LXL04_027745 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027745

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 22921181-22924829 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1314 bp · LXL04_027745|LXL04_027745|OH1004|cDNA

ATGCAGATTCCATATCCTCAAGAGTGTGCCGTTGATGCAATGACTTTTACATTGCAAAACAGATGTAACAAGACTATATGGCCAGGAATCCAAGCATCCGGAGGGCAACCACTACTAATGGAAGGCGGCCTTGAGCTAAAGCCTCTACAATCAAGGAACATAACAGCCCCAAAAGGGTGGTCCGGCCGCTTTTGGGGCCGGACCGGATGCATGTTCAATGCATATGGTTTGGGCACCTGCAGCACTGGAGACTGCGGAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1314 bp · LXL04_027745|LXL04_027745|OH1004|CDS

ATGCAGATTCCATATCCTCAAGAGTGTGCCGTTGATGCAATGACTTTTACATTGCAAAACAGATGTAACAAGACTATATGGCCAGGAATCCAAGCATCCGGAGGGCAACCACTACTAATGGAAGGCGGCCTTGAGCTAAAGCCTCTACAATCAAGGAACATAACAGCCCCAAAAGGGTGGTCCGGCCGCTTTTGGGGCCGGACCGGATGCATGTTCAATGCATATGGTTTGGGCACCTGCAGCACTGGAGACTGCGGAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

437 aa · LXL04_027745|LXL04_027745|OH1004|PROTEIN

MQIPYPQECAVDAMTFTLQNRCNKTIWPGIQASGGQPLLMEGGLELKPLQSRNITAPKGWSGRFWGRTGCMFNAYGLGTCSTGDCGSGIYCSGAGGEPPASLAEFTLDSPVDFYDVSLLDGYNLPLSIIPQDDSGICPTVGCETDLNQHCPSNLLVRGDHGQIVACKSACTAFQSPEYCCSGQFQTPNRCKPNKYSQYFKRSCPTSFTYAYDDSSSTFTCRETDYMIRCNNTIWPGIQPSAGRPVLMEGGLELKPQESIN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027745`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027745

位置 Chr06:22921181-22924829 (-)

描述 Similar to At1g18250: Thaumatin-like protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g18250`	类雷霆蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g24180`	参与根对非致病性促进植物生长根际细菌（PGPR）荧光假单胞菌属（Pseudomonas spp.）的定殖的局部反应，但似乎不需要用于随后诱导系统抗性（ISR）的建立。	暂无已核实直接文献
`At1g75040`	部分负责获得性病原体抗性。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027745 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009682 induced systemic resistance 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18250

ath:AT4G24180

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.559

排名 1 · LXL04_027745 · OH-1004

溶酶体／液泡0.209

排名 2 · LXL04_027745 · OH-1004

细胞质0.206

排名 3 · LXL04_027745 · OH-1004

内质网0.096

排名 4 · LXL04_027745 · OH-1004

细胞膜0.065

排名 5 · LXL04_027745 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00314.23Thaumatin20-227 aa

PF00314.23Thaumatin228-437 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027745	`PF00314.23`	Thaumatin	20	227	1.1e-160	532.3
LXL04_027745	`PF00314.23`	Thaumatin	228	437	1.1e-160	532.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P50699`	拟南芥	Thaumatin-like protein	56.398%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A0A1P8B554`	拟南芥	Thaumatin-like protein 1	53.540%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P28493`	拟南芥	Pathogenesis-related protein 5	54.545%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情