LXL04_027347 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027347

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 14047528-14051015 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2211 bp · LXL04_027347|LXL04_027347|OH1004|cDNA

ATGGAGGAAACACAAACAGACACTATCCAAACGGGTAAAAACCAATCTTCAGATGGATCTTTTAAATTCAAAAGAATGCATAGCGATCGCCAGCTGGCAGCAGATTCAGGAGCACAAAGAGTGGCACAAGTCCTCTGGTCCACCGGCAATCTTTATGAACCAATCCCTAGCGGGTTCTATTCCATTTTACCTGAAAAAAGACTCAAAGAGAAATACGACATGATCCCTTCTCTCGAAGAGCTTCACGTGTTAGAATCAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2211 bp · LXL04_027347|LXL04_027347|OH1004|CDS

ATGGAGGAAACACAAACAGACACTATCCAAACGGGTAAAAACCAATCTTCAGATGGATCTTTTAAATTCAAAAGAATGCATAGCGATCGCCAGCTGGCAGCAGATTCAGGAGCACAAAGAGTGGCACAAGTCCTCTGGTCCACCGGCAATCTTTATGAACCAATCCCTAGCGGGTTCTATTCCATTTTACCTGAAAAAAGACTCAAAGAGAAATACGACATGATCCCTTCTCTCGAAGAGCTTCACGTGTTAGAATCAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

736 aa · LXL04_027347|LXL04_027347|OH1004|PROTEIN

MEETQTDTIQTGKNQSSDGSFKFKRMHSDRQLAADSGAQRVAQVLWSTGNLYEPIPSGFYSILPEKRLKEKYDMIPSLEELHVLESEGFKLNVIVVDMQKDKKVSMLQQLALTLAKGLTSNPAAVIKKIGGLVCDFYKLPNVELNHAKSAWEEVYNVHNQGIQMLGQIKHGFCHPRAILFKVLADTVGLDCRVMVGLPKEAESERTDSHRHVSVIVELNSTELLVDIVRYPGHLVPFSTKAVYMSHVYVIGQGDSGENDS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027347`
TK1151 ID	TkA07G051970
OH-1004 ID	LXL04_027347
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027347

位置 Chr06:14047528-14051015 (-)

描述 Similar to SIS8: Probable serine/threonine-protein kinase SIS8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g73660`	作为耐盐负调节剂。	The genetic locus At1g73660 encodes a putative MAPKKK and negatively regulates salt tolerance in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1007/s11103-008-9306-8 SIS8, a putative mitogen-activated protein kinase kinase kinase, regulates sugar-resistant seedling development in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12404
`At5g03730`	在乙烯反应途径中充当负调节剂。	CTR1 phosphorylates the central regulator EIN2 to control ethylene hormone signaling from the ER membrane to the nucleus in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1214848109 Unsaturation of very-long-chain ceramides protects plant from hypoxia-induced damages by modulating ethylene signaling in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1005143 CTR1, a negative regulator of the ethylene response pathway in Arabidopsis, encodes a member of the raf family of protein kinases.1993 · DOI: 10.1016/0092-8674(93)90119-b
`At1g08720`	参与调控MAP激酶级联的MAPKKK丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶；该级联可能包括MPK3和MPK6，负向调控水杨酸（SA）依赖的防御应答、脱落酸（ABA）信号及乙烯诱导的衰老。	Negative regulation of defense responses in plants by a conserved MAPKK kinase.2001 · DOI: 10.1073/pnas.98.1.373 Overexpression of a kinase-deficient form of the EDR1 gene enhances powdery mildew resistance and ethylene-induced senescence in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01482.x Regulation of plant disease resistance, stress responses, cell death, and ethylene signaling in Arabidopsis by the EDR1 protein kinase.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.060400 Costs and benefits of priming for defense in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1073/pnas.0510213103 Powdery mildew resistance conferred by loss of the ENHANCED DISEASE RESISTANCE1 protein kinase is suppressed by a missense mutation in KEEP ON GOING, a regulator of abscisic acid signaling.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.127605 Mitogen-activated protein kinases 3 and 6 are required for full priming of stress responses in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.062158 The KEEP ON GOING protein of Arabidopsis recruits the ENHANCED DISEASE RESISTANCE1 protein to trans-Golgi network/early endosome vesicles.2011 · DOI: 10.1104/pp.110.171785 Arabidopsis ENHANCED DISEASE RESISTANCE 1 is required for pathogen-induced expression of plant defensins in nonhost resistance, and acts through interference of MYC2-mediated repressor function.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04651.x Negative regulation of defence signalling pathways by the EDR1 protein kinase.2011 · DOI: 10.1111/j.1364-3703.2011.00708.x An Arabidopsis mutant with enhanced resistance to powdery mildew.1998 · DOI: 10.1105/tpc.10.6.947

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027347 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000165 MAPK cascade 生物过程

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009686 gibberellin biosynthetic process 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08720

ath:AT1G73660

ath:AT5G03730

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.590

排名 1 · LXL04_027347 · OH-1004

细胞膜0.331

排名 2 · LXL04_027347 · OH-1004

细胞核0.267

排名 3 · LXL04_027347 · OH-1004

高尔基体0.069

排名 4 · LXL04_027347 · OH-1004

溶酶体／液泡0.045

排名 5 · LXL04_027347 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14381.13EDR1_CTR1_ARMC3_pept38-235 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr482-729 aa

PF00069.32Pkinase483-724 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027347	`PF14381.13`	EDR1_CTR1_ARMC3_pept	38	235	1.2e-49	169.6
LXL04_027347	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	482	729	5.2e-61	206.9
LXL04_027347	`PF00069.32`	Pkinase	483	724	1.2e-50	173.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C9U5`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase SIS8	49.231%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q05609`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase CTR1	47.148%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FPR3`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase EDR1	44.815%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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