LXL04_026119 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026119

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 121236124-121239636 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3432 bp · LXL04_026119|LXL04_026119|OH1004|cDNA

ATGTCATCACGATCGCCGAAAGCTTTAGAGCTACAACAGTCGCGAGGTGCGATTCCTCCACAAGTGACTTTCGCTCGAAGGACTTCTTCCGGCCGCTACGTCAACTACTCAAGAGACGACCTAGACAGTGAAATCGGAAGCACAGAGTTCATGAACTACACAGTCCACATCCCTCCTACACCCGACAACCAACCCATGGATCCTTCAATCTCCCAAAGAGTCGAAGAACAATACGTCTCAAATTCACTCTTCACAGGCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

3432 bp · LXL04_026119|LXL04_026119|OH1004|CDS

ATGTCATCACGATCGCCGAAAGCTTTAGAGCTACAACAGTCGCGAGGTGCGATTCCTCCACAAGTGACTTTCGCTCGAAGGACTTCTTCCGGCCGCTACGTCAACTACTCAAGAGACGACCTAGACAGTGAAATCGGAAGCACAGAGTTCATGAACTACACAGTCCACATCCCTCCTACACCCGACAACCAACCCATGGATCCTTCAATCTCCCAAAGAGTCGAAGAACAATACGTCTCAAATTCACTCTTCACAGGCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1143 aa · LXL04_026119|LXL04_026119|OH1004|PROTEIN

MSSRSPKALELQQSRGAIPPQVTFARRTSSGRYVNYSRDDLDSEIGSTEFMNYTVHIPPTPDNQPMDPSISQRVEEQYVSNSLFTGGFNSVTRAHLMDKVIDSETTHPQMAGAKGSSCKIPGCDGIVMSDERGDDILPCECDFKICRDCYVDAVKTGDGICPGCKEPYKQTDLDQHSVDPRQPLSLPSNIPNHNMERRGSSKMERRLSLMKSTKSALVRSQTGEFDHNRWLFETNGTYGYGNAFWPKDEEVNEDKNEPTG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026119`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026119

位置 Chr05:121236124-121239636 (+)

描述 Similar to CSLD3: Cellulose synthase-like protein D3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g03050`	被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。	AtCSLD3, a cellulose synthase-like gene important for root hair growth in arabidopsis.2001 · DOI: 10.1104/pp.126.2.575
`At5g16910`	被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2YU42`	被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。	暂无已核实直接文献
`Os06g0111800`	被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。	暂无已核实直接文献
`Os10g0578200`	被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。	OsCSLD1, a cellulose synthase-like D1 gene, is required for root hair morphogenesis in rice.2007 · DOI: 10.1104/pp.106.091546

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026119 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009833 plant-type primary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0048767 root hair elongation 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0071669 plant-type cell wall organization or biogenesis 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G03050

ath:AT5G16910

dosa:Os06g0111800

dosa:Os10g0578200

osa:4339895

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.517

排名 1 · LXL04_026119 · OH-1004

内质网0.199

排名 2 · LXL04_026119 · OH-1004

高尔基体0.151

排名 3 · LXL04_026119 · OH-1004

细胞质0.146

排名 4 · LXL04_026119 · OH-1004

溶酶体／液泡0.106

排名 5 · LXL04_026119 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14570.13zf-RING_4120-169 aa

PF03552.21Cellulose_synt373-1132 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026119	`PF14570.13`	zf-RING_4	120	169	2.7e-17	63.0
LXL04_026119	`PF03552.21`	Cellulose_synt	373	1132		1261.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M9M4`	拟南芥	Cellulose synthase-like protein D3	79.878%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LFL0`	拟南芥	Cellulose synthase-like protein D2	79.947%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2YU42`	水稻	Cellulose synthase-like protein D2	80.209%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LHZ7`	水稻	Cellulose synthase-like protein D2	80.209%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8W3F9`	水稻	Cellulose synthase-like protein D1	74.868%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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