LXL04_026820 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026820

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 3393897-3403127 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5286 bp · LXL04_026820|LXL04_026820|OH1004|cDNA

ATGGCTTCTCCGGAAGTCGAATCCCGCCTTATCAACAGCGTTCTAGTTCCAGCCCTAGAGAAGATAATCAAGAACAGCTCGTGGCGCAAACACTCTAAACTAGGTAACGAATGCAAATCTGTACTTGAACGCATTACATCTCCTGAAAAACCTCCCCCGCTATCACCTACTTCACCTTCATCTGAGGAGAATCAAGCAGGCGTTGAGTCGATATCACATTCAGAAGTTTCCGGCGTCCTGCACGGTTCTGGCGCCTACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

5286 bp · LXL04_026820|LXL04_026820|OH1004|CDS

ATGGCTTCTCCGGAAGTCGAATCCCGCCTTATCAACAGCGTTCTAGTTCCAGCCCTAGAGAAGATAATCAAGAACAGCTCGTGGCGCAAACACTCTAAACTAGGTAACGAATGCAAATCTGTACTTGAACGCATTACATCTCCTGAAAAACCTCCCCCGCTATCACCTACTTCACCTTCATCTGAGGAGAATCAAGCAGGCGTTGAGTCGATATCACATTCAGAAGTTTCCGGCGTCCTGCACGGTTCTGGCGCCTACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1761 aa · LXL04_026820|LXL04_026820|OH1004|PROTEIN

MASPEVESRLINSVLVPALEKIIKNSSWRKHSKLGNECKSVLERITSPEKPPPLSPTSPSSEENQAGVESISHSEVSGVLHGSGAYELSLAESELILSPIIKACSSGDPKIAEPALDCIQKLIAHGYLRGESDPTGGSDAKLLSRLIESVCKCCDLGDEGVELLVLKTILSAVTSIQLRIHGDSLLQIVRTSYDIYLSSKNVVNQTTAKASLIQMLVIVFRRMEADSSTVPLQPIVVAELMEAPEKGGDDDAPMAMFVQG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026820`
TK1151 ID	TkA07G009760
OH-1004 ID	LXL04_026820
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 60.761 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026820

位置 Chr06:3393897-3403127 (-)

描述 Similar to BIG2: Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g60860`	通过将结合的 GDP 交换为游离的 GTP 来激活 ARF 蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g01960`	通过将结合的 GDP 交换为游离的 GTP 来激活 ARF 蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g38200`	通过将结合的 GDP 交换为游离的 GTP 来激活 ARF 蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g35380`	通过将结合的 GDP 交换为游离的 GTP 来激活 ARF 蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026820 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001881 receptor recycling 生物过程

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0006893 Golgi to plasma membrane transport 生物过程

GO:0007032 endosome organization 生物过程

GO:0009561 megagametogenesis 生物过程

GO:0010256 endomembrane system organization 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0032012 regulation of ARF protein signal transduction 生物过程

GO:0032760 positive regulation of tumor necrosis factor production 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0043001 Golgi to plasma membrane protein transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G01960

ath:AT3G60860

ath:AT4G35380

ath:AT4G38200

hsa:10564

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.425

排名 1 · LXL04_026820 · OH-1004

细胞质0.416

排名 2 · LXL04_026820 · OH-1004

细胞膜0.163

排名 3 · LXL04_026820 · OH-1004

溶酶体／液泡0.148

排名 4 · LXL04_026820 · OH-1004

细胞核0.136

排名 5 · LXL04_026820 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16213.12DCB13-226 aa

PF12783.14Sec7-like_HUS354-512 aa

PF01369.26Sec7628-809 aa

PF09324.16Sec7-like_HDS1178-1260 aa

PF16206.10Mon2_C1281-1419 aa

PF23325.2TPR_281355-1463 aa

PF20252.4BIG2_C1553-1749 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026820	`PF16213.12`	DCB	13	226	7.8e-37	127.4
LXL04_026820	`PF12783.14`	Sec7-like_HUS	354	512	2.4e-48	164.7
LXL04_026820	`PF01369.26`	Sec7	628	809	6.5e-78	261.3
LXL04_026820	`PF09324.16`	Sec7-like_HDS	1178	1260	4.5e-33	113.7
LXL04_026820	`PF16206.10`	Mon2_C	1281	1419	3e-11	43.0
LXL04_026820	`PF23325.2`	TPR_28	1355	1463	2.5e-09	38.0
LXL04_026820	`PF20252.4`	BIG2_C	1553	1749	1.4e-37	130.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LZX8`	拟南芥	Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 2	69.575%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LPC5`	拟南芥	Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 3	69.399%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4JSZ5`	拟南芥	Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 1	47.300%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4JN05`	拟南芥	Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 4	46.266%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情