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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_025714
当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 115691877-115694901 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1812 bp · LXL04_025714|LXL04_025714|OH1004|cDNA

ATGGCGCATGATAGTGACCTCCCTTGCGACGGAGATGGCCGCTGCATGATCTGCAAAATCAGTCCACCGGTGGAAGAGACGCTTACTTGCAAGACCTGTGCAACTCCTTGGCACGTTAACTGTCTATCTGCTCGTCCCCAAACCCTAGCCGATGCTGTCCAATGGGAGTGTCCAGACTGTTCCAGTCTCATCTCTTCTCATCCGCCTCCGTCAACAGTCACATCGGGATCTGAACAATCCGCTACGTTAATTGCCGCTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1812 bp · LXL04_025714|LXL04_025714|OH1004|CDS

ATGGCGCATGATAGTGACCTCCCTTGCGACGGAGATGGCCGCTGCATGATCTGCAAAATCAGTCCACCGGTGGAAGAGACGCTTACTTGCAAGACCTGTGCAACTCCTTGGCACGTTAACTGTCTATCTGCTCGTCCCCAAACCCTAGCCGATGCTGTCCAATGGGAGTGTCCAGACTGTTCCAGTCTCATCTCTTCTCATCCGCCTCCGTCAACAGTCACATCGGGATCTGAACAATCCGCTACGTTAATTGCCGCTAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

603 aa · LXL04_025714|LXL04_025714|OH1004|PROTEIN

MAHDSDLPCDGDGRCMICKISPPVEETLTCKTCATPWHVNCLSARPQTLADAVQWECPDCSSLISSHPPPSTVTSGSEQSATLIAAIRAIESDPSLSDQDKAKRRQQLLSGGGSDDGDKTTGANNETGDGSDSDVLRLISGSFNCSFCMQLPERPVTTPCGHNFCLKCFEKWIGQGKRTCAICRSPIPPKMASQPRINSSLVTAIRMAKLTKSNTPSLPPKPYYSILNQNKPDKAYTTERAKKTGKANACSGKIFVTVPP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_025714
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_025714
位置Chr05:115691877-115694901 (+)
描述Similar to ORTH2: E3 ubiquitin-protein ligase ORTHRUS 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g57820 E3 泛素蛋白连接酶。
VIM1, a methylcytosine-binding protein required for centromeric heterochromatinization.2007 · DOI: 10.1101/gad.1512007
ORTH/VIM proteins that regulate DNA methylation are functional ubiquitin E3 ligases.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03631.x
Three SRA-domain methylcytosine-binding proteins cooperate to maintain global CpG methylation and epigenetic silencing in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000156
At5g39550 E3 泛素蛋白连接酶。
ORTH/VIM proteins that regulate DNA methylation are functional ubiquitin E3 ligases.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03631.x
Three SRA-domain methylcytosine-binding proteins cooperate to maintain global CpG methylation and epigenetic silencing in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000156
At1g66040 E3 泛素蛋白连接酶。 暂无已核实直接文献
At1g66050 E3 泛素蛋白连接酶。
ORTH/VIM proteins that regulate DNA methylation are functional ubiquitin E3 ligases.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03631.x
Three SRA-domain methylcytosine-binding proteins cooperate to maintain global CpG methylation and epigenetic silencing in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000156
At1g57800 E3 泛素蛋白连接酶。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025714 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006325 chromatin organization 生物过程
GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031508 pericentric heterochromatin formation 生物过程
GO:0044027 negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation 生物过程
GO:0051301 cell division 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0010369 chromocenter 细胞组分
GO:0003682 chromatin binding 分子功能
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0008327 methyl-CpG binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G57800
ath:AT1G57820
ath:AT1G66040
ath:AT1G66050
ath:AT5G39550
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.868
排名 1 · LXL04_025714 · OH-1004
细胞质0.176
排名 2 · LXL04_025714 · OH-1004
细胞膜0.055
排名 3 · LXL04_025714 · OH-1004
内质网0.025
排名 4 · LXL04_025714 · OH-1004
质体0.017
排名 5 · LXL04_025714 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13920.13zf-C3HC4_3144-187 aa
PF13639.13zf-RING_2144-184 aa
PF13445.13zf-RING_UBOX145-180 aa
PF00097.32zf-C3HC4145-183 aa
PF13923.13zf-C3HC4_2145-183 aa
PF15227.13zf-C3HC4_4145-183 aa
PF02182.24SAD_SRA276-424 aa
PF13445.13zf-RING_UBOX514-547 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_025714PF13920.13zf-C3HC4_31441876.8e-0936.1
LXL04_025714PF13639.13zf-RING_21441841.5e-0835.5
LXL04_025714PF13445.13zf-RING_UBOX1451805.3e-1143.0
LXL04_025714PF00097.32zf-C3HC41451837.3e-1142.5
LXL04_025714PF13923.13zf-C3HC4_21451837.9e-0935.9
LXL04_025714PF15227.13zf-C3HC4_41451831.2e-0629.2
LXL04_025714PF02182.24SAD_SRA2764243.2e-50170.5
LXL04_025714PF13445.13zf-RING_UBOX5145475.3e-1143.0
LXL04_025714PF00097.32zf-C3HC45145717.3e-1142.5
LXL04_025714PF13923.13zf-C3HC4_25145417.9e-0935.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8VYZ0拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase ORTHRUS 264.967%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9FKA7拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase ORTHRUS 159.734%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9C8E1拟南芥Putative E3 ubiquitin-protein ligase ORTHRUS 460.399%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q680I0拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase ORTHRUS 560.233%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9FVS2拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase ORTHRUS 355.537%Swiss-Prot强数据库同源证据

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