LXL04_025648 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025648

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 114697075-114700368 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1881 bp · LXL04_025648|LXL04_025648|OH1004|cDNA

ATGGGGAAATCAGCTAAGAAATCTGCCTCCAAGGTTGAGTCAGCTCCTGCTGTCGTAGCGCCCACCAAATCAATGAAAAAAGGCAAGAGAGACGCCGAGGAGATTGTCGTGAAGGAAGTAGTGAGTAGCAAGAAGCAGAAGGTAGTCAACGGTGCTGTTACTCAGGCTATTGAGAAGAAGAAGGTCGAGACTAAAACCCAAAAGAAGAACGTCAAGAAGCAAGAAAGCAGTTCTTCTGAAGAAGACTCAGACTCTGATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1881 bp · LXL04_025648|LXL04_025648|OH1004|CDS

ATGGGGAAATCAGCTAAGAAATCTGCCTCCAAGGTTGAGTCAGCTCCTGCTGTCGTAGCGCCCACCAAATCAATGAAAAAAGGCAAGAGAGACGCCGAGGAGATTGTCGTGAAGGAAGTAGTGAGTAGCAAGAAGCAGAAGGTAGTCAACGGTGCTGTTACTCAGGCTATTGAGAAGAAGAAGGTCGAGACTAAAACCCAAAAGAAGAACGTCAAGAAGCAAGAAAGCAGTTCTTCTGAAGAAGACTCAGACTCTGATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

626 aa · LXL04_025648|LXL04_025648|OH1004|PROTEIN

MGKSAKKSASKVESAPAVVAPTKSMKKGKRDAEEIVVKEVVSSKKQKVVNGAVTQAIEKKKVETKTQKKNVKKQESSSSEEDSDSDEEPKKVVAPAKKAAPVAKKPVKESSSDDSDSSSDEEPQPKKQSAPAAKKVPITKPESSSDESESDDSDSSDDEEAKKPAVPAKNGAVAAKKAESSDESDSDDSSDEEDAKAAKKPAVVKNGAGATPAKKAESSDDSSSEESDSEEEVKAAPAAKKPAPVAAAKKAESSDESSEE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025648`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025648

位置 Chr05:114697075-114700368 (-)

描述 Similar to NUCL2: Nucleolin 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g18610`	参与前rRNA加工和核糖体组装。	暂无已核实直接文献
`At1g48920`	参与前rRNA加工和核糖体组装。	Arabidopsis nucleolin affects plant development and patterning.2007 · DOI: 10.1104/pp.106.093575

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0620700`	参与前rRNA加工和核糖体组装。	暂无已核实直接文献
`Os08g0192900`	参与前rRNA加工和核糖体组装。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025648 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048024 regulation of mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0048367 shoot system development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G48920

ath:AT3G18610

dosa:Os04g0620700

dosa:Os08g0192900

hsa:55147

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.937

排名 1 · LXL04_025648 · OH-1004

细胞质0.167

排名 2 · LXL04_025648 · OH-1004

细胞外0.032

排名 3 · LXL04_025648 · OH-1004

细胞膜0.026

排名 4 · LXL04_025648 · OH-1004

线粒体0.018

排名 5 · LXL04_025648 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076.29RRM_1369-436 aa

PF00076.29RRM_1480-536 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025648	`PF00076.29`	RRM_1	369	436	6.2e-27	94.0
LXL04_025648	`PF00076.29`	RRM_1	480	536	6.2e-27	94.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q1PEP5`	拟南芥	Nucleolin 2	45.608%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FVQ1`	拟南芥	Nucleolin 1	48.858%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7XTT4`	水稻	Nucleolin 2	53.333%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6Z1C0`	水稻	Nucleolin 1	49.746%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情