LXL04_025740 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025740

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 116181513-116184096 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1389 bp · LXL04_025740|LXL04_025740|OH1004|cDNA

ATGGATTGTTGGTCTCCTTCTGTGAATGTCGATCAAGAATTCGCCAAGCTTCTCAATCGTATGCATCCACCAAGGGTTACTGTCGATAACATCACAGACAGAAAAGCCACCTTGATTAAGGTAGACAGTGCCAACAAGCGAGGAAGCTTATTAGAAGTGGTTCAAGTTTTAACTGATTTGAATATACTAATCAAAAGAGCTTACATTTCTTCAGATGGCGAATGGTTCATGGATGTATTTCATGTTACTGATCAGTATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1389 bp · LXL04_025740|LXL04_025740|OH1004|CDS

ATGGATTGTTGGTCTCCTTCTGTGAATGTCGATCAAGAATTCGCCAAGCTTCTCAATCGTATGCATCCACCAAGGGTTACTGTCGATAACATCACAGACAGAAAAGCCACCTTGATTAAGGTAGACAGTGCCAACAAGCGAGGAAGCTTATTAGAAGTGGTTCAAGTTTTAACTGATTTGAATATACTAATCAAAAGAGCTTACATTTCTTCAGATGGCGAATGGTTCATGGATGTATTTCATGTTACTGATCAGTATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

462 aa · LXL04_025740|LXL04_025740|OH1004|PROTEIN

MDCWSPSVNVDQEFAKLLNRMHPPRVTVDNITDRKATLIKVDSANKRGSLLEVVQVLTDLNILIKRAYISSDGEWFMDVFHVTDQYGNKLKEDNVADQIQQSLGPRGCSFRTLRGSVGFQSVMEHTTIELTGRDRPGLLSEIFAVLSDLKCNVVAAEIWTHNSRMASIVYITDNSTKLPVEDPDRLAKIKHLLVSILKGDKDKRGAQTAVSLGSTHTQRRLHQLMYADRDYDTDTDGSDSDLSNGCSNVKPLVTVENCSE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025740`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025740

位置 Chr05:116181513-116184096 (-)

描述 Similar to ACR4: ACT domain-containing protein ACR4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g69040`	可能结合氨基酸。	暂无已核实直接文献
`At2g03730`	可能结合氨基酸。	暂无已核实直接文献
`At1g76990`	可能结合氨基酸。	Molecular characterization of a novel gene family encoding ACT domain repeat proteins in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1104/pp.007484
`At3g01990`	可能结合氨基酸。	暂无已核实直接文献
`At1g12420`	可能结合氨基酸。	Molecular characterization of a novel gene family encoding ACT domain repeat proteins in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1104/pp.007484

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025740 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006521 regulation of amino acid metabolic process 生物过程

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016597 amino acid binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12420

ath:AT1G69040

ath:AT1G76990

ath:AT2G03730

ath:AT3G01990

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.494

排名 1 · LXL04_025740 · OH-1004

细胞核0.391

排名 2 · LXL04_025740 · OH-1004

细胞膜0.171

排名 3 · LXL04_025740 · OH-1004

溶酶体／液泡0.062

排名 4 · LXL04_025740 · OH-1004

内质网0.046

排名 5 · LXL04_025740 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24931.2ACT_ACR9_3rd26-102 aa

PF26956.1ACT_ACR_D134-106 aa

PF01842.32ACT38-85 aa

PF01842.32ACT126-173 aa

PF13291.13ACT_4126-168 aa

PF13740.13ACT_6128-169 aa

PF24931.2ACT_ACR9_3rd253-336 aa

PF01842.32ACT264-313 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025740	`PF24931.2`	ACT_ACR9_3rd	26	102	7.1e-21	74.8
LXL04_025740	`PF26956.1`	ACT_ACR_D1	34	106	3.5e-47	158.9
LXL04_025740	`PF01842.32`	ACT	38	85	7.8e-38	128.5
LXL04_025740	`PF01842.32`	ACT	126	173	7.8e-38	128.5
LXL04_025740	`PF13291.13`	ACT_4	126	168	5.6e-16	59.7
LXL04_025740	`PF13740.13`	ACT_6	128	169	7.5e-10	39.2
LXL04_025740	`PF24931.2`	ACT_ACR9_3rd	253	336	7.1e-21	74.8
LXL04_025740	`PF01842.32`	ACT	264	313	7.8e-38	128.5
LXL04_025740	`PF01842.32`	ACT	343	393	7.8e-38	128.5
LXL04_025740	`PF24914.2`	ACR10_N	344	396	1.3e-12	47.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LJW3`	拟南芥	ACT domain-containing protein ACR4	55.044%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZPQ8`	拟南芥	ACT domain-containing protein ACR5	54.762%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O49285`	拟南芥	ACT domain-containing protein ACR3	55.882%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SGA0`	拟南芥	ACT domain-containing protein ACR6	54.091%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LNA5`	拟南芥	ACT domain-containing protein ACR8	50.661%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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