LXL04_027758 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027758

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 23358586-23362303 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2583 bp · LXL04_027758|LXL04_027758|OH1004|cDNA

ATGGCAGCAAAGAAGGAAGTTATAAACCCTAAAGCCATTATACACCAAAGATTTGGGGATAAAGCGCATTACAACATAGAAGAAATTCAAGAATTCTCATCGAATGGATGTCCTGGCCTTTCTATTACACAAAAAGGTCCATGCCTATACCGTTGCTGCCTGCAACTTCCAGATTTTTCCGTCGTGTCAGAGGTTTTTAAGCGAAAAAAAGATGCTATGCAATCTGCTGCAGAAAAAGCCCTAGAAAAGTTAACCGACCC...

CDS

下载 CDS FASTA

2583 bp · LXL04_027758|LXL04_027758|OH1004|CDS

ATGGCAGCAAAGAAGGAAGTTATAAACCCTAAAGCCATTATACACCAAAGATTTGGGGATAAAGCGCATTACAACATAGAAGAAATTCAAGAATTCTCATCGAATGGATGTCCTGGCCTTTCTATTACACAAAAAGGTCCATGCCTATACCGTTGCTGCCTGCAACTTCCAGATTTTTCCGTCGTGTCAGAGGTTTTTAAGCGAAAAAAAGATGCTATGCAATCTGCTGCAGAAAAAGCCCTAGAAAAGTTAACCGACCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

860 aa · LXL04_027758|LXL04_027758|OH1004|PROTEIN

MAAKKEVINPKAIIHQRFGDKAHYNIEEIQEFSSNGCPGLSITQKGPCLYRCCLQLPDFSVVSEVFKRKKDAMQSAAEKALEKLTDPPVENPSDQLVSRLSYLFSNEFYATCHPLSGHFRAALHREGDLKGFVPISLMPIYDSKISNLCKSIKPEVELKPFEVTSLIMEASGRLPDSVFGSKEHSSLKRVTPYPPEVLQSVEISCEEETYVKAIRVPYLVNKSVDSLTIDVSSNKYYMDAIAKELGVSDASRIMLSRGIG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027758`
TK1151 ID	TkA07G091620
OH-1004 ID	LXL04_027758
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027758

位置 Chr06:23358586-23362303 (+)

描述 Similar to HEN1: Small RNA 2'-O-methyltransferase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g20910`	甲基转移酶，可将甲基添加到小 RNA 最后一个核苷酸的核糖上。	HEN1 functions pleiotropically in Arabidopsis development and acts in C function in the flower.2002 · DOI: 10.1242/dev.129.5.1085 Formation of corymb-like inflorescences due to delay in bolting and flower development in the corymbosa2 mutant of Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1093/pcp/pcf036 Methylation protects miRNAs and siRNAs from a 3'-end uridylation activity in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.07.029

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027758 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001510 RNA methylation 生物过程

GO:0009616 RNAi-mediated antiviral immune response 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010093 specification of floral organ identity 生物过程

GO:0010267 ta-siRNA processing 生物过程

GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0010589 leaf proximal/distal pattern formation 生物过程

GO:0030422 siRNA processing 生物过程

GO:0035196 miRNA processing 生物过程

GO:0035279 miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G20910

hsa:113802

mcf:102140180

rno:100363095

xtr:100286818

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.601

排名 1 · LXL04_027758 · OH-1004

细胞质0.409

排名 2 · LXL04_027758 · OH-1004

线粒体0.069

排名 3 · LXL04_027758 · OH-1004

细胞膜0.055

排名 4 · LXL04_027758 · OH-1004

内质网0.044

排名 5 · LXL04_027758 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24995.2DSRM_215-85 aa

PF21224.4Hen1_LCD93-194 aa

PF18441.7Hen1_Lam_C211-338 aa

PF17842.8dsRBD2340-397 aa

PF17842.8dsRBD2392-446 aa

PF08242.19Methyltransf_12636-735 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027758	`PF24995.2`	DSRM_2	15	85	8.1e-11	43.0
LXL04_027758	`PF21224.4`	Hen1_LCD	93	194	9e-34	116.8
LXL04_027758	`PF18441.7`	Hen1_Lam_C	211	338	1.2e-48	165.1
LXL04_027758	`PF17842.8`	dsRBD2	340	397	2.5e-44	151.6
LXL04_027758	`PF17842.8`	dsRBD2	392	446	2.5e-44	151.6
LXL04_027758	`PF08242.19`	Methyltransf_12	636	735	1.5e-06	29.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C5Q8`	拟南芥	Small RNA 2'-O-methyltransferase	45.319%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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