LXL04_025931 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025931

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 118661426-118665896 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2799 bp · LXL04_025931|LXL04_025931|OH1004|cDNA

ATGGTGCACGAGATGGAGGATGATCATGTTGAAGATATGGAGGTCGAAGTTGAAGTCCTCTCATCAATGTGGCCTGAAGGCATTGACGAAGCTGGAAAAAAGTTCAACCTAGAAAAACCAGGATTACATGAAGACATGTTAGAGGATCTTGCCTTCATTGAAGAACCTAGTATAGTTGACTTCAAACGATTAGTAGAACTCACAAGTTACAGTGAAAAAGGCTCCTCACAGTTGGCTTACCTTGTACAAAACTGGGAATA...

CDS

下载 CDS FASTA

2799 bp · LXL04_025931|LXL04_025931|OH1004|CDS

ATGGTGCACGAGATGGAGGATGATCATGTTGAAGATATGGAGGTCGAAGTTGAAGTCCTCTCATCAATGTGGCCTGAAGGCATTGACGAAGCTGGAAAAAAGTTCAACCTAGAAAAACCAGGATTACATGAAGACATGTTAGAGGATCTTGCCTTCATTGAAGAACCTAGTATAGTTGACTTCAAACGATTAGTAGAACTCACAAGTTACAGTGAAAAAGGCTCCTCACAGTTGGCTTACCTTGTACAAAACTGGGAATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

932 aa · LXL04_025931|LXL04_025931|OH1004|PROTEIN

MVHEMEDDHVEDMEVEVEVLSSMWPEGIDEAGKKFNLEKPGLHEDMLEDLAFIEEPSIVDFKRLVELTSYSEKGSSQLAYLVQNWEYKQENAVRLLREELESLSKQQHEVQLKKLEIFEQHRFEESYGGDKRPVSVLDEVIEIFQDVPKKRNDIIVQDKRVEIDAEYDTVIYWKQKALHLGKLLEESVQREHLLLEKLEESIENLEKQSSPVEELSQILKRADNFLHFVLQNAPVVIGHQDQDLRYRFIYNHFPSLGEED...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025931`
TK1151 ID	TkA06G036570
OH-1004 ID	LXL04_025931
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.587 / OH-1004 97.318 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025931

位置 Chr05:118661426-118665896 (+)

描述 Similar to AHK5: Histidine kinase 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g10720`	作为组氨酸激酶发挥作用，并将应激信号传递至下游 MAPK 级联。	AHK5 histidine kinase regulates root elongation through an ETR1-dependent abscisic acid and ethylene signaling pathway in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcl065 The histidine kinase AHK5 integrates endogenous and environmental signals in Arabidopsis guard cells.2008 · DOI: 10.1371/journal.pone.0002491 Arabidopsis histidine kinase 5 regulates salt sensitivity and resistance against bacterial and fungal infection.2012 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2011.04033.x Modulation of ROS production and hormone levels by AHK5 during abiotic and biotic stress signaling.2012 · DOI: 10.4161/psb.20692

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2YFR6`	与细菌双组分调控器相关的细胞分裂素受体。	暂无已核实直接文献
`Os06g0654300`	与细菌双组分调控器相关的细胞分裂素受体。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025931 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000160 phosphorelay signal transduction system 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010105 negative regulation of ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0070301 cellular response to hydrogen peroxide 生物过程

GO:0071219 cellular response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0071732 cellular response to nitric oxide 生物过程

GO:0090333 regulation of stomatal closure 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G10720

dosa:Os06g0654300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.473

排名 1 · LXL04_025931 · OH-1004

细胞核0.322

排名 2 · LXL04_025931 · OH-1004

细胞膜0.156

排名 3 · LXL04_025931 · OH-1004

高尔基体0.104

排名 4 · LXL04_025931 · OH-1004

内质网0.094

排名 5 · LXL04_025931 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00512.32HisKA373-436 aa

PF02518.32HATPase_c482-632 aa

PF00072.31Response_reg775-843 aa

PF00072.31Response_reg864-907 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025931	`PF00512.32`	HisKA	373	436	4.7e-18	65.7
LXL04_025931	`PF02518.32`	HATPase_c	482	632	2.9e-28	99.2
LXL04_025931	`PF00072.31`	Response_reg	775	843	1.1e-19	71.4
LXL04_025931	`PF00072.31`	Response_reg	864	907	1.1e-19	71.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q3S4A7`	拟南芥	Histidine kinase 5	58.201%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2YFR6`	水稻	Probable histidine kinase 1	52.121%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A3BE68`	水稻	Probable histidine kinase 1	52.020%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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