LXL04_025773 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025773

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 116802206-116808696 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3234 bp · LXL04_025773|LXL04_025773|OH1004|cDNA

TCATGGTACAACAAGTCATTGattttttctatatatatattgctaAATCCCACATATAGTCTCCTCACAAAAAACCACGTACTTTCTTCGAGAAACATGTATACATCCCCACCACCTACCTCCTCTTTCCGGCGACCGCCGGCGATCTCAGCCACAGGCAAAACTGCCATCACCATCCCCGGCAAAAACCCAGTGTGGGTTCAGGCTGGTTCGAAGTCAAACCTCAGGAACCAAACCCGTAGGGTGCGACGGTCAACGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

3216 bp · LXL04_025773|LXL04_025773|OH1004|CDS

TTGATTTTTTCTATATATATATTGCTAAATCCCACATATAGTCTCCTCACAAAAAACCACGTACTTTCTTCGAGAAACATGTATACATCCCCACCACCTACCTCCTCTTTCCGGCGACCGCCGGCGATCTCAGCCACAGGCAAAACTGCCATCACCATCCCCGGCAAAAACCCAGTGTGGGTTCAGGCTGGTTCGAAGTCAAACCTCAGGAACCAAACCCGTAGGGTGCGACGGTCAACGATCATGGCAGTGGTGAGCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1071 aa · LXL04_025773|LXL04_025773|OH1004|PROTEIN

MIFSIYILLNPTYSLLTKNHVLSSRNMYTSPPPTSSFRRPPAISATGKTAITIPGKNPVWVQAGSKSNLRNQTRRVRRSTIMAVVSKEESKSSTVTTENTTAINGASGMIDLKATITIKKHMKEKVMEKIEDQWESFMIGIGQGVLIQLVSEEIDPEIKSGKYVESIARSWSQRASSHPHVVEFTSNLTVPATFGRPGAVLITNFLRKEFYLVDIVIHGFNQGPVIFPAHSWIHSQHSNPDSRIIFKNQAYLPSQTPPGL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025773`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025773

位置 Chr05:116802206-116808696 (+)

描述 Similar to LOX6: Lipoxygenase 6, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g67560`	植物脂氧化酶可能参与植物生理的多个不同方面，包括生长发育、抗虫害、衰老或对创伤的响应。	暂无已核实直接文献
`At1g72520`	植物脂氧化酶可能参与植物生理的多个不同方面，包括生长发育、抗虫害、衰老或对创伤的响应。	暂无已核实直接文献
`At1g17420`	13S-脂氧合酶，可以使用亚麻酸作为底物。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025773 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0008299 isoprenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009625 response to insect 生物过程

GO:0009644 response to high light intensity 生物过程

GO:0009695 jasmonic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009901 anther dehiscence 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17420

ath:AT1G67560

ath:AT1G72520

sot:102597498

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.732

排名 1 · LXL04_025773 · OH-1004

细胞质0.095

排名 2 · LXL04_025773 · OH-1004

内质网0.080

排名 3 · LXL04_025773 · OH-1004

细胞膜0.079

排名 4 · LXL04_025773 · OH-1004

线粒体0.059

排名 5 · LXL04_025773 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01477.29PLAT186-246 aa

PF00305.25Lipoxygenase259-924 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025773	`PF01477.29`	PLAT	186	246	1e-05	26.9
LXL04_025773	`PF00305.25`	Lipoxygenase	259	924		1014.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9CAG3`	拟南芥	Lipoxygenase 6, chloroplastic	59.753%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FNX8`	拟南芥	Lipoxygenase 4, chloroplastic	53.908%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LNR3`	拟南芥	Lipoxygenase 3, chloroplastic	52.650%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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