LXL04_026252 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026252

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 123869411-123872794 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1470 bp · LXL04_026252|LXL04_026252|OH1004|cDNA

ATGCCCTCACATAATGGGCACATTATTTGCTTGACAGCTGAAATCGAAAGGAAGTTAAATGAAGCAACCATCCCCTTCCATCCTCATTCTTCTTCATCTCTTTCCTGCTCTTGTTTTAATCCCATTACTACAAATTTACCATCAATGGCAGCCATTCAGAACACCCACATTTCCACCTCCTCAAAGAAGAGAATGACTCCCGGTGACTTTACCAGGGACGACGATATCATCACCAAAAAAACATTTGAAGACCCTGCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1470 bp · LXL04_026252|LXL04_026252|OH1004|CDS

ATGCCCTCACATAATGGGCACATTATTTGCTTGACAGCTGAAATCGAAAGGAAGTTAAATGAAGCAACCATCCCCTTCCATCCTCATTCTTCTTCATCTCTTTCCTGCTCTTGTTTTAATCCCATTACTACAAATTTACCATCAATGGCAGCCATTCAGAACACCCACATTTCCACCTCCTCAAAGAAGAGAATGACTCCCGGTGACTTTACCAGGGACGACGATATCATCACCAAAAAAACATTTGAAGACCCTGCATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

489 aa · LXL04_026252|LXL04_026252|OH1004|PROTEIN

MPSHNGHIICLTAEIERKLNEATIPFHPHSSSSLSCSCFNPITTNLPSMAAIQNTHISTSSKKRMTPGDFTRDDDIITKKTFEDPASALANARHEFGEHGGVNMSIEASATFTVMEPETLSRMFTGELGPDRDFFIYSRHFNPTVLALGRQMAAMEGTEAAYCTSSGMAAISSVLLQLVSSGEHIVASPTLYGGTHAFLTHFLPKSSNIKTTFVDIRDLKKVEEAIVEGHTKVFFFESISNPTLTVANIPELSRIAHEKG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026252`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026252

位置 Chr05:123869411-123872794 (-)

描述 Similar to MGL: Methionine gamma-lyase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g64660`	催化 L-蛋氨酸降解为 α-酮丁酸、甲硫醇和氨。	Functional characterization of a methionine gamma-lyase in Arabidopsis and its implication in an alternative to the reverse trans-sulfuration pathway.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcl055

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026252 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009086 methionine biosynthetic process 生物过程

GO:0009970 cellular response to sulfate starvation 生物过程

GO:0019346 transsulfuration 生物过程

GO:0019458 L-methionine catabolic process via 2-oxobutanoate 生物过程

GO:0042631 cellular response to water deprivation 生物过程

GO:0046677 response to antibiotic 生物过程

GO:0051289 protein homotetramerization 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0016846 carbon-sulfur lyase activity 分子功能

GO:0018826 methionine gamma-lyase activity 分子功能

GO:0030170 pyridoxal phosphate binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G64660

fnu:FN1419

fpol:ERS445057_02025

pgi:PG_0343

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.620

排名 1 · LXL04_026252 · OH-1004

线粒体0.291

排名 2 · LXL04_026252 · OH-1004

细胞质0.153

排名 3 · LXL04_026252 · OH-1004

细胞核0.076

排名 4 · LXL04_026252 · OH-1004

过氧化物酶体0.058

排名 5 · LXL04_026252 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01053.27Cys_Met_Meta_PP97-464 aa

PF00155.28Aminotran_1_2155-336 aa

PF00266.26Aminotran_5167-332 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026252	`PF01053.27`	Cys_Met_Meta_PP	97	464	8.6e-84	282.0
LXL04_026252	`PF00155.28`	Aminotran_1_2	155	336	1e-10	42.1
LXL04_026252	`PF00266.26`	Aminotran_5	167	332	2.4e-08	34.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SGU9`	拟南芥	Methionine gamma-lyase	71.495%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情