LXL04_026246 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026246

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 123723310-123724798 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1098 bp · LXL04_026246|LXL04_026246|OH1004|cDNA

ATGGACAATGGAGACAGAAACAGTGGGGGTTATAATATTGGAGGCGTAGACGATTACCCAGGGGAAGCACCAACGGCGTTCTTGGAATCCGATATGAAAATGCAGCAAGCTTTATCATACCAGATGACCAATTTCATCTCCCCTTCTTCACATTACTACGACAATCACCTTCATAAGCATCAAGCTTCGCCGGAAATCGGTAGCGGCGTAGTAATCGGGTCAGACAGTGGTGGAACAACTGGGAAAATGCTTTTCACTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1098 bp · LXL04_026246|LXL04_026246|OH1004|CDS

ATGGACAATGGAGACAGAAACAGTGGGGGTTATAATATTGGAGGCGTAGACGATTACCCAGGGGAAGCACCAACGGCGTTCTTGGAATCCGATATGAAAATGCAGCAAGCTTTATCATACCAGATGACCAATTTCATCTCCCCTTCTTCACATTACTACGACAATCACCTTCATAAGCATCAAGCTTCGCCGGAAATCGGTAGCGGCGTAGTAATCGGGTCAGACAGTGGTGGAACAACTGGGAAAATGCTTTTCACTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

365 aa · LXL04_026246|LXL04_026246|OH1004|PROTEIN

MDNGDRNSGGYNIGGVDDYPGEAPTAFLESDMKMQQALSYQMTNFISPSSHYYDNHLHKHQASPEIGSGVVIGSDSGGTTGKMLFTAIQWQELERQTMIYKYIMASIPVPPQLLIPFSTQPNSTFFPYCKTAMDMRFSSGSDPEPWRCRRTDGKKWRCSRDVTPDQKYCERHAHKSRPRSRKPVESQPHNTTITTTSLNSTPSYPHPNWNLPVSSSNQQFQQSINSPRVGSKRNHFHPQEHESHNNYLDTITNTVGGRRQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026246`
TK1151 ID	TkA06G018250
OH-1004 ID	LXL04_026246
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026246

位置 Chr05:123723310-123724798 (-)

描述 Similar to GRF8: Growth-regulating factor 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g24150`	转录激活剂，在调节叶和子叶组织中的细胞扩张中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At4g37740`	转录激活剂，在调节叶和子叶组织中的细胞扩张中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0701300`	参与调控叶、茎及花序分生组织功能的转录激活因子。	Interaction between the GROWTH-REGULATING FACTOR and KNOTTED1-LIKE HOMEOBOX families of transcription factors.2014 · DOI: 10.1104/pp.113.222836 A Rare Allele of GS2 Enhances Grain Size and Grain Yield in Rice.2015 · DOI: 10.1016/j.molp.2015.07.002 OsGRF4 controls grain shape, panicle length and seed shattering in rice.2016 · DOI: 10.1111/jipb.12473 The OsmiR396c-OsGRF4-OsGIF1 regulatory module determines grain size and yield in rice.2016 · DOI: 10.1111/pbi.12569 Control of grain size and rice yield by GL2-mediated brassinosteroid responses.2015 · DOI: 10.1038/nplants.2015.195 Regulation of OsGRF4 by OsmiR396 controls grain size and yield in rice.2015 · DOI: 10.1038/nplants.2015.203
`Os06g0116200`	转录激活因子，在赤霉素诱导的茎伸长中起调控作用。	暂无已核实直接文献
`Os04g0600900`	转录激活因子，在赤霉素诱导的茎伸长中起调控作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026246 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0008283 cell population proliferation 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0032502 developmental process 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G24150

ath:AT4G37740

dosa:Os02g0701300

dosa:Os04g0600900

dosa:Os06g0116200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.979

排名 1 · LXL04_026246 · OH-1004

细胞质0.081

排名 2 · LXL04_026246 · OH-1004

细胞膜0.026

排名 3 · LXL04_026246 · OH-1004

内质网0.016

排名 4 · LXL04_026246 · OH-1004

质体0.013

排名 5 · LXL04_026246 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08880.17QLQ85-116 aa

PF08879.16WRC143-185 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026246	`PF08880.17`	QLQ	85	116	5.5e-12	45.8
LXL04_026246	`PF08879.16`	WRC	143	185	3.7e-20	72.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SU44`	拟南芥	Growth-regulating factor 8	31.322%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8L8A8`	拟南芥	Growth-regulating factor 2	50.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6ZIK5`	水稻	Growth-regulating factor 4	47.727%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6AWY4`	水稻	Growth-regulating factor 5	42.953%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6AWY6`	水稻	Growth-regulating factor 3	52.679%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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