LXL04_026010 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026010

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 119726435-119730802 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2913 bp · LXL04_026010|LXL04_026010|OH1004|cDNA

ATGGCTACAGCGATGATACGAAGGACGGCCACCTCCGCCACCGTCAGACTCACCCGATACGCTCTACTCACCGCCACTGATGCCTCTTCGTGCGTCTCTCGCTCTCAGTCTCGCTTATACTCCTCCATTGTTACTACACCAGAGATTTCTGCGGTCCGTATACCTTACTTTCTTCACAACGGTTCTATCGGACACAACatgatttcttcatcactttctcGCCCTTATTCAACTGCTGCCAATCCTTCCCAGTTCAACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2913 bp · LXL04_026010|LXL04_026010|OH1004|CDS

ATGGCTACAGCGATGATACGAAGGACGGCCACCTCCGCCACCGTCAGACTCACCCGATACGCTCTACTCACCGCCACTGATGCCTCTTCGTGCGTCTCTCGCTCTCAGTCTCGCTTATACTCCTCCATTGTTACTACACCAGAGATTTCTGCGGTCCGTATACCTTACTTTCTTCACAACGGTTCTATCGGACACAACATGATTTCTTCATCACTTTCTCGCCCTTATTCAACTGCTGCCAATCCTTCCCAGTTCAACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

970 aa · LXL04_026010|LXL04_026010|OH1004|PROTEIN

MATAMIRRTATSATVRLTRYALLTATDASSCVSRSQSRLYSSIVTTPEISAVRIPYFLHNGSIGHNMISSSLSRPYSTAANPSQFNNKDYTEMAWEGIVGAVDAARGSKQQIVESEHLMKALLEQKDGLARRILTKAGLDNTSVLQATDSFIAQQPKVMDTSSPVLGSNLSSLLENARKFKKEMGDDFVSVEHLVLAFPSDKRFGKQLFTNLQLSEKSLKEAVQAVRGSQKVTDQNPEGKYEALDKYGNDLTELARRGKL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026010`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026010

位置 Chr05:119726435-119730802 (-)

描述 Similar to CLPB4: Chaperone protein ClpB4, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g25140`	似乎不参与热应激反应或耐受的分子伴侣。	The Arabidopsis ClpB/Hsp100 family of proteins: chaperones for stress and chloroplast development.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02940.x
`At5g15450`	对叶绿体发育和幼苗活力至关重要的分子伴侣。	An Arabidopsis chloroplast-targeted Hsp101 homologue, APG6, has an essential role in chloroplast development as well as heat-stress response.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02873.x The Arabidopsis ClpB/Hsp100 family of proteins: chaperones for stress and chloroplast development.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02940.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0181900`	分子伴侣，可能不参与热应激反应或耐受性。	暂无已核实直接文献
`Os03g0426900`	可能在叶绿体发育中发挥作用的分子伴护蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026010 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0034605 cellular response to heat 生物过程

GO:0042026 protein refolding 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009532 plastid stroma 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ana:alr5084

ath:AT2G25140

ath:AT5G15450

dosa:Os02g0181900

dosa:Os03g0426900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.856

排名 1 · LXL04_026010 · OH-1004

质体0.117

排名 2 · LXL04_026010 · OH-1004

细胞质0.076

排名 3 · LXL04_026010 · OH-1004

细胞核0.053

排名 4 · LXL04_026010 · OH-1004

细胞膜0.024

排名 5 · LXL04_026010 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02861.26Clp_N90-208 aa

PF13191.13AAA_16263-309 aa

PF23569.2NBD_SMAX1268-367 aa

PF13401.13AAA_22280-366 aa

PF00004.36AAA287-419 aa

PF17871.8AAA_lid_9425-527 aa

PF07724.21AAA_2683-852 aa

PF00158.33Sigma54_activat686-804 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026010	`PF02861.26`	Clp_N	90	208	5.1e-30	105.0
LXL04_026010	`PF13191.13`	AAA_16	263	309	2.8e-10	41.7
LXL04_026010	`PF23569.2`	NBD_SMAX1	268	367	3e-08	34.5
LXL04_026010	`PF13401.13`	AAA_22	280	366	2.4e-12	48.0
LXL04_026010	`PF00004.36`	AAA	287	419	9.3e-27	94.8
LXL04_026010	`PF17871.8`	AAA_lid_9	425	527	4.1e-33	114.1
LXL04_026010	`PF07724.21`	AAA_2	683	852	4.9e-72	242.1
LXL04_026010	`PF00158.33`	Sigma54_activat	686	804	5.4e-10	39.9
LXL04_026010	`PF07728.21`	AAA_5	688	809	3.9e-17	63.3
LXL04_026010	`PF00004.36`	AAA	689	807	9.3e-27	94.8
LXL04_026010	`PF13401.13`	AAA_22	689	783	2.4e-12	48.0
LXL04_026010	`PF10431.16`	ClpB_D2-small	859	938	2.6e-24	85.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VYJ7`	拟南芥	Chaperone protein ClpB4, mitochondrial	77.373%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LF37`	拟南芥	Chaperone protein ClpB3, chloroplastic	71.381%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0E3C8`	水稻	Chaperone protein ClpB3, mitochondrial	79.219%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q75GT3`	水稻	Chaperone protein ClpB2, chloroplastic	72.350%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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