LXL04_026202 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026202

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 122691961-122695987 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3786 bp · LXL04_026202|LXL04_026202|OH1004|cDNA

ATGTTCTCCGACGTCGGCGTAAGTTTTCATGTGGGCAATGCAGTTTTAATCGATTTGTATTTTGGTATAATGCATGATTTAGTGTCACTTCCTCGTACTGTGTTCAATCTGACGGGTGTGTCTGGTATTTTACTATATGTGATTGAAGGGGATAGAGTTGATACGGTGATGGATTTCTCGAGAACTAAGATAAGTCAGCGGACGCGTTCTTGCTATGACAAGCTTTACTTAGAGTTCAATGAGAAAAAAAATAACGGAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

3786 bp · LXL04_026202|LXL04_026202|OH1004|CDS

ATGTTCTCCGACGTCGGCGTAAGTTTTCATGTGGGCAATGCAGTTTTAATCGATTTGTATTTTGGTATAATGCATGATTTAGTGTCACTTCCTCGTACTGTGTTCAATCTGACGGGTGTGTCTGGTATTTTACTATATGTGATTGAAGGGGATAGAGTTGATACGGTGATGGATTTCTCGAGAACTAAGATAAGTCAGCGGACGCGTTCTTGCTATGACAAGCTTTACTTAGAGTTCAATGAGAAAAAAAATAACGGAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1261 aa · LXL04_026202|LXL04_026202|OH1004|PROTEIN

MFSDVGVSFHVGNAVLIDLYFGIMHDLVSLPRTVFNLTGVSGILLYVIEGDRVDTVMDFSRTKISQRTRSCYDKLYLEFNEKKNNGRPRNPRRGSGGGGEDRIDSVGESSAKSSDGLKGSGGKRDGIKVRSCKINKGRKGKEELGKASKKGNNETPICVIEDSEDDDDDDDRVGLNESSPGTEETSGRGKVKSSERGKKVSRKSLIDEVEDDCGHDDKCGQTNDSHHNKNNDDDDDDDVVSLLGDNPMSSKSPERNDSYG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026202`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026202

位置 Chr05:122691961-122695987 (+)

描述 Similar to CLSY3: SNF2 domain-containing protein CLASSY 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g05490`	可能的染色质重塑因子。	暂无已核实直接文献
`At3g24340`	可能的染色质重塑因子。	暂无已核实直接文献
`At5g20420`	可能的染色质重塑因子。	暂无已核实直接文献
`At3g42670`	可能的染色质重塑因子。	Identification of genes required for de novo DNA methylation in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.4161/epi.6.3.14242
`At2g16390`	染色质重塑复合物的亚基，介导 RNA 聚合酶 IV 和 V招募至染色质。	Atypical RNA polymerase subunits required for RNA-directed DNA methylation.2005 · DOI: 10.1038/ng1580 A SNF2-like protein facilitates dynamic control of DNA methylation.2005 · DOI: 10.1038/sj.embor.7400446 Endogenous targets of RNA-directed DNA methylation and Pol IV in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601150 RNAi, DRD1, and histone methylation actively target developmentally important non-CG DNA methylation in arabidopsis.2006 · DOI: 10.1371/journal.pgen.0020083 A structural-maintenance-of-chromosomes hinge domain-containing protein is required for RNA-directed DNA methylation.2008 · DOI: 10.1038/ng.119 Noncoding transcription by RNA polymerase Pol IVb/Pol V mediates transcriptional silencing of overlapping and adjacent genes.2008 · DOI: 10.1016/j.cell.2008.09.035 NRPD4, a protein related to the RPB4 subunit of RNA polymerase II, is a component of RNA polymerases IV and V and is required for RNA-directed DNA methylation.2009 · DOI: 10.1101/gad.1765209 Defining the functional network of epigenetic regulators in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1093/mp/ssp017 RNA polymerase V functions in Arabidopsis interphase heterochromatin organization independently of the 24-nt siRNA-directed DNA methylation pathway.2009 · DOI: 10.1093/mp/ssp006 The RNA silencing enzyme RNA polymerase v is required for plant immunity.2011 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002434 RNA polymerase V-dependent small RNAs in Arabidopsis originate from small, intergenic loci including most SINE repeats.2012 · DOI: 10.4161/epi.20290 The Arabidopsis nucleosome remodeler DDM1 allows DNA methyltransferases to access H1-containing heterochromatin.2013 · DOI: 10.1016/j.cell.2013.02.033

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026202 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001059 transcription by RNA polymerase IV 生物过程

GO:0006346 DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0035563 positive regulation of chromatin binding 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0070828 heterochromatin organization 生物过程

GO:0071360 cellular response to exogenous dsRNA 生物过程

GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程

GO:0140745 siRNA transcription 生物过程

GO:0000419 RNA polymerase V complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05490

ath:AT2G16390

ath:AT3G24340

ath:AT3G42670

ath:AT5G20420

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.955

排名 1 · LXL04_026202 · OH-1004

细胞质0.091

排名 2 · LXL04_026202 · OH-1004

细胞膜0.024

排名 3 · LXL04_026202 · OH-1004

线粒体0.015

排名 4 · LXL04_026202 · OH-1004

内质网0.012

排名 5 · LXL04_026202 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04851.22ResIII713-908 aa

PF00176.30SNF2-rel_dom721-1012 aa

PF00271.38Helicase_C1060-1178 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026202	`PF04851.22`	ResIII	713	908	5.7e-07	30.3
LXL04_026202	`PF00176.30`	SNF2-rel_dom	721	1012	1.5e-22	80.7
LXL04_026202	`PF00271.38`	Helicase_C	1060	1178	3.9e-18	66.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I8S3`	拟南芥	SNF2 domain-containing protein CLASSY 3	45.884%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LK10`	拟南芥	SNF2 domain-containing protein CLASSY 4	42.490%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4K493`	拟南芥	SNF2 domain-containing protein CLASSY 2	32.749%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M297`	拟南芥	SNF2 domain-containing protein CLASSY 1	30.975%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SIW2`	拟南芥	Protein CHROMATIN REMODELING 35	30.560%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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