LXL04_026465 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026465

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 126737983-126739106 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

894 bp · LXL04_026465|LXL04_026465|OH1004|cDNA

ATGGAGGAGAAAAGAACTGCACTTGTCACCGGAGGAAACACAGGAATTGGATTTGAGACGTGTCGTCAATTGGCTTCAAATGGAATTAGAGTCATATTAACAGATAGAGACGAAAACCTGGGGGGTAAAGTAGTTCAGCAACTCAATCTATCCGGCTTCCCCGACGTCGTTTTTCATCAACTCGATATCACAAATCGAACCAGCATCTCACGTACAGTCGATTTCGTGAAATCCCACTTCAAAAAGCTCGATATATTGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

894 bp · LXL04_026465|LXL04_026465|OH1004|CDS

ATGGAGGAGAAAAGAACTGCACTTGTCACCGGAGGAAACACAGGAATTGGATTTGAGACGTGTCGTCAATTGGCTTCAAATGGAATTAGAGTCATATTAACAGATAGAGACGAAAACCTGGGGGGTAAAGTAGTTCAGCAACTCAATCTATCCGGCTTCCCCGACGTCGTTTTTCATCAACTCGATATCACAAATCGAACCAGCATCTCACGTACAGTCGATTTCGTGAAATCCCACTTCAAAAAGCTCGATATATTGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

297 aa · LXL04_026465|LXL04_026465|OH1004|PROTEIN

MEEKRTALVTGGNTGIGFETCRQLASNGIRVILTDRDENLGGKVVQQLNLSGFPDVVFHQLDITNRTSISRTVDFVKSHFKKLDILVNNAGHMGIVIVNEEKFKAGEGFVQVLDEKAHLLTDILKQSYELAEECIKTNYYGTKAVTMAFLPLLQLSDSPRIVNITSRYGELFFIHNEKVRNELRDMKTVTEERLDEITSRFLSDMKAGKLEENGWPLTVSAYKVSKAAINAYTRLMAKEYPKMLINSVHPGYVITDMSVQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026465`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026465

位置 Chr05:126737983-126739106 (+)

描述 Similar to SDR1: (+)-neomenthol dehydrogenase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g61220`	醛还原酶，催化饱和和 α,β-不饱和且碳数大于5的醛的醛基还原反应。	暂无已核实直接文献
`At2g24190`	醛还原酶，催化饱和和 α,β-不饱和且碳数大于5的醛的醛基还原反应。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026465 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009820 alkaloid metabolic process 生物过程

GO:0016104 triterpenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0016135 saponin biosynthetic process 生物过程

GO:0097295 morphine biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0008106 alcohol dehydrogenase (NADP+) activity 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0016616 oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:ABC47654

ath:AT2G24190

ath:AT3G61220

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.699

排名 1 · LXL04_026465 · OH-1004

细胞核0.229

排名 2 · LXL04_026465 · OH-1004

线粒体0.107

排名 3 · LXL04_026465 · OH-1004

过氧化物酶体0.099

排名 4 · LXL04_026465 · OH-1004

内质网0.059

排名 5 · LXL04_026465 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00106.32adh_short6-171 aa

PF08659.17KR6-100 aa

PF01370.28Epimerase7-76 aa

PF13561.13adh_short_C214-94 aa

PF13561.13adh_short_C2218-260 aa

PF00106.32adh_short219-260 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026465	`PF00106.32`	adh_short	6	171	4.6e-36	124.8
LXL04_026465	`PF08659.17`	KR	6	100	9.8e-08	32.8
LXL04_026465	`PF01370.28`	Epimerase	7	76	3.4e-07	30.6
LXL04_026465	`PF13561.13`	adh_short_C2	14	94	1.6e-25	90.8
LXL04_026465	`PF13561.13`	adh_short_C2	218	260	1.6e-25	90.8
LXL04_026465	`PF00106.32`	adh_short	219	260	4.6e-36	124.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M2E2`	拟南芥	(+)-neomenthol dehydrogenase	48.495%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZUH5`	拟南芥	Short-chain dehydrogenase/reductase 2b	47.492%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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