LXL04_027673 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027673

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 21606084-21609551 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

975 bp · LXL04_027673|LXL04_027673|OH1004|cDNA

ATGAATCACGAACAGCATCATCATCCTCGGTCAAAGAATCACGGCCCTGAGCTCATATTTCTAATATTGATAACTTACGAAGAAGGTTGTTTCGGTTGTGCGTACTTACAGGTCTTCTGGCCGAAAATCATTATCCAAAAATGGCTAAATCGTGCCTCTAAAAGTTCCGATTACACCGCCGATCCGGAGGACGAAGATAGCACATACGATTCCGAGGGCGAAGAAGACTCCTACGACTCCCCAAAAGAACTGCGATTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

975 bp · LXL04_027673|LXL04_027673|OH1004|CDS

ATGAATCACGAACAGCATCATCATCCTCGGTCAAAGAATCACGGCCCTGAGCTCATATTTCTAATATTGATAACTTACGAAGAAGGTTGTTTCGGTTGTGCGTACTTACAGGTCTTCTGGCCGAAAATCATTATCCAAAAATGGCTAAATCGTGCCTCTAAAAGTTCCGATTACACCGCCGATCCGGAGGACGAAGATAGCACATACGATTCCGAGGGCGAAGAAGACTCCTACGACTCCCCAAAAGAACTGCGATTGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

324 aa · LXL04_027673|LXL04_027673|OH1004|PROTEIN

MNHEQHHHPRSKNHGPELIFLILITYEEGCFGCAYLQVFWPKIIIQKWLNRASKSSDYTADPEDEDSTYDSEGEEDSYDSPKELRLKVKQGDDFQTDLSVMNEREMEIGYPTDVKHVAHIGWDGSSGSAPSWVIWSGLQAIFSPPTAVRGGIPIIFPQGIRRIARKEDLLTILRQHVKSNVLHIDNKFYLQNDELITCLLKSGADPNVIDEEGWKPVQVAALRGNRGAVEVLFPMDVDVYTQETLLDKAGASCQALTDAQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027673`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027673

位置 Chr06:21606084-21609551 (-)

描述 Similar to RIC10: CRIB domain-containing protein RIC10

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g04900`	作为“植物 Rho”(ROP) 家族的 Rho 相关 GTP 结合蛋白的下游效应子。	A genome-wide analysis of Arabidopsis Rop-interactive CRIB motif-containing proteins that act as Rop GTPase targets.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010218
`At4g21745`	作为“植物 Rho”(ROP) 家族的 Rho 相关 GTP 结合蛋白的下游效应子。	暂无已核实直接文献
`At3g23380`	作为“植物 Rho”(ROP) 家族的 Rho 相关 GTP 结合蛋白的下游效应子。	暂无已核实直接文献
`At4g28556`	作为“植物 Rho”(ROP) 家族的 Rho 相关 GTP 结合蛋白的下游效应子。	暂无已核实直接文献
`At2g33460`	作为“植物 Rho”(ROP) 家族的 Rho 相关 GTP 结合蛋白的下游效应子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027673 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000902 cell morphogenesis 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0010215 cellulose microfibril organization 生物过程

GO:0031122 cytoplasmic microtubule organization 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0010005 cortical microtubule, transverse to long axis 细胞组分

GO:0016324 apical plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G33460

ath:AT3G23380

ath:AT4G04900

ath:AT4G21745

ath:AT4G28556

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.347

排名 1 · LXL04_027673 · OH-1004

细胞核0.306

排名 2 · LXL04_027673 · OH-1004

细胞膜0.162

排名 3 · LXL04_027673 · OH-1004

线粒体0.145

排名 4 · LXL04_027673 · OH-1004

内质网0.132

排名 5 · LXL04_027673 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00786.34PBD107-128 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027673	`PF00786.34`	PBD	107	128	3.2e-06	28.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M0Y9`	拟南芥	CRIB domain-containing protein RIC10	72.973%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0WL69`	拟南芥	CRIB domain-containing protein RIC11	62.500%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`F4J424`	拟南芥	CRIB domain-containing protein RIC5	70.968%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q1G3K8`	拟南芥	CRIB domain-containing protein RIC7	72.727%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`F4IVV0`	拟南芥	CRIB domain-containing protein RIC1	67.742%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情