LXL04_026453 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026453

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 126486676-126493426 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6648 bp · LXL04_026453|LXL04_026453|OH1004|cDNA

ATGGCACATCTAGGCGGGGGTGCTGAGGCACATGCCCGATTTAAGCAGTATGAATACAGAGCCAACTCGAGTCTTGTGTTGACAACTGATTCTCGGCCACGTGATACACATGAGCCAACCGGAGAGCCTGAGTCTCTGTATGGGAAGATAGACCCTAAGAGTTTTGGTGACCGTGCTTAtagaggaagaccacaagaGCTGGATGAGAAAATCACCAAGtctaagaagaagaaggaacgTGATCCCTCACTTGCTTCTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

6648 bp · LXL04_026453|LXL04_026453|OH1004|CDS

ATGGCACATCTAGGCGGGGGTGCTGAGGCACATGCCCGATTTAAGCAGTATGAATACAGAGCCAACTCGAGTCTTGTGTTGACAACTGATTCTCGGCCACGTGATACACATGAGCCAACCGGAGAGCCTGAGTCTCTGTATGGGAAGATAGACCCTAAGAGTTTTGGTGACCGTGCTTATAGAGGAAGACCACAAGAGCTGGATGAGAAAATCACCAAGTCTAAGAAGAAGAAGGAACGTGATCCCTCACTTGCTTCTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2215 aa · LXL04_026453|LXL04_026453|OH1004|PROTEIN

MAHLGGGAEAHARFKQYEYRANSSLVLTTDSRPRDTHEPTGEPESLYGKIDPKSFGDRAYRGRPQELDEKITKSKKKKERDPSLASGEAGNNRHSKRRRLQEESVLTSTDEGVYQPKTKETRAAYEAMLSVIQTQLGGQPLNIVSGAADEILAVLKSDTLKNPEKKKDIEKLLNPIPNQVFDQLVSIGRLITDFQDAGGDADGSNAANGEDALDDDVGVAVEFEENEEDDEESDLDIVQEDDEDEDDDGLDRDRSKAMQM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026453`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026453

位置 Chr05:126486676-126493426 (-)

描述 Similar to BRR2A: DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g20960`	RNA 解旋酶，作为 U5 snRNP 和 U4/U6-U5 三体 snRNP 复合物的组成部分，在前 mRNA 剪接中起关键作用。	暂无已核实直接文献
`At2g42270`	RNA 解旋酶，作为 U5 snRNP 和 U4/U6-U5 三体 snRNP 复合物的组成部分，在前 mRNA 剪接中起关键作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026453 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000244 spliceosomal tri-snRNP complex assembly 生物过程

GO:0000354 cis assembly of pre-catalytic spliceosome 生物过程

GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly 生物过程

GO:0000388 spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0048025 negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分

GO:0005682 U5 snRNP 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G20960

ath:AT2G42270

hsa:23020

mmu:320632

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.923

排名 1 · LXL04_026453 · OH-1004

细胞质0.142

排名 2 · LXL04_026453 · OH-1004

线粒体0.023

排名 3 · LXL04_026453 · OH-1004

细胞膜0.019

排名 4 · LXL04_026453 · OH-1004

内质网0.011

排名 5 · LXL04_026453 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21188.3BRR2_plug121-186 aa

PF18149.7Helicase_PWI277-386 aa

PF04851.22ResIII517-692 aa

PF00270.36DEAD519-696 aa

PF00271.38Helicase_C813-895 aa

PF23445.2WHD_SNRNP200926-993 aa

PF02889.22Sec631042-1344 aa

PF00270.36DEAD1388-1562 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026453	`PF21188.3`	BRR2_plug	121	186	8.6e-10	39.6
LXL04_026453	`PF18149.7`	Helicase_PWI	277	386	2.3e-34	118.7
LXL04_026453	`PF04851.22`	ResIII	517	692	8.8e-27	94.7
LXL04_026453	`PF00270.36`	DEAD	519	696	1.3e-67	227.5
LXL04_026453	`PF00271.38`	Helicase_C	813	895	1.4e-14	55.0
LXL04_026453	`PF23445.2`	WHD_SNRNP200	926	993	1.3e-63	211.8
LXL04_026453	`PF02889.22`	Sec63	1042	1344	4.7e-167	554.2
LXL04_026453	`PF00270.36`	DEAD	1388	1562	1.3e-67	227.5
LXL04_026453	`PF04851.22`	ResIII	1388	1526	8.8e-27	94.7
LXL04_026453	`PF23445.2`	WHD_SNRNP200	1792	1873	1.3e-63	211.8
LXL04_026453	`PF02889.22`	Sec63	1880	2199	4.7e-167	554.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SYP1`	拟南芥	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH12	76.878%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O48534`	拟南芥	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH13	71.293%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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