LXL04_025801 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025801

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 117021980-117024167 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2109 bp · LXL04_025801|LXL04_025801|OH1004|cDNA

ATGTTGAGGGAAGACGACAAATCACAGCCGCCGCCTCTACCTGCAGCTACCGGAGGAGGAAAAATATACTCCAGGTCAGTTTCCTGGGCCGGCAAGGCAAGGGCATGTCTGCCGCCGTTACAGCCTCTCTCGGTTTCTCGGCCGAAGGCCGAGGAGTGGCCAAGGGCGGGCTCCGACGATCTCGGAGTTTGGCCGAATGTCACCGCTACTACTCCCGGCGCTAGACCTAGACCTCCTTCTCTACCTCTTAACTTAGGGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2109 bp · LXL04_025801|LXL04_025801|OH1004|CDS

ATGTTGAGGGAAGACGACAAATCACAGCCGCCGCCTCTACCTGCAGCTACCGGAGGAGGAAAAATATACTCCAGGTCAGTTTCCTGGGCCGGCAAGGCAAGGGCATGTCTGCCGCCGTTACAGCCTCTCTCGGTTTCTCGGCCGAAGGCCGAGGAGTGGCCAAGGGCGGGCTCCGACGATCTCGGAGTTTGGCCGAATGTCACCGCTACTACTCCCGGCGCTAGACCTAGACCTCCTTCTCTACCTCTTAACTTAGGGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

702 aa · LXL04_025801|LXL04_025801|OH1004|PROTEIN

MLREDDKSQPPPLPAATGGGKIYSRSVSWAGKARACLPPLQPLSVSRPKAEEWPRAGSDDLGVWPNVTATTPGARPRPPSLPLNLGKPPREFEFKKDKLAFFDKECSRIIDHVFLGSDAVAKNRDVLRQNGITHVLNCVGFVCPEYFNTDLVYKTLWLQDSPSEDITSILYDVFDYFEDVREQNGRVFVHCCQGVSRSTSLVIAYLMWREGHSFEDAFQQVKAARGVTNPNMGFASQLLQCQKRVHAVPVSPSSVLRMYR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025801`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025801

位置 Chr05:117021980-117024167 (+)

描述 Similar to MKP1: Protein-tyrosine-phosphatase MKP1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g55270`	蛋白酪氨酸磷酸酶，通过去磷酸化并抑制 MPK6 和 MPK3，作为 MPK6 和 MPK3 信号的负调控因子。	Mitogen-activated protein kinase phosphatase is required for genotoxic stress relief in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1101/gad.192601 Distinct regulation of salinity and genotoxic stress responses by Arabidopsis MAP kinase phosphatase 1.2002 · DOI: 10.1093/emboj/cdf646 The role of NADPH oxidase and MAP kinase phosphatase in UV-B-dependent gene expression in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2006.01555.x MAP kinase phosphatase1 and protein tyrosine phosphatase1 are repressors of salicylic acid synthesis and SNC1-mediated responses in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.067678 Arabidopsis MAP Kinase Phosphatase 1 (AtMKP1) negatively regulates MPK6-mediated PAMP responses and resistance against bacteria.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04588.x Arabidopsis MAP kinase phosphatase 1 is phosphorylated and activated by its substrate AtMPK6.2011 · DOI: 10.1007/s00299-011-1064-4 Arabidopsis MAP kinase phosphatase 1 and its target MAP kinases 3 and 6 antagonistically determine UV-B stress tolerance, independent of the UVR8 photoreceptor pathway.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04725.x
`At3g06110`	对含 Ser/Thr 和 Tyr 的蛋白质具有双重特异性。	Arabidopsis MAPK phosphatase 2 (MKP2) positively regulates oxidative stress tolerance and inactivates the MPK3 and MPK6 MAPKs.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m701888200 MAPK phosphatase MKP2 mediates disease responses in Arabidopsis and functionally interacts with MPK3 and MPK6.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04297.x Regulation of MAPK signaling and cell death by MAPK phosphatase MKP2.2010 · DOI: 10.4161/psb.5.11.13645

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025801 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006470 protein dephosphorylation 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0010193 response to ozone 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0010225 response to UV-C 生物过程

GO:0016311 dephosphorylation 生物过程

GO:0034051 negative regulation of plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0034599 cellular response to oxidative stress 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0070373 negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G06110

ath:AT3G55270

gga:395642

hsa:1846

rno:60587

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.589

排名 1 · LXL04_025801 · OH-1004

细胞核0.298

排名 2 · LXL04_025801 · OH-1004

细胞膜0.183

排名 3 · LXL04_025801 · OH-1004

高尔基体0.090

排名 4 · LXL04_025801 · OH-1004

内质网0.066

排名 5 · LXL04_025801 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00782.26DSPc113-243 aa

PF25466.1MPK1_gelsolin_C603-690 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025801	`PF00782.26`	DSPc	113	243	1.7e-27	96.6
LXL04_025801	`PF25466.1`	MPK1_gelsolin_C	603	690	1.9e-15	57.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C5S1`	拟南芥	Protein-tyrosine-phosphatase MKP1	58.883%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M8K7`	拟南芥	Dual specificity protein phosphatase 1B	36.129%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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