LXL04_025706 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025706

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 115617961-115623556 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1014 bp · LXL04_025706|LXL04_025706|OH1004|cDNA

ATGATTTCTGCAAGAAAAGGGGAATTAGAGGAGGCAGTGGGTTTACTTCAACAGAATAAGATACAAATCGACATGGATCAATATTTATCCTTGATGAATAAATGCGGAGAATCTCAAGCTCTCGAACAAGCTACAGAACTCCACGATCATCTCACAAGGTCAATACCCAATCTCGATGTTCACATTCACAACAAAATCCTCGAAATGTACTCAAAATGCGGTTCCATGGAAGCCGCATTTCACGTATTTGACGAGATGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1014 bp · LXL04_025706|LXL04_025706|OH1004|CDS

ATGATTTCTGCAAGAAAAGGGGAATTAGAGGAGGCAGTGGGTTTACTTCAACAGAATAAGATACAAATCGACATGGATCAATATTTATCCTTGATGAATAAATGCGGAGAATCTCAAGCTCTCGAACAAGCTACAGAACTCCACGATCATCTCACAAGGTCAATACCCAATCTCGATGTTCACATTCACAACAAAATCCTCGAAATGTACTCAAAATGCGGTTCCATGGAAGCCGCATTTCACGTATTTGACGAGATGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

337 aa · LXL04_025706|LXL04_025706|OH1004|PROTEIN

MISARKGELEEAVGLLQQNKIQIDMDQYLSLMNKCGESQALEQATELHDHLTRSIPNLDVHIHNKILEMYSKCGSMEAAFHVFDEMPRRNITSWDTMITWLAKNSHREDAIDMFTDFKRSRLKSDNQMFHGVFAACSVVGDMKEWLLHFNSMVKNYSLPPSMDDYVKVVDMLASSGYLNEALEFIENMPIDPNVEIWEILMNQSRVHGDLQIGDRCYEIVNLLDPSRLDEQSKEGLIPKEKEKEKKKSFNLRNKQKNKIE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025706`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025706

位置 Chr05:115617961-115623556 (-)

描述 Similar to PCMP-H75: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g25580

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g25580`	含五聚肽序列重复的蛋白At2g25580。	暂无已核实直接文献
`At4g32450`	含五聚肽重复的蛋白 At4g32450，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At2g34370`	含五肽重复序列的线粒体蛋白At2g34370。	暂无已核实直接文献
`At1g29710`	含五螺旋肽重复结构蛋白 At1g29710，线粒体型。	暂无已核实直接文献
`At2g15690`	含五重复肽的蛋白At2g15690，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025706 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G29710

ath:AT2G15690

ath:AT2G25580

ath:AT2G34370

ath:AT4G32450

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.436

排名 1 · LXL04_025706 · OH-1004

质体0.354

排名 2 · LXL04_025706 · OH-1004

细胞核0.097

排名 3 · LXL04_025706 · OH-1004

细胞质0.042

排名 4 · LXL04_025706 · OH-1004

细胞膜0.010

排名 5 · LXL04_025706 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N5-187 aa

PF13041.13PPR_259-91 aa

PF13041.13PPR_290-127 aa

PF14432.13DYW_deaminase260-337 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025706	`PF29070.1`	MSC6_N	5	187	1.9e-07	31.2
LXL04_025706	`PF13041.13`	PPR_2	59	91	1.8e-13	51.1
LXL04_025706	`PF13041.13`	PPR_2	90	127	1.8e-13	51.1
LXL04_025706	`PF14432.13`	DYW_deaminase	260	337	1.9e-28	98.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q680H3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g25580	41.333%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SUU7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g32450, mitochondrial	41.623%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8S8Q7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g34370, mitochondrial	37.995%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C6G2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g29710, mitochondrial	36.267%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZQE5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g15690, mitochondrial	32.591%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情