LXL04_025911 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025911

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 118473642-118475661 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1368 bp · LXL04_025911|LXL04_025911|OH1004|cDNA

ATGAGTAGTAGGTATAGAAAGTCAATTCGTCAGTGCCGCCGGGATGGCGGCGTTGAGGTAGGTGGTAGTGCCGCCTCCGATGAGGGTTTGCCGGAAATTGCAGTAGCCACGAAGCTTAGGTCAAAGCCCCATCAGTTCTATAGCCGAATATTGCCTGGAAAGTCAGAAGGAATGCCGATTTCCCCGGTCAAAATGTTGGCAGGTCGCGAAGGTAATTACTCCGGGAGAGGTAGATTCACATCTGCAGATCGTTGTCACCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1368 bp · LXL04_025911|LXL04_025911|OH1004|CDS

ATGAGTAGTAGGTATAGAAAGTCAATTCGTCAGTGCCGCCGGGATGGCGGCGTTGAGGTAGGTGGTAGTGCCGCCTCCGATGAGGGTTTGCCGGAAATTGCAGTAGCCACGAAGCTTAGGTCAAAGCCCCATCAGTTCTATAGCCGAATATTGCCTGGAAAGTCAGAAGGAATGCCGATTTCCCCGGTCAAAATGTTGGCAGGTCGCGAAGGTAATTACTCCGGGAGAGGTAGATTCACATCTGCAGATCGTTGTCACCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

455 aa · LXL04_025911|LXL04_025911|OH1004|PROTEIN

MSSRYRKSIRQCRRDGGVEVGGSAASDEGLPEIAVATKLRSKPHQFYSRILPGKSEGMPISPVKMLAGREGNYSGRGRFTSADRCHLSSRYLPVNGPSVIDQMSSCAYVSQFSADGTLFVAGFQDSDIKIYSVDNDWKVKKNIRARSLRWTITDTSLSPDQRFLVYSSMSPVVHIVNIGSSMTESVANVTEIHEGLDFSGHDGEEEDDYSFGIFSVKFSTDGRELVAATSDDSIYVYDLVANKLNVRIPAHKSDVNAVCF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025911`
TK1151 ID	TkA06G035770
OH-1004 ID	LXL04_025911
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_025911`
位置	Chr05:118473642-118475661 (-)
描述	Similar to LEC14B homolog
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_025911` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0003016 respiratory system process 生物过程 GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程 GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程 GO:0010467 gene expression 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0050821 protein stabilization 生物过程 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bta:539433 mmu:28199 rno:305895 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.587

排名 1 · LXL04_025911 · OH-1004

细胞质0.401

排名 2 · LXL04_025911 · OH-1004

溶酶体／液泡0.052

排名 3 · LXL04_025911 · OH-1004

细胞膜0.048

排名 4 · LXL04_025911 · OH-1004

线粒体0.034

排名 5 · LXL04_025911 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25174.2Beta-prop_THOC3107-182 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_2108-181 aa

PF24814.2WD40_Prp19111-283 aa

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st166-277 aa

PF24782.3WD40_MABP1-WDR62_2nd199-332 aa

PF25391.2WD40_Gbeta207-283 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5212-334 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_2212-347 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025911	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	107	182	3.4e-30	105.7
LXL04_025911	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	108	181	1.3e-23	84.4
LXL04_025911	`PF24814.2`	WD40_Prp19	111	283	5.5e-29	101.8
LXL04_025911	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	166	277	1.6e-11	44.8
LXL04_025911	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	199	332	1.8e-13	50.9
LXL04_025911	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	207	283	2e-13	50.8
LXL04_025911	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	212	334	2.1e-35	123.1
LXL04_025911	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	212	347	1.3e-23	84.4
LXL04_025911	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	212	326	1.3e-17	64.6
LXL04_025911	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	213	281	1.8e-39	136.1
LXL04_025911	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	213	452	3.4e-30	105.7
LXL04_025911	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	213	283	1.2e-27	97.7
LXL04_025911	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	213	337	6.5e-24	85.5
LXL04_025911	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	213	281	3.2e-23	83.1
LXL04_025911	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	213	283	1.1e-09	39.0
LXL04_025911	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	215	332	1.8e-39	136.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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