LXL04_025761 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025761

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 116682946-116684067 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

813 bp · LXL04_025761|LXL04_025761|OH1004|cDNA

ATGGCTTCCACTGCTTGTGCTTCTTCCGCCATCGCAGCTGTCGCTTTCTCTTCTCCAACTTCACAGAAGAACGGATCGTTTGTTGGATCGACAAAGGCTTCGTTTCTCGGTGGGAAGAAACTAAGAGTCAGCAAGTTCACTGCACCAGCCGTGACACGATCTGCCGGCGCTGTATGCGTCGCCGCCGACCCCGACAGACCTATTTGGTTCCCCGGAAGCACCCCTCCCGAATGGCTCGACGGTAGCCTACCCGGAGACTT...

CDS

下载 CDS FASTA

813 bp · LXL04_025761|LXL04_025761|OH1004|CDS

ATGGCTTCCACTGCTTGTGCTTCTTCCGCCATCGCAGCTGTCGCTTTCTCTTCTCCAACTTCACAGAAGAACGGATCGTTTGTTGGATCGACAAAGGCTTCGTTTCTCGGTGGGAAGAAACTAAGAGTCAGCAAGTTCACTGCACCAGCCGTGACACGATCTGCCGGCGCTGTATGCGTCGCCGCCGACCCCGACAGACCTATTTGGTTCCCCGGAAGCACCCCTCCCGAATGGCTCGACGGTAGCCTACCCGGAGACTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

270 aa · LXL04_025761|LXL04_025761|OH1004|PROTEIN

MASTACASSAIAAVAFSSPTSQKNGSFVGSTKASFLGGKKLRVSKFTAPAVTRSAGAVCVAADPDRPIWFPGSTPPEWLDGSLPGDFGFDPLGLGSDPETLKWNVQAEIVHCRWAMLGAAGIFIPEFLTKIGILNTPSWYTAGEQEYFTDKTTLFIVELIFIGWAEGRRWADILKPGSVNTDPIFPNNKLTGTDVGYPGGLWFDPLGWGSGSPAKLKELRTKEIKNGRLAMLAVMGAWFQAIYTGTGPIDNLFAHLADPG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025761`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025761

位置 Chr05:116682946-116684067 (-)

描述 Similar to Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g61470`	光捕获复合体（LHC）作为光受体，通过捕获并传递激发能量给其紧密相关的光系统，这里为光系统I。	暂无已核实直接文献
`At1g19150`	光合捕光复合体（LHC）作为光受体，捕获并将激发能量传递给它密切相关的光系统。	Efficient operation of NAD(P)H dehydrogenase requires supercomplex formation with photosystem I via minor LHCI in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.068791 Supercomplex formation with photosystem I is required for the stabilization of the chloroplast NADH dehydrogenase-like complex in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.110.171264
`At3g47470`	光合捕光复合体（LHC）作为光受体，捕获并将激发能量传递给它密切相关的光系统。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025761 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009644 response to high light intensity 生物过程

GO:0009645 response to low light intensity stimulus 生物过程

GO:0009768 photosynthesis, light harvesting in photosystem I 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009522 photosystem I 细胞组分

GO:0009523 photosystem II 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009579 thylakoid 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G19150

ath:AT3G47470

ath:AT3G61470

sly:101264376

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.988

排名 1 · LXL04_025761 · OH-1004

线粒体0.019

排名 2 · LXL04_025761 · OH-1004

细胞质0.009

排名 3 · LXL04_025761 · OH-1004

细胞膜0.007

排名 4 · LXL04_025761 · OH-1004

细胞核0.007

排名 5 · LXL04_025761 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00504.29Chloroa_b-bind75-241 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025761	`PF00504.29`	Chloroa_b-bind	75	241	5.2e-54	183.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SYW8`	拟南芥	Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 2, chloroplastic	92.825%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8LCQ4`	拟南芥	Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 6, chloroplastic	57.540%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P27521`	拟南芥	Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic	48.133%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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