTCTCAATCGCAGCTGTTTTCGAAGAAACCCCAGTTCATTTCCACCCAAAAAGCTTCTATATTCCCAATCTCGACCAGCTTCAGTCCGTTGAATCGTTTTGCGTTTACGTCCATGAAAATGGTCGTGGCGGCGACGGGGACGACGGCGGCGGCGGAGGCGGAGGAGAAGTCGAAGAAGAGGTATCCGGGTGAGGGAAAAGGGTTTGTGGAGGAGATGAGGTTTGTGGCTATGAAATTGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

843 bp · LXL04_028051|LXL04_028051|OH1004|CDS

ATGGCTTCAATCTATTCAATTTCTCAATCGCAGCTGTTTTCGAAGAAACCCCAGTTCATTTCCACCCAAAAAGCTTCTATATTCCCAATCTCGACCAGCTTCAGTCCGTTGAATCGTTTTGCGTTTACGTCCATGAAAATGGTCGTGGCGGCGACGGGGACGACGGCGGCGGCGGAGGCGGAGGAGAAGTCGAAGAAGAGGTATCCGGGTGAGGGAAAAGGGTTTGTGGAGGAGATGAGGTTTGTGGCTATGAAATTGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

280 aa · LXL04_028051|LXL04_028051|OH1004|PROTEIN

MASIYSISQSQLFSKKPQFISTQKASIFPISTSFSPLNRFAFTSMKMVVAATGTTAAAEAEEKSKKRYPGEGKGFVEEMRFVAMKLHTKDQSKEGEKEAQEKPLPKWEPTINGYLKFLVDSKLVYDTLEKIVEKADFPEYAEFRNTGLERAGSLEKDLAWFKEQGHSIPEPSSPGLDYSAYVEELSKKDPQAFICHFYNTYFAHSAGGRMIGKKVAKEVLNGKELEFYKWDGDLSELLQNVRDKLNIVAESWTREEKNHC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028051`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028051

位置 Chr06:29714942-29716799 (-)

描述 Similar to HO1: Heme oxygenase 1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26670`	植物光感受器光敏色素家族生色团合成中的关键酶。	Arabidopsis genomes uncoupled 5 (GUN5) mutant reveals the involvement of Mg-chelatase H subunit in plastid-to-nucleus signal transduction.2001 · DOI: 10.1073/pnas.98.4.2053 Signal transduction mutants of Arabidopsis uncouple nuclear CAB and RBCS gene expression from chloroplast development.1993 · DOI: 10.1016/0092-8674(93)90459-4
`At1g69720`	催化血红素环的开放，形成开链四吡咯胆绿素IX，同时释放铁和一氧化碳（CO）。	暂无已核实直接文献
`At1g58300`	催化血红素环的开放，形成开链四吡咯胆绿素IX，同时释放铁和一氧化碳（CO）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0603000`	催化血红素环的开放，形成开链四吡咯胆绿素IX，同时释放铁和一氧化碳（CO）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028051 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006788 heme oxidation 生物过程

GO:0009609 response to symbiotic bacterium 生物过程

GO:0009646 response to absence of light 生物过程

GO:0009648 photoperiodism 生物过程

GO:0009813 flavonoid biosynthetic process 生物过程

GO:0009877 nodulation 生物过程

GO:0010019 chloroplast-nucleus signaling pathway 生物过程

GO:0010024 phytochromobilin biosynthetic process 生物过程

GO:0010075 regulation of meristem growth 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010167 response to nitrate 生物过程

GO:0010229 inflorescence development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G58300

ath:AT1G69720

ath:AT2G26670

dosa:Os06g0603000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.983

排名 1 · LXL04_028051 · OH-1004

细胞质0.033

排名 2 · LXL04_028051 · OH-1004

线粒体0.032

排名 3 · LXL04_028051 · OH-1004

过氧化物酶体0.022

排名 4 · LXL04_028051 · OH-1004

细胞核0.019

排名 5 · LXL04_028051 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01126.26Heme_oxygenase84-275 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028051	`PF01126.26`	Heme_oxygenase	84	275	7.1e-13	49.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O48782`	拟南芥	Heme oxygenase 1, chloroplastic	65.972%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C9L4`	拟南芥	Heme oxygenase 3, chloroplastic	70.539%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LQC0`	拟南芥	Heme oxygenase 4, chloroplastic	62.555%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q69XJ4`	水稻	Heme oxygenase 1, chloroplastic	71.905%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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