LXL04_026823 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026823

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 3421261-3423531 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1059 bp · LXL04_026823|LXL04_026823|OH1004|cDNA

ATGGATTCAAGTCAAAATATGATGCCGGCAGTAGAAACAATAGCACCCGAAGCTCCATCAAGCTATCAATTGGCGCCAAGAACCGATAATTCCACTCTACTCACTTCGCCGCCTGGTTTTTCTCCGGTGAGCGGTGGCGGAATCCCAACTTCACTGGTGAAGAAAAAGAGAGGCAGGCCACGGAAGTACGGTCCAGATGGAGTGGTGGCTGGTGCCGGTGAAAGCGGCGGCTTGTTGTCACCACTTCCCATCTCCGCCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1059 bp · LXL04_026823|LXL04_026823|OH1004|CDS

ATGGATTCAAGTCAAAATATGATGCCGGCAGTAGAAACAATAGCACCCGAAGCTCCATCAAGCTATCAATTGGCGCCAAGAACCGATAATTCCACTCTACTCACTTCGCCGCCTGGTTTTTCTCCGGTGAGCGGTGGCGGAATCCCAACTTCACTGGTGAAGAAAAAGAGAGGCAGGCCACGGAAGTACGGTCCAGATGGAGTGGTGGCTGGTGCCGGTGAAAGCGGCGGCTTGTTGTCACCACTTCCCATCTCCGCCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

352 aa · LXL04_026823|LXL04_026823|OH1004|PROTEIN

MDSSQNMMPAVETIAPEAPSSYQLAPRTDNSTLLTSPPGFSPVSGGGIPTSLVKKKRGRPRKYGPDGVVAGAGESGGLLSPLPISAAGPAASSGGYSDVKFGEGDGSGGSFVAEKKKKVKINSSDAKLKNSYGSMDLGEKYNISSGGSFTPHMVTINPGEDVTSKIISFTKDGPRSICILSAVGVISHVTLRHTSSSGGTVTYEGRFEILSLSGSFTSGEMGGHESKMSIALSSPDGRVVGGQLGGLLTAASPVSVVVGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026823`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026823

位置 Chr06:3421261-3423531 (+)

描述 Similar to AHL1: AT-hook motif nuclear-localized protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g12080`	特异性结合与核基质附着区相关的富含 AT 的 DNA 序列的转录因子。	Identification of a novel plant MAR DNA binding protein localized on chromosomal surfaces.2004 · DOI: 10.1007/s11103-004-3249-5
`At2g33620`	特异性结合与核基质附着区 (MAR) 相关的富含 AT 的 DNA 序列的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At4g25320`	特异性结合富含AT的DNA序列的转录因子，与核基质附着区（MARs）相关（通过相似性）。	Cell-to-cell movement of two interacting AT-hook factors in Arabidopsis root vascular tissue patterning.2013 · DOI: 10.1105/tpc.112.102210
`At4g22770`	特异性结合与核基质附着区 (MAR) 相关的富含 AT 的 DNA 序列的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At5g51590`	特异性结合富含AT的DNA序列的转录因子，与核基质附着区（MARs）相关（通过相似性）。	Cell-to-cell movement of two interacting AT-hook factors in Arabidopsis root vascular tissue patterning.2013 · DOI: 10.1105/tpc.112.102210

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026823 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程

GO:0010089 xylem development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0098687 chromosomal region 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003680 minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G33620

ath:AT4G12080

ath:AT4G22770

ath:AT4G25320

ath:AT5G51590

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.972

排名 1 · LXL04_026823 · OH-1004

细胞质0.089

排名 2 · LXL04_026823 · OH-1004

细胞膜0.029

排名 3 · LXL04_026823 · OH-1004

内质网0.018

排名 4 · LXL04_026823 · OH-1004

质体0.013

排名 5 · LXL04_026823 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03479.22PCC144-261 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026823	`PF03479.22`	PCC	144	261	1.8e-32	112.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VYJ2`	拟南芥	AT-hook motif nuclear-localized protein 1	53.077%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O22812`	拟南芥	AT-hook motif nuclear-localized protein 10	45.552%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SB31`	拟南芥	AT-hook motif nuclear-localized protein 3	42.085%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O49658`	拟南芥	AT-hook motif nuclear-localized protein 2	43.173%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FHM5`	拟南芥	AT-hook motif nuclear-localized protein 4	46.491%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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