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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_027631
当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 20679157-20691128 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4750 bp · LXL04_027631|LXL04_027631|OH1004|cDNA

ATGTGTCACCGTTCAACATATACCttcgtctctctctctctcccacaCAAAAACCTTCGCTCGGTCCACTCTCGCTTTTCACATTTTATCGACAGAAACAGAGATCCAAGGAGTTGGAACTTGGAACAAGTCTCCCTGCATTTCGATTCACACTTCTCGCATTGAAGTTTCACTGCAACAGATATCATTTCATCAAATTCAACTTCTTCCTTCGTCTCAGACCGCATCAGCTTTTAGTAATTGAAGCGGCCATCGAGCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

4479 bp · LXL04_027631|LXL04_027631|OH1004|CDS

ATGGAAGAGGAAAATGAAGTGGAGCTTTTACAAAGGTACAGGCGAGATAGGCGGATACTTCTTAATTACTTACTATCTGGTAGTTTGATTAAGAAAGTTGTGATGCCACCTGGTGCTGTGTCGTTGGATGATGTGGATCTAGATCAAGTTAGTGTTGATTTTGTGCTAAATTCCGTGAAAAAAGGTGACATGCTTGAGCTCTCAGAAGCTATTAGAGAATATCATGATAGTACTGGATACCCTCATATGACTGCAGAGTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1492 aa · LXL04_027631|LXL04_027631|OH1004|PROTEIN

MEEENEVELLQRYRRDRRILLNYLLSGSLIKKVVMPPGAVSLDDVDLDQVSVDFVLNSVKKGDMLELSEAIREYHDSTGYPHMTAESEGEFFLATNPDSSGSPPKRAPPAVPFVAASPIVSDIASLPFEATEEDEPTISNSKSFNSGQPQNLTVDDIDDFEDDDDLEELNSRRYSRRTMNDTADLIVGLPPFATGITDDDLRETAYEILLAAAGASGGLIVPSKGKKKEKKSGLLKKLGRSKSEQVTMQSQQSTGLTGLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_027631
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_027631
位置Chr06:20679157-20691128 (+)
描述Similar to PATROL1: Protein unc-13 homolog
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g06970 控制质子 ATP 酶 AHA1 与质膜的束缚。
A Munc13-like protein in Arabidopsis mediates H+-ATPase translocation that is essential for stomatal responses.2013 · DOI: 10.1038/ncomms3215
At3g07940 ADP 核糖基化因子 (ARF) 的 GTP 酶激活蛋白 (GAP)。 暂无已核实直接文献
At4g21160 ADP 核糖基化因子 (ARF) 的 GTP 酶激活蛋白 (GAP)。 暂无已核实直接文献
At4g05330 ADP 核糖基化因子 (ARF) 的 GTP 酶激活蛋白 (GAP)。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0327000 介导PYR/PYL/RCAR脱落酸（ABA）受体与质膜的瞬时钙依赖性相互作用，从而调节ABA敏感性（通过相似性推测）。
Constitutive expression of a rice GTPase-activating protein induces defense responses.2008 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2008.02473.x
An ancient P-loop GTPase in rice is regulated by a higher plant-specific regulatory protein.2010 · DOI: 10.1074/jbc.m110.172080
Site-directed Mutagenesis Shows the Significance of Interactions with Phospholipids and the G-protein OsYchF1 for the Physiological Functions of the Rice GTPase-activating Protein 1 (OsGAP1).2015 · DOI: 10.1074/jbc.m115.655639
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027631 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0010118 stomatal movement 生物过程
GO:0043547 positive regulation of GTPase activity 生物过程
GO:0072659 protein localization to plasma membrane 生物过程
GO:1900426 positive regulation of defense response to bacterium 生物过程
GO:1901002 positive regulation of response to salt stress 生物过程
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G07940
ath:AT4G05330
ath:AT4G21160
ath:AT5G06970
dosa:Os02g0327000
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.428
排名 1 · LXL04_027631 · OH-1004
细胞质0.329
排名 2 · LXL04_027631 · OH-1004
细胞核0.219
排名 3 · LXL04_027631 · OH-1004
高尔基体0.131
排名 4 · LXL04_027631 · OH-1004
内质网0.102
排名 5 · LXL04_027631 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27630.1UNC13_N9-77 aa
PF27629.1UNC13_3rd451-568 aa
PF25761.2TPR_PATROL1712-1094 aa
PF01412.24ArfGap1154-1267 aa
PF00168.37C21338-1426 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_027631PF27630.1UNC13_N9776.3e-30103.4
LXL04_027631PF27629.1UNC13_3rd4515688.5e-43146.1
LXL04_027631PF25761.2TPR_PATROL171210944.4e-129431.7
LXL04_027631PF01412.24ArfGap115412672e-36125.3
LXL04_027631PF00168.37C2133814262.2e-2176.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8RX56拟南芥Protein unc-13 homolog66.937%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q8L7A4拟南芥Probable ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD1153.600%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9FVJ3拟南芥ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD1246.132%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q8LFN9拟南芥Probable ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD1344.058%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q6YWF1水稻GTPase activating protein 147.170%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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