LXL04_026466 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026466

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 126813451-126816502 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2418 bp · LXL04_026466|LXL04_026466|OH1004|cDNA

ATGAACTCATCAGTTATCTTCTTAGAACGTTCTAGGATATTCCGCTACAATGTTCTGCACAATCTCACCTTCCTCCGCCACATGGGCGGCGGCCCACGGACGTTCCCTGGCGGCCTGAACAAATGGCAATGGAAGCGCCTCCACGAAAAGCAAGCCAGGGAGAAGGAAAAACGGCTTCTGGATCAAGAGAAACAGCTCTACCAGGCGCGGGTTCGATCCGAGATCCGCTCCAAACTCGCCAACCCAAATTCATCCCAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

2418 bp · LXL04_026466|LXL04_026466|OH1004|CDS

ATGAACTCATCAGTTATCTTCTTAGAACGTTCTAGGATATTCCGCTACAATGTTCTGCACAATCTCACCTTCCTCCGCCACATGGGCGGCGGCCCACGGACGTTCCCTGGCGGCCTGAACAAATGGCAATGGAAGCGCCTCCACGAAAAGCAAGCCAGGGAGAAGGAAAAACGGCTTCTGGATCAAGAGAAACAGCTCTACCAGGCGCGGGTTCGATCCGAGATCCGCTCCAAACTCGCCAACCCAAATTCATCCCAACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

805 aa · LXL04_026466|LXL04_026466|OH1004|PROTEIN

MNSSVIFLERSRIFRYNVLHNLTFLRHMGGGPRTFPGGLNKWQWKRLHEKQAREKEKRLLDQEKQLYQARVRSEIRSKLANPNSSQHEQDTNSPNYKPLSPKEHIKVLADRFMKEGAEDLWNEADGPIHSPSRQDIARIESTHNPINLRRLVSGQNQITSNQLSEVSSAFSYNQLKPRHYSAFLHPGNQYGLLKARHYSVRTSRFTYRKSNSSSSEDDDTDEDEAFLMTKRKDVALKAPRLSLIGASDGEDTINDDVKGK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026466`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026466

位置 Chr05:126813451-126816502 (-)

描述 Similar to RH48: Probable DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 48

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g63250`	可能的 DEAD-box ATP 依赖型 RNA 解旋酶 48。	暂无已核实直接文献
`At2g07750`	推测的DEAD-box ATP依赖性RNA解旋酶33。	暂无已核实直接文献
`At5g08610`	DEAD-box依赖ATP的RNA解旋酶26。	暂无已核实直接文献
`At5g63630`	DEAD-box ATP依赖的RNA解旋酶31。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0826100`	DEAD-box ATP依赖性RNA解旋酶48。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026466 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003724 RNA helicase activity 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G63250

ath:AT2G07750

ath:AT5G08610

dosa:Os02g0826100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.725

排名 1 · LXL04_026466 · OH-1004

质体0.134

排名 2 · LXL04_026466 · OH-1004

细胞核0.123

排名 3 · LXL04_026466 · OH-1004

细胞质0.065

排名 4 · LXL04_026466 · OH-1004

过氧化物酶体0.018

排名 5 · LXL04_026466 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270.36DEAD352-539 aa

PF00271.38Helicase_C584-689 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026466	`PF00270.36`	DEAD	352	539	3.8e-42	144.6
LXL04_026466	`PF00271.38`	Helicase_C	584	689	1.1e-21	77.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C8S9`	拟南芥	Probable DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 48	58.041%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80792`	拟南芥	Putative DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 33	56.511%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FNM7`	拟南芥	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 26	57.438%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FFQ1`	拟南芥	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 31	56.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6K7R9`	水稻	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 48	62.543%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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