LXL04_027866 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027866

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 25008912-25027927 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

10077 bp · LXL04_027866|LXL04_027866|OH1004|cDNA

ATGCTTCACGTAGGCAGCAAGGCAGGCACCAACGGGATCTTTCCGGCCGTTCTTCTTCCTCTAGCCCTCCTGCCGACATCCGACGTGCTCCAGCTATCCTCCGGCGACTTCCCCACTGCAGGTGTTGATGCACAGCAACCGGTTCCGGCACCAGCAGCGACCGGATTTCCGGCAaaatgtgttcgtgagttgagaaggaagaagaagaaaaggagggttTCTCCATCCAAGTCTTGCAAGCCAAATCCCAAGCAATTTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

10077 bp · LXL04_027866|LXL04_027866|OH1004|CDS

ATGCTTCACGTAGGCAGCAAGGCAGGCACCAACGGGATCTTTCCGGCCGTTCTTCTTCCTCTAGCCCTCCTGCCGACATCCGACGTGCTCCAGCTATCCTCCGGCGACTTCCCCACTGCAGGTGTTGATGCACAGCAACCGGTTCCGGCACCAGCAGCGACCGGATTTCCGGCAAAATGTGTTCGTGAGTTGAGAAGGAAGAAGAAGAAAAGGAGGGTTTCTCCATCCAAGTCTTGCAAGCCAAATCCCAAGCAATTTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

3358 aa · LXL04_027866|LXL04_027866|OH1004|PROTEIN

MLHVGSKAGTNGIFPAVLLPLALLPTSDVLQLSSGDFPTAGVDAQQPVPAPAATGFPAKCVRELRRKKKKRRVSPSKSCKPNPKQFRSFGVEESSSRRIQRRKASRRRINRCNKRSQDFYKPSYACHGGQPQGEPRLWYIVLSMVSPKGNLDKVISKEHMELKGVKFRNDLFEMARTRSGQGGGQSGSQNSRGRPRSVNRPPPIMEDGNSNPAPVTLEAIQKLLHDQQVQNRAEMNDLINERLQEFSKALTHDAASGSVQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027866`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_027866`
位置	Chr06:25008912-25027927 (-)
描述	Similar to TY3B-G: Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein (Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_027866` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0075523 viral translational frameshifting 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0003677 DNA binding 分子功能 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0003887 DNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能 GO:0004519 endonuclease activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	sce:YGR109W-B sce:YIL082W-A 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.479

排名 1 · LXL04_027866 · OH-1004

细胞核0.374

排名 2 · LXL04_027866 · OH-1004

线粒体0.118

排名 3 · LXL04_027866 · OH-1004

质体0.060

排名 4 · LXL04_027866 · OH-1004

细胞膜0.058

排名 5 · LXL04_027866 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19259.5Ty3_capsid290-461 aa

PF03732.25PEG10_N-capsid298-376 aa

PF00078.33RVT_1510-616 aa

PF17919.8RT_RNaseH_2679-772 aa

PF17917.8RT_RNaseH707-803 aa

PF17921.8Integrase_H2C2894-947 aa

PF00665.33rve970-1062 aa

PF29688.1TnsB_C1014-1080 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027866	`PF19259.5`	Ty3_capsid	290	461	4.4e-24	85.7
LXL04_027866	`PF03732.25`	PEG10_N-capsid	298	376	3.3e-26	92.1
LXL04_027866	`PF00078.33`	RVT_1	510	616	3e-65	220.6
LXL04_027866	`PF17919.8`	RT_RNaseH_2	679	772	1.1e-61	205.8
LXL04_027866	`PF17917.8`	RT_RNaseH	707	803	1.5e-67	225.1
LXL04_027866	`PF17921.8`	Integrase_H2C2	894	947	6e-34	116.7
LXL04_027866	`PF00665.33`	rve	970	1062	9.2e-17	61.9
LXL04_027866	`PF29688.1`	TnsB_C	1014	1080	2.9e-13	50.5
LXL04_027866	`PF31073.1`	DUF8803	1176	1223	1.3e-16	60.9
LXL04_027866	`PF24626.2`	SH3_Tf2-1	1179	1237	2.3e-48	162.9
LXL04_027866	`PF03732.25`	PEG10_N-capsid	1561	1639	3.3e-26	92.1
LXL04_027866	`PF19259.5`	Ty3_capsid	1562	1718	4.4e-24	85.7
LXL04_027866	`PF00098.29`	zf-CCHC	1773	1787	6.2e-10	39.4
LXL04_027866	`PF00098.29`	zf-CCHC	1793	1809	6.2e-10	39.4
LXL04_027866	`PF08284.17`	RVP_2	1844	1972	2.7e-33	115.4
LXL04_027866	`PF00078.33`	RVT_1	2105	2264	3e-65	220.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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