LXL04_025708 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025708

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 115635444-115639851 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2946 bp · LXL04_025708|LXL04_025708|OH1004|cDNA

ATGGAAGACCTCAAGCCGCTAAATACCATCGCTGATTCCTCTACAGAAACCGGAGCTACCTTTGAAGCTCGATTTAGCGACTTTTGCAAGGGTCGATTAACAATGGATGATAACGCTTTAGAAGAAGCGATGAAGCTCTTCAATAAAAGCAAACACCTTTTCTTGACAAATGCATCCAGTCTTGGAACTGGGACGCCTGAAGAAGCCGAGCACTACTGGTTTGCATTTCTCTTATTCTCCTTAAAAAGATTAAGCCAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2946 bp · LXL04_025708|LXL04_025708|OH1004|CDS

ATGGAAGACCTCAAGCCGCTAAATACCATCGCTGATTCCTCTACAGAAACCGGAGCTACCTTTGAAGCTCGATTTAGCGACTTTTGCAAGGGTCGATTAACAATGGATGATAACGCTTTAGAAGAAGCGATGAAGCTCTTCAATAAAAGCAAACACCTTTTCTTGACAAATGCATCCAGTCTTGGAACTGGGACGCCTGAAGAAGCCGAGCACTACTGGTTTGCATTTCTCTTATTCTCCTTAAAAAGATTAAGCCAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

981 aa · LXL04_025708|LXL04_025708|OH1004|PROTEIN

MEDLKPLNTIADSSTETGATFEARFSDFCKGRLTMDDNALEEAMKLFNKSKHLFLTNASSLGTGTPEEAEHYWFAFLLFSLKRLSQKNDSEDATVTNENAFKLYQILRVAKLNFVDFFKELPQFIVKIGPILSNLYGSDWETRLQAKELQANFVHLSLLSKYYKRAFKALFLASLENVEGQSTVATSSDYMSNCHRFGWLLFLALRVHAFSRFKDLVTCTNGLVSILAILIIHIPARFRNFSLNDSSRFVKKEGKGVDLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025708`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_025708`
位置	Chr05:115635444-115639851 (+)
描述	Similar to RBR: Retinoblastoma-related protein
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_025708` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0030154 cell differentiation 生物过程 GO:0032875 regulation of DNA endoreduplication 生物过程 GO:2000134 negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle 生物过程 GO:0000785 chromatin 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005667 transcription regulator complex 细胞组分 GO:0000977 RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	rcu:8283405 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.928

排名 1 · LXL04_025708 · OH-1004

细胞质0.168

排名 2 · LXL04_025708 · OH-1004

线粒体0.024

排名 3 · LXL04_025708 · OH-1004

细胞膜0.022

排名 4 · LXL04_025708 · OH-1004

高尔基体0.010

排名 5 · LXL04_025708 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11934.14DUF345295-233 aa

PF01858.23RB_A401-595 aa

PF01857.26RB_B703-828 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025708	`PF11934.14`	DUF3452	95	233	3.6e-34	118.1
LXL04_025708	`PF01858.23`	RB_A	401	595	4.1e-62	210.3
LXL04_025708	`PF01857.26`	RB_B	703	828	3.2e-40	138.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情