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基因概览

LXL04_026567

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 128364748-128369186 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1254 bp · LXL04_026567|LXL04_026567|OH1004|cDNA

ATGGCAAGTTTTGTGAACAAAGAGGTAAGGTTATTAAAAATGGATAACTCCACTGTTAGAGAGGATCACCTGGATAAACGGCACACCGCTGCCTCAAAGCGACCTGCACTCACCATTCACCCAGTCGGTGTTCCTCATTTACGTGAAGATGAGGTGCCACCATCTGGTGGAAAATCTGGATGCGCTGCACCTCCTAACACCCGAATGGGACCATGGTTGCGATTATTGAAGATCATTGCTGAATCACACAATCTCACTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1254 bp · LXL04_026567|LXL04_026567|OH1004|CDS

ATGGCAAGTTTTGTGAACAAAGAGGTAAGGTTATTAAAAATGGATAACTCCACTGTTAGAGAGGATCACCTGGATAAACGGCACACCGCTGCCTCAAAGCGACCTGCACTCACCATTCACCCAGTCGGTGTTCCTCATTTACGTGAAGATGAGGTGCCACCATCTGGTGGAAAATCTGGATGCGCTGCACCTCCTAACACCCGAATGGGACCATGGTTGCGATTATTGAAGATCATTGCTGAATCACACAATCTCACTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

417 aa · LXL04_026567|LXL04_026567|OH1004|PROTEIN

MASFVNKEVRLLKMDNSTVREDHLDKRHTAASKRPALTIHPVGVPHLREDEVPPSGGKSGCAAPPNTRMGPWLRLLKIIAESHNLTPEFEACLLPTPKGRSCGNYARCVNQILQNLNNMQLWLPIPLEKSDGDDDVVNGVTDRMAVDLSDSWELWNSFRVLCEHHSQLSVALDVLSSLPSPNSLGRWIGEPVKSAILQTDSFLTNARGYPCLSKRHQNLLSSFFYYSVQIVLSGKTVHKVAASGATQPDAQQAQRHELRS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026567`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026567

位置 Chr05:128364748-128369186 (-)

描述 Similar to PRMT5: Protein arginine N-methyltransferase 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g31120`	体外甲基化髓磷脂碱性蛋白的精氨酸残基。	SKB1-mediated symmetric dimethylation of histone H4R3 controls flowering time in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601647

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0139200`	甲基化蛋白中的精氨酸残基，如组蛋白H4。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2X0Q3`	甲基化蛋白中的精氨酸残基，如组蛋白H4。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026567 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010220 positive regulation of vernalization response 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0008276 protein methyltransferase activity 分子功能

GO:0016274 protein-arginine N-methyltransferase activity 分子功能

GO:0035242 protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G31120

dosa:Os02g0139200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.433

排名 1 · LXL04_026567 · OH-1004

细胞质0.383

排名 2 · LXL04_026567 · OH-1004

线粒体0.116

排名 3 · LXL04_026567 · OH-1004

细胞膜0.082

排名 4 · LXL04_026567 · OH-1004

内质网0.080

排名 5 · LXL04_026567 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17285.9PRMT5_TIM91-262 aa

PF05185.23PRMT5268-354 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026567	`PF17285.9`	PRMT5_TIM	91	262	7e-47	160.6
LXL04_026567	`PF05185.23`	PRMT5	268	354	2.6e-23	83.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GWT4`	拟南芥	Protein arginine N-methyltransferase 1.5	54.242%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6YXZ7`	水稻	Protein arginine N-methyltransferase 5	53.254%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2X0Q3`	水稻	Protein arginine N-methyltransferase 5	53.254%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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