LXL04_026440 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026440

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 126354501-126357356 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1629 bp · LXL04_026440|LXL04_026440|OH1004|cDNA

ATGGGTTTTTTGAGATTTTGTTGGTTTATATCAACCATCATTGTTTTCTTCTCTAACCCTAACCCGGTGGCTGCCGGGGACATTGTTCATGACGACAAATTTGCTCCCAAGAAGCCTGGTTGTGAGAATGACTTTGTACTGGTGAAAGTTCAAACATGGGTTGATGGTATAGAAGGTGCTGAGTTTGTTGGCGTTGGTGCTAGATTTGGAACCACAATCGTATCCAAAGAGAAAAATGCAAACCGCACTAACCTAACTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1629 bp · LXL04_026440|LXL04_026440|OH1004|CDS

ATGGGTTTTTTGAGATTTTGTTGGTTTATATCAACCATCATTGTTTTCTTCTCTAACCCTAACCCGGTGGCTGCCGGGGACATTGTTCATGACGACAAATTTGCTCCCAAGAAGCCTGGTTGTGAGAATGACTTTGTACTGGTGAAAGTTCAAACATGGGTTGATGGTATAGAAGGTGCTGAGTTTGTTGGCGTTGGTGCTAGATTTGGAACCACAATCGTATCCAAAGAGAAAAATGCAAACCGCACTAACCTAACTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

542 aa · LXL04_026440|LXL04_026440|OH1004|PROTEIN

MGFLRFCWFISTIIVFFSNPNPVAAGDIVHDDKFAPKKPGCENDFVLVKVQTWVDGIEGAEFVGVGARFGTTIVSKEKNANRTNLTQSIPHDCCTPPKHKLTGDVIMVTRGHCKFTTKANIAQAAGASAVLIINNQRELYKMVCEPDETDLDIHIPTVMLPQDAGVELERLLSNRSSISVQLYSPRRPVVDIAEVFLWLMAVGTILCASYWSAWSANEAAIEHDKLLEDFSEELSNTKLIGTTNGGIVKVNTKSAVLFVI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026440`
TK1151 ID	TkA06G010400
OH-1004 ID	LXL04_026440
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.958 / OH-1004 20.849 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026440

位置 Chr05:126354501-126357356 (-)

描述 Similar to SPPL2: Signal peptide peptidase-like 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g63690`	膜内切天冬氨酸蛋白酶（I-CLiP），在膜疏水平面裂解 II 型膜信号肽。	暂无已核实直接文献
`At1g01650`	膜内切天冬氨酸蛋白酶（I-CLiP），在膜疏水平面裂解 II 型膜信号肽。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0730900`	膜内切天冬氨酸蛋白酶（I-CLiP），在膜疏水平面裂解 II 型膜信号肽。	暂无已核实直接文献
`Os02g0823000`	膜内切天冬氨酸蛋白酶（I-CLiP），在膜疏水平面裂解 II 型膜信号肽。	暂无已核实直接文献
`Os11g0433200`	膜内切天冬氨酸蛋白酶（I-CLiP），在膜疏水平面裂解 II 型膜信号肽。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026440 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0033619 membrane protein proteolysis 生物过程

GO:0005765 lysosomal membrane 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0010008 endosome membrane 细胞组分

GO:0030660 Golgi-associated vesicle membrane 细胞组分

GO:0098553 lumenal side of endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0098554 cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0042500 aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G01650

ath:AT1G63690

dosa:Os02g0823000

dosa:Os06g0730900

dosa:Os11g0433200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.422

排名 1 · LXL04_026440 · OH-1004

细胞膜0.233

排名 2 · LXL04_026440 · OH-1004

细胞质0.188

排名 3 · LXL04_026440 · OH-1004

高尔基体0.188

排名 4 · LXL04_026440 · OH-1004

内质网0.162

排名 5 · LXL04_026440 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02225.28PA92-168 aa

PF04258.19Peptidase_A22B247-524 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026440	`PF02225.28`	PA	92	168	2e-13	51.0
LXL04_026440	`PF04258.19`	Peptidase_A22B	247	524	8.2e-104	348.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W469`	拟南芥	Signal peptide peptidase-like 2	78.558%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0WMJ8`	拟南芥	Signal peptide peptidase-like 4	69.844%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5Z413`	水稻	Signal peptide peptidase-like 5	72.673%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0DWA9`	水稻	Signal peptide peptidase-like 4	73.190%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q53P98`	水稻	Signal peptide peptidase-like 2	51.521%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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