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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_025671
当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 115059897-115062302 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2406 bp · LXL04_025671|LXL04_025671|OH1004|cDNA

ATGTGGGTTCCTCTAATCAGGTTAGTTTTTCGCCGTAATTTGGTCAAATATGACCTCACTATCCGATTCAATTCAGTTTCATCACTTGCCCAGTTACCCTTCTCCGACTTCTCAGATTCCGGTTCAGATGAAAACCCTCCATTTCCCCACAAAATCAGTAGGTCCAACTCATTCGATCATTCCCACCTTGTGTTATTTGATAGATATAGATTCATTACCATCTTATCGCACGTACAAACAAAACCCAAAACTGCATTGTA...

CDS

下载 CDS FASTA

2406 bp · LXL04_025671|LXL04_025671|OH1004|CDS

ATGTGGGTTCCTCTAATCAGGTTAGTTTTTCGCCGTAATTTGGTCAAATATGACCTCACTATCCGATTCAATTCAGTTTCATCACTTGCCCAGTTACCCTTCTCCGACTTCTCAGATTCCGGTTCAGATGAAAACCCTCCATTTCCCCACAAAATCAGTAGGTCCAACTCATTCGATCATTCCCACCTTGTGTTATTTGATAGATATAGATTCATTACCATCTTATCGCACGTACAAACAAAACCCAAAACTGCATTGTA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

801 aa · LXL04_025671|LXL04_025671|OH1004|PROTEIN

MWVPLIRLVFRRNLVKYDLTIRFNSVSSLAQLPFSDFSDSGSDENPPFPHKISRSNSFDHSHLVLFDRYRFITILSHVQTKPKTALYLITHLKECGFKHDVVTYMAVIRFMCYWGMTNSLKSVFLDVIENKIGAFAFEISDLFEELLEEMNVDGWNLFDRAVDALVTAFYEVRMFDKAFNVLLKIHSDSGFLPSVYTCNFFIKQLVEDGELDKAMAVYEHLKKKGFCPNAYTYGIVVKGLCKKGYLKKAVDVFEEMKKTG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_025671
TK1151 IDTkA06G046190
OH-1004 IDLXL04_025671
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)91.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 84.336 / OH-1004 81.773
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_025671
位置Chr05:115059897-115062302 (-)
描述Similar to At2g26790: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g26790, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g26790 含有五肽重复序列的蛋白 At2g26790，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g13800 推测含五肽重复序列蛋白 At1g13800。 暂无已核实直接文献
At5g01110 含五聚体肽重复的蛋白 At5g01110。 暂无已核实直接文献
At5g61990 含五重复肽序列蛋白 At5g61990，线粒体。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: Q76C99 降低与细胞质雄性不育(CMS)相关的线粒体基因ORF79的表达，该基因编码一种细胞毒性肽。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025671 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G13800
ath:AT2G26790
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.837
排名 1 · LXL04_025671 · OH-1004
质体0.073
排名 2 · LXL04_025671 · OH-1004
细胞核0.057
排名 3 · LXL04_025671 · OH-1004
细胞质0.036
排名 4 · LXL04_025671 · OH-1004
细胞膜0.012
排名 5 · LXL04_025671 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N141-254 aa
PF13812.13PPR_3188-238 aa
PF13041.13PPR_2193-242 aa
PF12854.14PPR_1224-257 aa
PF01535.27PPR231-261 aa
PF13041.13PPR_2236-276 aa
PF17177.11PPR_long242-396 aa
PF12854.14PPR_1260-289 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_025671PF29070.1MSC6_N1412543.8e-39135.6
LXL04_025671PF13812.13PPR_31882388.5e-58193.0
LXL04_025671PF13041.13PPR_21932421.9e-125409.6
LXL04_025671PF12854.14PPR_12242574.2e-92302.2
LXL04_025671PF01535.27PPR2312619.8e-85273.8
LXL04_025671PF13041.13PPR_22362761.9e-125409.6
LXL04_025671PF17177.11PPR_long2423963.2e-36125.4
LXL04_025671PF12854.14PPR_12602894.2e-92302.2
LXL04_025671PF12854.14PPR_12933244.2e-92302.2
LXL04_025671PF13812.13PPR_32943408.5e-58193.0
LXL04_025671PF13041.13PPR_22963421.9e-125409.6
LXL04_025671PF01535.27PPR2983289.8e-85273.8
LXL04_025671PF23276.3TPR_243174271.5e-36125.9
LXL04_025671PF13041.13PPR_23303791.9e-125409.6
LXL04_025671PF01535.27PPR3343639.8e-85273.8
LXL04_025671PF12854.14PPR_13974294.2e-92302.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O81028拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g26790, mitochondrial34.559%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LMH5拟南芥Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g1380030.071%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LFC5拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g0111026.821%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9FIT7拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g61990, mitochondrial24.588%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q76C99水稻Protein Rf1, mitochondrial27.519%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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