LXL04_026523 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026523

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 127808289-127810732 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

996 bp · LXL04_026523|LXL04_026523|OH1004|cDNA

ATGGTTTCCCCTCCTCCACCGCCGATCGCCGACATCACTGCTTCTCCTTCCTTTCCCCGCTGTTGGTACCCTCCTCCACCGTCGCTAGGCTACGTCGGAGGTAATTTCGGTCGATTTTTGTTCAGTTTAATGTGTCTCGTTCAAAGCTCCTCCACCATCGCTAGCCGTTCAACATCTTCGGGCTTCTCCAACATCTTTCCACACTCGAGCAGAGATGCCAGGGCCAACAATGGAGTTGGAGCTACCAGTAAATGGAAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

996 bp · LXL04_026523|LXL04_026523|OH1004|CDS

ATGGTTTCCCCTCCTCCACCGCCGATCGCCGACATCACTGCTTCTCCTTCCTTTCCCCGCTGTTGGTACCCTCCTCCACCGTCGCTAGGCTACGTCGGAGGTAATTTCGGTCGATTTTTGTTCAGTTTAATGTGTCTCGTTCAAAGCTCCTCCACCATCGCTAGCCGTTCAACATCTTCGGGCTTCTCCAACATCTTTCCACACTCGAGCAGAGATGCCAGGGCCAACAATGGAGTTGGAGCTACCAGTAAATGGAAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

331 aa · LXL04_026523|LXL04_026523|OH1004|PROTEIN

MVSPPPPPIADITASPSFPRCWYPPPPSLGYVGGNFGRFLFSLMCLVQSSSTIASRSTSSGFSNIFPHSSRDARANNGVGATSKWKNIQKDPEFNHFLYSRSNIDLKDRWRNMSVSANGQGIFNNSSTSALVAQGLNAVALHGGRTQSEREGAFRDFRHGPTNILVATDVASRGLDVTGVAYVVNLDLPKVGISSGAAAAAAIKVGKRPENAEKLIAVVFPTFGERYLSNILFPWLSGHHKKKLKEEFVAWSIEEHFGVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026523`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026523

位置 Chr05:127808289-127810732 (-)

描述 Similar to Os06g0602400: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 52A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0602400`	DEAD-box ATP依赖性RNA解旋酶 52A。	暂无已核实直接文献
`Os03g0805200`	DEAD盒ATP依赖性RNA解旋酶37。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026523 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程

GO:0000380 alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0002376 immune system process 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0006535 L-cysteine biosynthetic process from L-serine 生物过程

GO:0009567 double fertilization forming a zygote and endosperm 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0035194 regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing 生物过程

GO:0050688 regulation of defense response to virus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

dme:Dmel_CG10279

dosa:Os03g0805200

dosa:Os06g0602400

pgu:PGUG_04031

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.275

排名 1 · LXL04_026523 · OH-1004

细胞质0.262

排名 2 · LXL04_026523 · OH-1004

质体0.218

排名 3 · LXL04_026523 · OH-1004

线粒体0.157

排名 4 · LXL04_026523 · OH-1004

细胞膜0.086

排名 5 · LXL04_026523 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00271.38Helicase_C133-190 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026523	`PF00271.38`	Helicase_C	133	190	3.3e-16	60.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0DB53`	水稻	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 52A	63.333%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q75HJ0`	水稻	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 37	59.322%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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