LXL04_026710 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026710

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 1738530-1753358 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3306 bp · LXL04_026710|LXL04_026710|OH1004|cDNA

ATGTATATGGCGTACGGATGGCCTCAGGTGATCCCCCTCGAATTAGGGCTATGTCCAACTTCGCAGCAGATCATATACCTTAAAGTTGTTGATCGTTTATTGCTAGTTGTTTGCCCTTCTCATTTGGAGCTATGGAGCTCTTCTCAGCATAGGGTGCGATTAGGGAAGTACAAGCGAGATCCAGAATCAATAGCAAGAGAAGGGGAGAATATACAGGCTATCTGGAGCCCTGATACCAAATTAATAGCTGTTCTTACATC...

CDS

下载 CDS FASTA

3306 bp · LXL04_026710|LXL04_026710|OH1004|CDS

ATGTATATGGCGTACGGATGGCCTCAGGTGATCCCCCTCGAATTAGGGCTATGTCCAACTTCGCAGCAGATCATATACCTTAAAGTTGTTGATCGTTTATTGCTAGTTGTTTGCCCTTCTCATTTGGAGCTATGGAGCTCTTCTCAGCATAGGGTGCGATTAGGGAAGTACAAGCGAGATCCAGAATCAATAGCAAGAGAAGGGGAGAATATACAGGCTATCTGGAGCCCTGATACCAAATTAATAGCTGTTCTTACATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1101 aa · LXL04_026710|LXL04_026710|OH1004|PROTEIN

MYMAYGWPQVIPLELGLCPTSQQIIYLKVVDRLLLVVCPSHLELWSSSQHRVRLGKYKRDPESIAREGENIQAIWSPDTKLIAVLTSSFHLHIFKVQFMEKQIHIGGKQPSNLSLASISLLMNEQIPISEKDMTMSNLICDSKNLLVGLSNGTLYNMSWKGEFHGSLDLDFHFNTENGHTKLSNGVGSMSRNSAITYLEFSLALRLLFVLFSDGHLVLCSVSKRGLKQVDSDSVKPEYRVGSGDAVCASVSPDQQILAVG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026710`
TK1151 ID	TkA07G002910
OH-1004 ID	LXL04_026710
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.129 / OH-1004 70.663 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_026710`
位置	Chr06:1738530-1753358 (-)
描述	Similar to RIC1: Guanine nucleotide exchange factor subunit RIC1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_026710` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0003330 regulation of extracellular matrix constituent secretion 生物过程 GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程 GO:0032483 regulation of Rab protein signal transduction 生物过程 GO:0035418 protein localization to synapse 生物过程 GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程 GO:0042177 negative regulation of protein catabolic process 生物过程 GO:0043547 positive regulation of GTPase activity 生物过程 GO:0050808 synapse organization 生物过程 GO:0060078 regulation of postsynaptic membrane potential 生物过程 GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分 GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	cel:CELE_R06F6.8 dme:Dmel_CG9063 hsa:57589 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.498

排名 1 · LXL04_026710 · OH-1004

细胞核0.285

排名 2 · LXL04_026710 · OH-1004

高尔基体0.206

排名 3 · LXL04_026710 · OH-1004

溶酶体／液泡0.150

排名 4 · LXL04_026710 · OH-1004

内质网0.090

排名 5 · LXL04_026710 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24807.2WD40_CDC20-Fz189-332 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_2190-333 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3192-333 aa

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st210-337 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st213-329 aa

PF24814.2WD40_Prp19244-353 aa

PF25440.3Beta-prop_RIC1_2nd410-738 aa

PF07064.20RIC1745-911 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026710	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	189	332	3e-08	34.0
LXL04_026710	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	190	333	1.3e-07	32.1
LXL04_026710	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	192	333	1.6e-10	41.2
LXL04_026710	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	210	337	3.4e-06	27.4
LXL04_026710	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	213	329	5.2e-10	39.8
LXL04_026710	`PF24814.2`	WD40_Prp19	244	353	1.7e-06	28.1
LXL04_026710	`PF25440.3`	Beta-prop_RIC1_2nd	410	738	2.6e-85	287.4
LXL04_026710	`PF07064.20`	RIC1	745	911	1.5e-50	171.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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