LXL04_025851 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025851

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 117632013-117634321 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2229 bp · LXL04_025851|LXL04_025851|OH1004|cDNA

ATGCTAAAACAATTTACAAGCGACGACTTGGAAGCTCAAGCTAGTAGCACAATCCAAAGTGGGAAACCAATCCAAACCCAGATCAAGAAATCTCCATCTCTCACATGGGGTTTTTCGTCTATACAATCTGAGATGGTTGTTGTATTTGAGACATGGGCACTTATCATTGTTCTTGTGGTTTCTCTTCAAAGTCAAATTCTTGTGATTTCACAAAACTTGTCGTGCAATTCTGATGACCTAAGAGGATTACGAGGTTTCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2229 bp · LXL04_025851|LXL04_025851|OH1004|CDS

ATGCTAAAACAATTTACAAGCGACGACTTGGAAGCTCAAGCTAGTAGCACAATCCAAAGTGGGAAACCAATCCAAACCCAGATCAAGAAATCTCCATCTCTCACATGGGGTTTTTCGTCTATACAATCTGAGATGGTTGTTGTATTTGAGACATGGGCACTTATCATTGTTCTTGTGGTTTCTCTTCAAAGTCAAATTCTTGTGATTTCACAAAACTTGTCGTGCAATTCTGATGACCTAAGAGGATTACGAGGTTTCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

742 aa · LXL04_025851|LXL04_025851|OH1004|PROTEIN

MLKQFTSDDLEAQASSTIQSGKPIQTQIKKSPSLTWGFSSIQSEMVVVFETWALIIVLVVSLQSQILVISQNLSCNSDDLRGLRGFVNVLESPIVGWWPTDSSSSSDCCNWIGITCNSTSGRIVRLELPKKRLIGNFSDSISKLNQLRTLNLSQNFLRGPLPISLFHLPHLEELDLSSNKFNGVLPVNINLPALQLLDISYNAFRSSLPSALCVNSNEIRVLKFALNYFNGTIPPQFGKCSFLERLDLASNFLSGIVRDI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025851`
TK1151 ID	TkA06G039920
OH-1004 ID	LXL04_025851
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	46.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 94.070 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025851

位置 Chr05:117632013-117634321 (-)

描述 Similar to PSKR: Phytosulfokine receptor 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g02220`	植物磺肽受体，具有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性和鸟苷酸环化酶活性。	Disruption and overexpression of Arabidopsis phytosulfokine receptor gene affects cellular longevity and potential for growth.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.081109 The phytosulfokine (PSK) receptor is capable of guanylate cyclase activity and enabling cyclic GMP-dependent signaling in plants.2011 · DOI: 10.1074/jbc.m110.168823 The tyrosine-sulfated peptide receptors PSKR1 and PSY1R modify the immunity of Arabidopsis to biotrophic and necrotrophic pathogens in an antagonistic manner.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12050
`At5g53890`	具有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性的植物硫肽受体。	暂无已核实直接文献
`At1g17240`	参与CLV3及CLV3样肽的感知，这些肽作为调节分生组织维护的细胞外信号。	Functional analyses of the CLAVATA2-like proteins and their domains that contribute to CLAVATA2 specificity.2010 · DOI: 10.1104/pp.109.148197
`At1g72300`	酪氨酸硫酸化糖肽受体，具有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性。	Tyrosine-sulfated glycopeptide involved in cellular proliferation and expansion in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0706403104 The tyrosine-sulfated peptide receptors PSKR1 and PSY1R modify the immunity of Arabidopsis to biotrophic and necrotrophic pathogens in an antagonistic manner.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12050 Receptor kinase-mediated control of primary active proton pumping at the plasma membrane.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12680

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025851 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0010073 meristem maintenance 生物过程

GO:0031347 regulation of defense response 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0045851 pH reduction 生物过程

GO:0051707 response to other organism 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17240

ath:AT1G72300

ath:AT2G02220

ath:AT5G53890

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.861

排名 1 · LXL04_025851 · OH-1004

内质网0.088

排名 2 · LXL04_025851 · OH-1004

细胞质0.058

排名 3 · LXL04_025851 · OH-1004

细胞核0.042

排名 4 · LXL04_025851 · OH-1004

溶酶体／液泡0.027

排名 5 · LXL04_025851 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13855.13LRR_8126-181 aa

PF12799.14LRR_4146-180 aa

PF13855.13LRR_8234-277 aa

PF12799.14LRR_4265-307 aa

PF13855.13LRR_8288-348 aa

PF13855.13LRR_8361-421 aa

PF12799.14LRR_4361-398 aa

PF23598.2LRR_14458-535 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025851	`PF13855.13`	LRR_8	126	181	3.5e-42	142.7
LXL04_025851	`PF12799.14`	LRR_4	146	180	6.3e-34	115.9
LXL04_025851	`PF13855.13`	LRR_8	234	277	3.5e-42	142.7
LXL04_025851	`PF12799.14`	LRR_4	265	307	6.3e-34	115.9
LXL04_025851	`PF13855.13`	LRR_8	288	348	3.5e-42	142.7
LXL04_025851	`PF13855.13`	LRR_8	361	421	3.5e-42	142.7
LXL04_025851	`PF12799.14`	LRR_4	361	398	6.3e-34	115.9
LXL04_025851	`PF23598.2`	LRR_14	458	535	3.7e-15	56.3
LXL04_025851	`PF13855.13`	LRR_8	461	520	3.5e-42	142.7
LXL04_025851	`PF13855.13`	LRR_8	575	631	3.5e-42	142.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZVR7`	拟南芥	Phytosulfokine receptor 1	54.531%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FN37`	拟南芥	Phytosulfokine receptor 2	40.086%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SHI3`	拟南芥	Receptor-like protein 2	36.326%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C7S5`	拟南芥	Tyrosine-sulfated glycopeptide receptor 1	38.279%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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